<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40"><head><meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=utf-8"><meta name=Generator content="Microsoft Word 14 (filtered medium)"><style><!--
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application to either of these shared libraries in Windows. Unfortunately, I could only get my app to link and execute with the shared library linked to the shared Petsc library in Ubuntu, but not with the static Petsc library.</span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt'> </span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt'>On Ubuntu, below is how I build Petsc static library, which produces three libraries: libpetsc.a, libfblas.a and libflapack.a</span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span></i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>./configure CFLAGS="-fPIC" CXXFLAGS="-fPIC" FFLAGS="-fPIC" -with-cc=gcc --with-cxx=g++ --with-fc=gfortran --with-openmp --with-debugging=0 --download-fblaslapack --with-mpi=0 --with-shared-libraries=0</span></i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt'> </span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt'>Below is the make output on how I build my shared library, cPoissons.so linking to the static Petsc. Please note that I have to use --allow-multiple-definition to override the redefinition errors in lapack and blas. I also use --whole-archive to make sure the shared library has all the required information from lapack and blas.</span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:11.0pt'> </span></b><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>gcc -fPIC -c -o gcc/matrixUtil.o matrixUtil.c<span class=apple-converted-space> </span></span></i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>                -I/home/bbwannabe/Documents/Petsc/latest/include<span class=apple-converted-space> </span></span></i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>                -I/home/bbwannabe/Documents/Petsc/latest/include/petsc/private<span class=apple-converted-space> </span></span></i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>                -I/home/bbwannabe/Documents/Petsc/latest/gcc-x64SRelease/include             <span class=apple-converted-space> </span></span></i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>gcc -fPIC -c -o gcc/PetscSolver.o PetscSolver.c<span class=apple-converted-space> </span></span></i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>                -I/home/bbwannabe/Documents/Petsc/latest/include<span class=apple-converted-space> </span></span></i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>                -I/home/bbwannabe/Documents/Petsc/latest/include/petsc/private<span class=apple-converted-space> </span></span></i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>                -I/home/bbwannabe/Documents/Petsc/latest/gcc-x64SRelease/include</span></i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>gcc -fPIC -c -o gcc/LinearSystemSolver.o LinearSystemSolver.c<span class=apple-converted-space> </span></span></i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>                -I/home/bbwannabe/Documents/Petsc/latest/include<span class=apple-converted-space> </span></span></i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>                -I/home/bbwannabe/Documents/Petsc/latest/include/petsc/private<span class=apple-converted-space> </span></span></i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>                -I/home/bbwannabe/Documents/Petsc/latest/gcc-x64SRelease/include</span></i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>gcc -fPIC -c -o gcc/cPoisson.o cPoisson.c<span class=apple-converted-space> </span></span></i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>                -I/home/bbwannabe/Documents/Petsc/latest/include<span class=apple-converted-space> </span></span></i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>                -I/home/bbwannabe/Documents/Petsc/latest/include/petsc/private<span class=apple-converted-space> </span></span></i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>                -I/home/bbwannabe/Documents/Petsc/latest/gcc-x64SRelease/include</span></i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>gcc -fPIC -fopenmp -shared -o gcc/cPoissons.so gcc/matrixUtil.o gcc/PetscSolver.o gcc/LinearSystemSolver.o gcc/cPoisson.o<span class=apple-converted-space> </span></span></i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>                -L/home/bbwannabe/Documents/Petsc/latest/gcc-x64SRelease/lib<span class=apple-converted-space> </span></span></i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>                -Wl,--allow-multiple-definition<span class=apple-converted-space> </span></span></i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>                -Wl,--whole-archive -lpetsc -lflapack -lfblas -Wl,--no-whole-archive</span></i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span></i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt'>However, when I build my app linking to the above shared library cPoissons.so. gfortran complains about undefined references, which seem to be from blas as shown below from the output of make. Has anyone seen this kind of linking problem before?<span class=apple-converted-space> </span></span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt'> </span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt'>Many thanks for your help.