<div dir="ltr">Dear Matthew,<div><br></div><div>Sorry it took me so long to answer.</div><div>Thank you for the details on the HDF5 reader, I think I can work with that indeed. Gotta find a way to write the *.msh in the custom HDF5 format first but as you say I might just go with a snippet based on PETSc, this way I'm sure it will be consistent.</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div><br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Thibault </div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Le mar. 23 févr. 2021 à 11:50, Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com">knepley@gmail.com</a>> a écrit :<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr">On Tue, Feb 23, 2021 at 2:37 AM Thibault Bridel-Bertomeu <<a href="mailto:thibault.bridelbertomeu@gmail.com" target="_blank">thibault.bridelbertomeu@gmail.com</a>> wrote:<br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Dear all,</div><div><br></div><div>I was wondering if there was a plan in motion to implement yet another possibility for DMPlexCreateGmshFromFile: read a group of foo_*.msh generated from a partition done directly in Gmsh ?</div></div></blockquote><div><br></div><div>What we have implemented now is a system that reads a mesh in parallel from disk into a naive partition, then repartitions and redistributes.</div><div>We have a paper about this strategy: <a href="https://arxiv.org/abs/2004.08729" target="_blank">https://arxiv.org/abs/2004.08729</a> . Right now it is only implemented in HDF5. This is mainly because:</div><div><br></div><div>1) Parallel block reads are easy in HDF5.</div><div><br></div><div>2) We use it for checkpointing as well as load, and it is flexible enough for this</div><div><br></div><div>3) Label information can be stored in a scalable way</div><div><br></div><div>It is easy to convert from GMsh to HDF5 (it's a few lines of PETSc). The GMsh format is not ideal for parallelism, and in fact the GMsh reader</div><div>was also using MED, which is an HDF5 format. We originally wrote an MED reader, but the documentation and support for the library were</div><div>not up to snuff, so we went with a custom HDF5 format.</div><div><br></div><div>  Is this helpful?</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Have a great day,<br></div><div><br></div><div><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Thibault B.-B.<br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>
</blockquote></div>