<div dir="ltr">It seems MatFindOffBlockDiagonalEntries_MPIAIJ is broken for a special case. Can you send a MWE to reproduce problem so that we can fix it properly and add it to the testsuite?</div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Il giorno lun 22 giu 2020 alle ore 12:20 Eda Oktay <<a href="mailto:eda.oktay@metu.edu.tr">eda.oktay@metu.edu.tr</a>> ha scritto:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">I am so sorry for the inconvenience, the last error I sent you was a<br>
different one, I forgot to change the codes. I am sending you the<br>
actual error where I used MatFindOffBlockDiagonalEntries again in the<br>
newest version.<br>
<br>
[1]PETSC ERROR: --------------------- Error Message<br>
--------------------------------------------------------------<br>
[1]PETSC ERROR: Null argument, when expecting valid pointer<br>
[2]PETSC ERROR: --------------------- Error Message<br>
--------------------------------------------------------------<br>
[2]PETSC ERROR: Null argument, when expecting valid pointer<br>
[2]PETSC ERROR: Null Object: Parameter # 1<br>
[2]PETSC ERROR: See<br>
<a href="https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble<br>
shooting.<br>
[2]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.13.2, Jun 02, 2020<br>
[2]PETSC ERROR: [3]PETSC ERROR: --------------------- Error Message<br>
--------------------------------------------------------------<br>
[3]PETSC ERROR: Null argument, when expecting valid pointer<br>
[3]PETSC ERROR: Null Object: Parameter # 1<br>
[3]PETSC ERROR: See<br>
<a href="https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble<br>
shooting.<br>
[3]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.13.2, Jun 02, 2020<br>
[3]PETSC ERROR:<br>
./approx_cut_deneme_clustering_son_final_edgecut_without_parmetis on a<br>
arch-linux2-c-debug named <a href="http://b342.wls.metu.edu.tr" rel="noreferrer" target="_blank">b342.wls.metu.edu.tr</a> by edaoktay Mon Jun 22<br>
12:11:44 2020<br>
[1]PETSC ERROR: Null Object: Parameter # 1<br>
[1]PETSC ERROR: See<br>
<a href="https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble<br>
shooting.<br>
[1]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.13.2, Jun 02, 2020<br>
[1]PETSC ERROR:<br>
./approx_cut_deneme_clustering_son_final_edgecut_without_parmetis on a<br>
arch-linux2-c-debug named <a href="http://b342.wls.metu.edu.tr" rel="noreferrer" target="_blank">b342.wls.metu.edu.tr</a> by edaoktay Mon Jun 22<br>
12:11:44 2020<br>
[1]PETSC ERROR: Configure options --with-cc=gcc --with-cxx=g++<br>
--download-mpich --download-openblas --download-slepc --download-metis<br>
--download-parmetis --download-chaco --with-X=1<br>
[1]PETSC ERROR: #1 ISGetSize() line 1101 in<br>
/home/edaoktay/petsc-3.13.2/src/vec/is/is/interface/index.c<br>
./approx_cut_deneme_clustering_son_final_edgecut_without_parmetis on a<br>
arch-linux2-c-debug named <a href="http://b342.wls.metu.edu.tr" rel="noreferrer" target="_blank">b342.wls.metu.edu.tr</a> by edaoktay Mon Jun 22<br>
12:11:44 2020<br>
[2]PETSC ERROR: Configure options --with-cc=gcc --with-cxx=g++<br>
--download-mpich --download-openblas --download-slepc --download-metis<br>
--download-parmetis --download-chaco --with-X=1<br>
[2]PETSC ERROR: #1 ISGetSize() line 1101 in<br>
/home/edaoktay/petsc-3.13.2/src/vec/is/is/interface/index.c<br>
[2]PETSC ERROR: [3]PETSC ERROR: Configure options --with-cc=gcc<br>
--with-cxx=g++ --download-mpich --download-openblas --download-slepc<br>
--download-metis --download-parmetis --download-chaco --with-X=1<br>
[3]PETSC ERROR: #1 ISGetSize() line 1101 in<br>
/home/edaoktay/petsc-3.13.2/src/vec/is/is/interface/index.c<br>
[3]PETSC ERROR: #2 MatFindOffBlockDiagonalEntries_MPIAIJ() line 229 in<br>
