<div dir="ltr"><div dir="ltr">On Tue, Jun 23, 2020 at 8:56 AM Lucas Banting <<a href="mailto:bantingl@myumanitoba.ca">bantingl@myumanitoba.ca</a>> wrote:<br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Hello,</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
I am trying to use the HDF5 viewer to store the solution of my system at every iteration.
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
I am storing the solutions in order to compare two different results, one from an old sequential program and one from a new parallel program that is parallelized using the DMDA structure.</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
I am using matlab to compare the results.<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
In the sequential program, the vector for the solution is just a simple one dimensional vector made from VecCreate. In the parallel program, the vector is made from DMCreateGlobalVector.</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
In both versions of the program, I create the viewer as:</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<div style="color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255);font-family:Consolas,"Courier New",monospace;font-weight:normal;font-size:14px;line-height:19px">
<div><span style="color:rgb(175,0,219)">call</span><span> </span><span style="color:rgb(121,94,38)">PetscViewerHDF5Open</span><span>(PETSC_COMM_WORLD,</span><span style="color:rgb(163,21,21)">"filename.hdf5"</span><span>,&</span></div>
<div><span>                        FILE_MODE_WRITE,hdf5viewer,ierr)</span></div>
<div><span><br>
</span></div>
<div><span style="font-family:calibri,arial,helvetica,sans-serif;font-size:12pt;line-height:normal;color:rgb(0,0,0);background-color:rgba(0,0,0,0)">When I load the files into MATLAB after words, the sequential program creates a new dataset
 each iteration, while the parallel version using DMCreateGlobalVector only stores a single dataset.</span><span><br>
</span></div>
<div><span style="font-family:calibri,arial,helvetica,sans-serif;font-size:12pt;line-height:normal;color:rgb(0,0,0);background-color:rgba(0,0,0,0)">Is there a way I can force both viewers to create a new dataset in the same way each time vecview
 is called? Or is there someway I can manually create a new dataset?</span></div></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>You can see inside the file using 'h5ls' and 'h5dump'. I believe that the Vec is stored in HDF5 using the name (of the PetscObject). I think</div><div>that is happening is that you are not setting the name, which means it defaults to the pointer, and that pointer is the same for your</div><div>global vector. I believe if you change the name at each iteration, they will all be saved. You can also use the Timestep mechanism as Barry</div><div>suggests.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)"><div style="color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255);font-family:Consolas,"Courier New",monospace;font-weight:normal;font-size:14px;line-height:19px">
<div><span style="font-family:calibri,arial,helvetica,sans-serif;font-size:12pt;line-height:normal;color:rgb(0,0,0);background-color:rgba(0,0,0,0)">I am using Open MPI 3.1.4, Petsc 3.12.4, Intel Fortran 2019.5, and hdf5/<a href="http://1.10.5." target="_blank">1.10.5.</a></span></div>
<div><span><br>
</span></div>
<div><span style="font-family:calibri,arial,helvetica,sans-serif;font-size:12pt;line-height:normal;color:rgb(0,0,0);background-color:rgba(0,0,0,0)">Thanks,</span></div>
<div><span><br>
</span></div>
<div><span style="font-family:calibri,arial,helvetica,sans-serif;font-size:12pt;line-height:normal;color:rgb(0,0,0);background-color:rgba(0,0,0,0)">Lucas Banting</span><span><br>
</span></div>
</div>
<br>
</div>
</div>

</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>