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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span lang="DE-CH">Hi Matt,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE-CH"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal">Actually I have two 3D DMDA’s, one for the nodal data, where the FEM is solved on. The other DMDA is a cell centered one for the volume data, like the density of a particular voxel. Ideally I would like to write both point data (displacement
field) and cell data (density) to the vtr.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Code for DMDA.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"> DMBoundaryType bx = DM_BOUNDARY_NONE;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> DMBoundaryType by = DM_BOUNDARY_NONE;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> DMBoundaryType bz = DM_BOUNDARY_NONE;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"> DMDAStencilType stype = DMDA_STENCIL_BOX;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:10.0pt">PetscInt stencilwidth = 1;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:10.0pt"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"> // Create the nodal mesh<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <span lang="ES">ierr = DMDACreate3d(PETSC_COMM_WORLD, bx, by, bz, stype, nx, ny, nz, PETSC_DECIDE, PETSC_DECIDE, PETSC_DECIDE,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="ES"> numnodaldof, stencilwidth, 0, 0, 0, &(da_nodes));<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="ES"> CHKERRQ(ierr);<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE-CH"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE-CH"> DMSetFromOptions(da_nodes);<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE-CH"> DMSetUp(da_nodes);<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE-CH"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE-CH"> ierr = DMDASetUniformCoordinates(da_nodes, xmin, xmax, ymin, ymax, zmin, zmax);<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE-CH"> CHKERRQ(ierr);<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE-CH"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE-CH"> ierr = DMDASetElementType(da_nodes, DMDA_ELEMENT_Q1);<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE-CH"> </span>CHKERRQ(ierr);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Best, Thijs<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div style="border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US">From:</span></b><span lang="EN-US"> Matthew Knepley <knepley@gmail.com>
<br>
<b>Sent:</b> 11 March 2021 14:08<br>
<b>To:</b> Smit Thijs <thijs.smit@hest.ethz.ch><br>
<b>Cc:</b> petsc-users@mcs.anl.gov<br>
<b>Subject:</b> Re: [petsc-users] Outputting cell data in stead of point data while writing .vtr file<o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">What kind of DM is it?<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> Thanks,<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"> Matt<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">On Thu, Mar 11, 2021 at 3:36 AM Smit Thijs <<a href="mailto:thijs.smit@hest.ethz.ch">thijs.smit@hest.ethz.ch</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<blockquote style="border:none;border-left:solid #CCCCCC 1.0pt;padding:0cm 0cm 0cm 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0cm">
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Hi All,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">I am outputting several vectors to a .vtr file successfully for viewing in Paraview. At this moment the information is written to point data. How can I change this and make sure
the data is written to cell data?<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">The code I am currently using for outputting:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">PetscViewer viewer;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">ierr = PetscViewerVTKOpen(PETSC_COMM_WORLD, “test.vtr”, FILE_MODE_WRITE, &viewer);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">CHKERRQ(ierr);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">ierr = DMView(nd, viewer);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">CHKERRQ(ierr);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">PetscObjectSetName((PetscObject)xPhys,"xPhys");<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">ierr = VecView(xPhys, viewer);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">CHKERRQ(ierr);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">PetscObjectSetName((PetscObject)S,"SvonMises");<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">ierr = VecView(S, viewer);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">CHKERRQ(ierr);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">ierr = PetscViewerDestroy(&viewer);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">CHKERRQ(ierr);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="color:#24292E">Best regards,</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="color:#24292E"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="color:#24292E">Thijs Smit</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="color:#24292E"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="color:#24292E">PhD Candidate</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="color:#24292E">ETH Zurich</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="color:#24292E">Institute for Biomechanics</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span lang="DE-CH"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<p class="MsoNormal"><br clear="all">
<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal">-- <o:p></o:p></p>
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<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
-- Norbert Wiener<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
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</body>
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