<div dir="ltr">I was given advice to use Suitesparse in these circumstances:<div><br></div><div>* configure with --download-suitesparse<br></div><div>* run with -pc_type lu -pc_factor_mat_solver_type umfpack</div><div><br></div><div>Nate</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Jul 8, 2020 at 3:12 PM Mark Adams <<a href="mailto:mfadams@lbl.gov">mfadams@lbl.gov</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Jul 8, 2020 at 2:43 PM Qin Lu via petsc-users <<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div><div style="font-family:"Helvetica Neue",Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:13px"><div dir="ltr">Hello,</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">I am using the Petsc native direct solver <font face="Helvetica, Arial, sans-serif">(with KSPPREONLY and PCLU) to solver a small Linear equation system. The matrix has a couple of diagonal terms with value 0, which makes the solver fail. Then I set a very small value (e.g., 1e-10) at these terms and the solver works. Can this cause noticeable errors in the solution? </font></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>Can't say.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div><div style="font-family:"Helvetica Neue",Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:13px"><div dir="ltr"><font face="Helvetica, Arial, sans-serif">Are there any options in Petsc to make the direct solver do row/column pivoting so that all the diagonal terms are non-zero?</font></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>I see:</div><br><br>-pc_factor_pivot_in_blocks <true,false>- allow pivoting within the small blocks during factorization (may increase stability of factorization.<br><br>and<br><br><br>-pc_factor_shift_type <shifttype>- Sets shift type or PETSC_DECIDE for the default; use '-help' for a list of available types<br>-pc_factor_shift_amount <shiftamount>- Sets shift amount or PETSC_DECIDE for the default<br><br> <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div><div style="font-family:"Helvetica Neue",Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:13px"><div dir="ltr"><font face="Helvetica, Arial, sans-serif"><br></font></div><div dir="ltr"><font face="Helvetica, Arial, sans-serif">Thanks for any suggestions.</font></div><div dir="ltr"><font face="Helvetica, Arial, sans-serif"><br></font></div><div dir="ltr"><font face="Helvetica, Arial, sans-serif">Regards,</font></div><div dir="ltr"><font face="Helvetica, Arial, sans-serif">Qin</font></div></div></div></blockquote></div></div>
</blockquote></div>