<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
<meta name="Generator" content="Microsoft Word 15 (filtered medium)">
<style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:DengXian;
        panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:"\@DengXian";
        panose-1:2 1 6 0 3 1 1 1 1 1;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri",sans-serif;}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-family:"Calibri",sans-serif;}
@page WordSection1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:70.85pt 70.85pt 2.0cm 70.85pt;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>
<body lang="EN-GB" link="blue" vlink="purple" style="word-wrap:break-word">
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span lang="DE-CH">Hi Matt,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE-CH"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal">Actually I have two 3D DMDA’s, one for the nodal data, where the FEM is solved on. The other DMDA is a cell centered one for the volume data, like the density of a particular voxel. Ideally I would like to write both point data (displacement
 field) and cell data (density) to the vtr.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Code for DMDA.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">    DMBoundaryType bx = DM_BOUNDARY_NONE;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">    DMBoundaryType by = DM_BOUNDARY_NONE;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">    DMBoundaryType bz = DM_BOUNDARY_NONE;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">    DMDAStencilType stype = DMDA_STENCIL_BOX;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:10.0pt">PetscInt stencilwidth = 1;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:10.0pt"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">    // Create the nodal mesh<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">    <span lang="ES">ierr = DMDACreate3d(PETSC_COMM_WORLD, bx, by, bz, stype, nx, ny, nz, PETSC_DECIDE, PETSC_DECIDE, PETSC_DECIDE,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="ES">                        numnodaldof, stencilwidth, 0, 0, 0, &(da_nodes));<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="ES">    CHKERRQ(ierr);<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE-CH"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE-CH">    DMSetFromOptions(da_nodes);<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE-CH">    DMSetUp(da_nodes);<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE-CH"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE-CH">    ierr = DMDASetUniformCoordinates(da_nodes, xmin, xmax, ymin, ymax, zmin, zmax);<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE-CH">    CHKERRQ(ierr);<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE-CH"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE-CH">    ierr = DMDASetElementType(da_nodes, DMDA_ELEMENT_Q1);<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE-CH">    </span>CHKERRQ(ierr);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Best, Thijs<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div style="border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US">From:</span></b><span lang="EN-US"> Matthew Knepley <knepley@gmail.com>
<br>
<b>Sent:</b> 11 March 2021 14:08<br>
<b>To:</b> Smit Thijs <thijs.smit@hest.ethz.ch><br>
<b>Cc:</b> petsc-users@mcs.anl.gov<br>
<b>Subject:</b> Re: [petsc-users] Outputting cell data in stead of point data while writing .vtr file<o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">What kind of DM is it?<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">  Thanks,<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">     Matt<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">On Thu, Mar 11, 2021 at 3:36 AM Smit Thijs <<a href="mailto:thijs.smit@hest.ethz.ch">thijs.smit@hest.ethz.ch</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<blockquote style="border:none;border-left:solid #CCCCCC 1.0pt;padding:0cm 0cm 0cm 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0cm">
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">Hi All,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">I am outputting several vectors to a .vtr file successfully for viewing in Paraview. At this moment the information is written to point data. How can I change this and make sure
 the data is written to cell data?<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">The code I am currently using for outputting:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">PetscViewer viewer;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">ierr = PetscViewerVTKOpen(PETSC_COMM_WORLD, “test.vtr”, FILE_MODE_WRITE, &viewer);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">CHKERRQ(ierr);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">ierr = DMView(nd, viewer);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">CHKERRQ(ierr);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">PetscObjectSetName((PetscObject)xPhys,"xPhys");<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">ierr = VecView(xPhys, viewer);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">CHKERRQ(ierr);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">PetscObjectSetName((PetscObject)S,"SvonMises");<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">ierr = VecView(S, viewer);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">CHKERRQ(ierr);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">ierr = PetscViewerDestroy(&viewer);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto">CHKERRQ(ierr);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="color:#24292E">Best regards,</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="color:#24292E"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="color:#24292E">Thijs Smit</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="color:#24292E"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="color:#24292E">PhD Candidate</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="color:#24292E">ETH Zurich</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="color:#24292E">Institute for Biomechanics</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span lang="DE-CH"> </span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<p class="MsoNormal"><br clear="all">
<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal">-- <o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
-- Norbert Wiener<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>