/home/edaoktay/petsc-3.13.2/src/mat/impls/aij/mpi/mpiaij.c<br>
[1]PETSC ERROR: #2 MatFindOffBlockDiagonalEntries_MPIAIJ() line 229 in<br>
/home/edaoktay/petsc-3.13.2/src/mat/impls/aij/mpi/mpiaij.c<br>
[1]PETSC ERROR: #3 MatFindOffBlockDiagonalEntries() line 9824 in<br>
/home/edaoktay/petsc-3.13.2/src/mat/interface/matrix.c<br>
#2 MatFindOffBlockDiagonalEntries_MPIAIJ() line 229 in<br>
/home/edaoktay/petsc-3.13.2/src/mat/impls/aij/mpi/mpiaij.c<br>
[2]PETSC ERROR: #3 MatFindOffBlockDiagonalEntries() line 9824 in<br>
/home/edaoktay/petsc-3.13.2/src/mat/interface/matrix.c<br>
[3]PETSC ERROR: #3 MatFindOffBlockDiagonalEntries() line 9824 in<br>
/home/edaoktay/petsc-3.13.2/src/mat/interface/matrix.c<br>
<br>
I think this is again the same error when I used an older version.<br>
Again, even though I am using a valid matrix and an index set, I don't<br>
know why I am getting this error.<br>
<br>
About the small test example, I couldn't understand what Junchao ment<br>
but this is the first time I am trying to use this function and my<br>
current matrix is quite small 72*72.<br>
<br>
  Mat Ais;<br>
  MatCreateSubMatrix(A,idUi,idUi,MAT_INITIAL_MATRIX,&Ais);<br>
  ISSetPermutation(idUi);<br>
  MatPermute(Ais,idUi,idUi,&PL);<br>
IS offd;<br>
MatFindOffBlockDiagonalEntries(PL,&offd);<br>
<br>
My matrix PL is working, I know that since I viewed it before the<br>
line: IS offd. And although it says null object for parameter 1,  I<br>
believe that other lines below this error are about IS. Should I<br>
create IS before using it in MatFindOffBlockDiagonalEntries?<br>
<br>
Mark Adams <<a href="mailto:mfadams@lbl.gov" target="_blank">mfadams@lbl.gov</a>>, 19 Haz 2020 Cum, 20:37 tarihinde şunu yazdı:<br>
><br>
> This is more useful and you are getting a new error. Maybe the old error is fixed.<br>
> It looks like you are trying to copy a matrix into another but they have different communicators.  For example, one is created with MPI_COMM_WOLD and the other with PETSC_COMM_WORLD.<br>
><br>
> On Fri, Jun 19, 2020 at 12:48 PM Eda Oktay <<a href="mailto:eda.oktay@metu.edu.tr" target="_blank">eda.oktay@metu.edu.tr</a>> wrote:<br>
>><br>
>> Dear Mark,<br>
>><br>
>> I updated Petsc and again, here's the error:<br>
>><br>
>> [0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message<br>
>> --------------------------------------------------------------<br>
>> [0]PETSC ERROR: Arguments must have same communicators<br>
>> [0]PETSC ERROR: [1]PETSC ERROR: --------------------- Error Message<br>
>> --------------------------------------------------------------<br>
>> [1]PETSC ERROR: Arguments must have same communicators<br>
>> [1]PETSC ERROR: Different communicators in the two objects: Argument #<br>
>> 1 and 2 flag 3<br>
>> [1]PETSC ERROR: See<br>
>> <a href="https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble<br>
>> shooting.<br>
>> [1]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.13.2, Jun 02, 2020<br>
>> [1]PETSC ERROR: [2]PETSC ERROR: [3]PETSC ERROR: ---------------------<br>
>> Error Message --------------------------------------------------------------<br>
>> [3]PETSC ERROR: Arguments must have same communicators<br>
>> [3]PETSC ERROR: Different communicators in the two objects: Argument #<br>
>> 1 and 2 flag 3<br>
>> [3]PETSC ERROR: See<br>
>> <a href="https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble<br>
>> shooting.<br>
>> [3]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.13.2, Jun 02, 2020<br>
>> [3]PETSC ERROR:<br>
>> ./approx_cut_deneme_clustering_son_final_edgecut_without_parmetis on a<br>
>> arch-linux2-c-debug named <a href="http://b342.wls.metu.edu.tr" rel="noreferrer" target="_blank">b342.wls.metu.edu.tr</a> by edaoktay Fri Jun 19<br>