</span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>Thuc Bui<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>Senior R&D Engineer<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>Calabazas Creek Research, Inc.<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>(650) 948-5361 (Office)<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt'> </span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>gfortran -fPIC -o sPoisson3D Poisson3D.f -L/home/bbwannabe/Documents/Nemesis/cPoisson/gcc -l:cPoissons.so<span class=apple-converted-space> </span></span></i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>/usr/bin/ld: /home/bbwannabe/Documents/Nemesis/cPoisson/gcc/cPoissons.so: undefined reference to `blas_sgemv_x_'</span></i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>/usr/bin/ld: /home/bbwannabe/Documents/Nemesis/cPoisson/gcc/cPoissons.so: undefined reference to `blas_zgemv_x_'</span></i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>/usr/bin/ld: /home/bbwannabe/Documents/Nemesis/cPoisson/gcc/cPoissons.so: undefined reference to `blas_cgbmv_x_'</span></i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>/usr/bin/ld: /home/bbwannabe/Documents/Nemesis/cPoisson/gcc/cPoissons.so: undefined reference to `blas_cgbmv2_x_'</span></i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>/usr/bin/ld: /home/bbwannabe/Documents/Nemesis/cPoisson/gcc/cPoissons.so: undefined reference to `blas_chemv2_x_'</span></i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>/usr/bin/ld: /home/bbwannabe/Documents/Nemesis/cPoisson/gcc/cPoissons.so: undefined reference to `blas_csymv2_x_'</span></i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>/usr/bin/ld: /home/bbwannabe/Documents/Nemesis/cPoisson/gcc/cPoissons.so: undefined reference to `blas_sgbmv_x_'</span></i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>/usr/bin/ld: /home/bbwannabe/Documents/Nemesis/cPoisson/gcc/cPoissons.so: undefined reference to `blas_dgemv_x_'</span></i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>/usr/bin/ld: /home/bbwannabe/Documents/Nemesis/cPoisson/gcc/cPoissons.so: undefined reference to `blas_zsymv_x_'</span></i><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>/usr/bin/ld: /home/bbwannabe/Documents/Nemesis/cPoisson/gcc/cPoissons.so: undefined reference to `blas_csymv_x_'<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>/usr/bin/ld: /home/bbwannabe/Documents/Nemesis/cPoisson/gcc/cPoissons.so: undefined reference to `blas_ssymv2_x_'<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>/usr/bin/ld: /home/bbwannabe/Documents/Nemesis/cPoisson/gcc/cPoissons.so: undefined reference to `blas_ssymv_x_'<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>/usr/bin/ld: /home/bbwannabe/Documents/Nemesis/cPoisson/gcc/cPoissons.so: undefined reference to `blas_zgemv2_x_'<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>/usr/bin/ld: /home/bbwannabe/Documents/Nemesis/cPoisson/gcc/cPoissons.so: undefined reference to `blas_dsymv2_x_'<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>/usr/bin/ld: /home/bbwannabe/Documents/Nemesis/cPoisson/gcc/cPoissons.so: undefined reference to `blas_zhemv_x_'<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>/usr/bin/ld: /home/bbwannabe/Documents/Nemesis/cPoisson/gcc/cPoissons.so: undefined reference to `blas_zgbmv2_x_'<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>/usr/bin/ld: /home/bbwannabe/Documents/Nemesis/cPoisson/gcc/cPoissons.so: undefined reference to `blas_sgemv2_x_'<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>/usr/bin/ld: /home/bbwannabe/Documents/Nemesis/cPoisson/gcc/cPoissons.so: undefined reference to `blas_chemv_x_'<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>/usr/bin/ld: /home/bbwannabe/Documents/Nemesis/cPoisson/gcc/cPoissons.so: undefined reference to `blas_dgemv2_x_'<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>/usr/bin/ld: /home/bbwannabe/Documents/Nemesis/cPoisson/gcc/cPoissons.so: undefined reference to `blas_cgemv2_x_'<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>/usr/bin/ld: /home/bbwannabe/Documents/Nemesis/cPoisson/gcc/cPoissons.so: undefined reference to `blas_sgbmv2_x_'<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>/usr/bin/ld: /home/bbwannabe/Documents/Nemesis/cPoisson/gcc/cPoissons.so: undefined reference to `blas_zgbmv_x_'<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>/usr/bin/ld: /home/bbwannabe/Documents/Nemesis/cPoisson/gcc/cPoissons.so: undefined reference to `blas_dgbmv_x_'<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>/usr/bin/ld: /home/bbwannabe/Documents/Nemesis/cPoisson/gcc/cPoissons.so: undefined reference to `blas_zhemv2_x_'<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>/usr/bin/ld: /home/bbwannabe/Documents/Nemesis/cPoisson/gcc/cPoissons.so: undefined reference to `blas_zsymv2_x_'<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>/usr/bin/ld: /home/bbwannabe/Documents/Nemesis/cPoisson/gcc/cPoissons.so: undefined reference to `blas_dsymv_x_'<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>/usr/bin/ld: /home/bbwannabe/Documents/Nemesis/cPoisson/gcc/cPoissons.so: undefined reference to `blas_dgbmv2_x_'<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>/usr/bin/ld: /home/bbwannabe/Documents/Nemesis/cPoisson/gcc/cPoissons.so: undefined reference to `blas_cgemv_x_'<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>collect2: error: ld returned 1 exit status<o:p></o:p></span></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>make: *** [makefile:6: sPoisson3D] Error 1<o:p></o:p></span></p></div></div></div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div></div></body></html>