<div dir="ltr"><div dir="ltr">On Fri, Aug 28, 2020 at 1:32 PM baikadi pranay <<a href="mailto:pranayreddy865@gmail.com">pranayreddy865@gmail.com</a>> wrote:<br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Thank you Mark and Matthew. I will try to use the suppression file to hide the leaks.<br><br>On a different note, I see a similar error related to MPI when I couple my poisson solver with the schrodinger solver (written with SLEPc). I am attaching a screenshot of the error. I was wondering if you could comment on this issue as well.<br><br>Please let me know if you need any further information from me.<br></div></blockquote><div><br></div><div>It looks like you called an MPI function after you called PetscFinalize(). In order to do this, you have to call MPI_Init() before you call PetscInitialize().</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Thank you.<br><br>Best Regards,<br>Pranay.</div><div hspace="streak-pt-mark" style="max-height:1px"><img alt="" style="width: 0px; max-height: 0px; overflow: hidden;" src="https://mailfoogae.appspot.com/t?sender=acHJhbmF5cmVkZHk4NjVAZ21haWwuY29t&type=zerocontent&guid=83d2d979-510a-41fa-97e4-16de78697dec"><font color="#ffffff" size="1">ᐧ</font></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Aug 28, 2020 at 5:48 AM Mark Lohry <<a href="mailto:mlohry@gmail.com" target="_blank">mlohry@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Looking through my own valgrind I saw OpenMPI mentions on their faq they provide a suppression file to hide their known leaks:<br></div><div><a href="https://www.open-mpi.org/faq/?category=debugging#valgrind_clean" target="_blank">https://www.open-mpi.org/faq/?category=debugging#valgrind_clean</a></div><div></div><div><pre><span>mpirun</span> <span>-np</span> <span>2</span> <span>valgrind</span> <span>--suppressions</span>=<span>$PREFIX</span><span>/</span>share<span>/</span>openmpi<span>/</span>openmpi-valgrind.supp</pre></div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Aug 28, 2020 at 7:41 AM Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">OpenMPI leaks memory at the end. As you can see it is small, so they are unmotivated to fix that.<div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Aug 28, 2020 at 4:31 AM baikadi pranay <<a href="mailto:pranayreddy865@gmail.com" target="_blank">pranayreddy865@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi,<br>I am building a 2D solver for the semiconductor Poisson-Boltzmann equation. I detected a memory leak when running the program using valgrind but I am unable to solve this issue as there are no signs in the valgrind output indicating that the source of the error is in the modules I have written. I am attaching you a text file containing the valgrind output.<br><br>I have seen that a similar question was asked earlier (found <a href="https://lists.mcs.anl.gov/pipermail/petsc-users/2010-October/007132.html" target="_blank">here</a>) but I could not find a final solution to that problem. Could you let me know the source of the problem? <br><br>Please let me know if you need any further information.<br><br>Thank you,<br>Pranay.</div><div hspace="streak-pt-mark" style="max-height:1px"><img alt="" style="width: 0px; max-height: 0px; overflow: hidden;" src="https://mailfoogae.appspot.com/t?sender=acHJhbmF5cmVkZHk4NjVAZ21haWwuY29t&type=zerocontent&guid=542ac1df-7a69-46df-90e8-8b49f7f2ad36"><font size="1" color="#ffffff">ᐧ</font></div>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div>
</blockquote></div>
</blockquote></div>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>