<div dir="ltr"><div dir="ltr">On Wed, Dec 16, 2020 at 10:59 AM Randall Mackie <<a href="mailto:rlmackie862@gmail.com">rlmackie862@gmail.com</a>> wrote:<br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Dear PETSc team:<br>
<br>
I am trying to compile a debug-mpich version of PETSc on a new remote cluster for running valgrind.<br>
<br>
I’ve done this a thousand times on my laptop and the clusters I normally have access to, and it’s never been a problem.<br>
<br>
This time, it’s failing on trying to install mpich and according to the configure.log (attached) seems to be failing with the following message:<br>
<br>
src/binding/cxx/.libs/initcxx.o: In function `__static_initialization_and_destruction_0':<br>
/auto/soft1/multiphysics/PETSc/petsc-3.13.3/linux-gnu-mpich-complex-debug/externalpackages/mpich-3.3.2/src/binding/cxx/initcxx.cxx:46: undefined reference to `__dso_handle'<br>
/usr/bin/ld: src/binding/cxx/.libs/initcxx.o: relocation R_X86_64_PC32 against undefined hidden symbol `__dso_handle' can not be used when making a shared object<br>
/usr/bin/ld: final link failed: Bad value<br>
collect2: error: ld returned 1 exit status<br>
gmake[2]: *** [lib/<a href="http://libmpicxx.la" rel="noreferrer" target="_blank">libmpicxx.la</a>] Error 1<br>
gmake[2]: *** Waiting for unfinished jobs....<br>
/usr/bin/ld: cannot find -l-L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.7<br>
collect2: error: ld returned 1 exit status<br>
gmake[2]: *** [lib/<a href="http://libmpifort.la" rel="noreferrer" target="_blank">libmpifort.la</a>] Error 1<br>
gmake[1]: *** [all-recursive] Error 1<br>
gmake: *** [all] Error 2<br>
<br>
<br>
We were able to separately compile and install mpich (using the same tar ball) and then use that and compile PETSc, so we have a work-around, but I would prefer to compile them together as I’ve always done.<br>
<br>
Any ideas as to the issue?<br></blockquote><div><br></div><div>There are a lot of complaints about clock skew on this machine. Not sure if that could have messed up the build. There also seems to be a missing space for arguments</div><div><br></div><div>  -l-L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.7</div><div><br></div><div>That __dso_handle comes out of the C++ standard library, so maybe also a problem with -libstdc++. I cannot figure it out from the log.</div><div>Maybe Satish knows.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
Thanks,<br>
<br>
Randy M.<br>
<br>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>