>> 19:44:41 2020<br>
>> [3]PETSC ERROR: Configure options --with-cc=gcc --with-cxx=g++<br>
>> --download-mpich --download-openblas --download-slepc --download-metis<br>
>> --download-parmetis --download-chaco --with-X=1<br>
>> Different communicators in the two objects: Argument # 1 and 2 flag 3<br>
>> [0]PETSC ERROR: See<br>
>> <a href="https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble<br>
>> shooting.<br>
>> [0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.13.2, Jun 02, 2020<br>
>> [0]PETSC ERROR:<br>
>> ./approx_cut_deneme_clustering_son_final_edgecut_without_parmetis on a<br>
>> arch-linux2-c-debug named <a href="http://b342.wls.metu.edu.tr" rel="noreferrer" target="_blank">b342.wls.metu.edu.tr</a> by edaoktay Fri Jun 19<br>
>> 19:44:41 2020<br>
>> [0]PETSC ERROR: Configure options --with-cc=gcc --with-cxx=g++<br>
>> --download-mpich --download-openblas --download-slepc --download-metis<br>
>> --download-parmetis --download-chaco --with-X=1<br>
>> [0]PETSC ERROR: #1 MatCopy() line 4044 in<br>
>> /home/edaoktay/petsc-3.13.2/src/mat/interface/matrix.c<br>
>> ./approx_cut_deneme_clustering_son_final_edgecut_without_parmetis on a<br>
>> arch-linux2-c-debug named <a href="http://b342.wls.metu.edu.tr" rel="noreferrer" target="_blank">b342.wls.metu.edu.tr</a> by edaoktay Fri Jun 19<br>
>> 19:44:41 2020<br>
>> [1]PETSC ERROR: Configure options --with-cc=gcc --with-cxx=g++<br>
>> --download-mpich --download-openblas --download-slepc --download-metis<br>
>> --download-parmetis --download-chaco --with-X=1<br>
>> [1]PETSC ERROR: #1 MatCopy() line 4044 in<br>
>> /home/edaoktay/petsc-3.13.2/src/mat/interface/matrix.c<br>
>> [3]PETSC ERROR: #1 MatCopy() line 4044 in<br>
>> /home/edaoktay/petsc-3.13.2/src/mat/interface/matrix.c<br>
>> [0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message<br>
>> --------------------------------------------------------------<br>
>> [0]PETSC ERROR: Nonconforming object sizes<br>
>> [1]PETSC ERROR: --------------------- Error Message<br>
>> --------------------------------------------------------------<br>
>> [1]PETSC ERROR: Nonconforming object sizes<br>
>> [1]PETSC ERROR: Non conforming matrix add: global sizes 1 x 72, 1 x 72<br>
>> [3]PETSC ERROR: --------------------- Error Message<br>
>> --------------------------------------------------------------<br>
>> [3]PETSC ERROR: Nonconforming object sizes<br>
>> [3]PETSC ERROR: Non conforming matrix add: global sizes 16 x 72, 16 x 72<br>
>> [3]PETSC ERROR: [0]PETSC ERROR: Non conforming matrix add: global<br>
>> sizes 52 x 72, 52 x 72<br>
>> [0]PETSC ERROR: See<br>
>> <a href="https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble<br>
>> shooting.<br>
>> [0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.13.2, Jun 02, 2020<br>
>> [0]PETSC ERROR: [1]PETSC ERROR: See<br>
>> <a href="https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble<br>
>> shooting.<br>
>> [1]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.13.2, Jun 02, 2020<br>
>> [1]PETSC ERROR:<br>
>> ./approx_cut_deneme_clustering_son_final_edgecut_without_parmetis on a<br>
>> arch-linux2-c-debug named <a href="http://b342.wls.metu.edu.tr" rel="noreferrer" target="_blank">b342.wls.metu.edu.tr</a> by edaoktay Fri Jun 19<br>
>> 19:44:41 2020<br>
>> See <a href="https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble shooting.<br>
>> [3]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.13.2, Jun 02, 2020<br>
>> [3]PETSC ERROR:<br>
>> ./approx_cut_deneme_clustering_son_final_edgecut_without_parmetis on a<br>
>> arch-linux2-c-debug named <a href="http://b342.wls.metu.edu.tr" rel="noreferrer" target="_blank">b342.wls.metu.edu.tr</a> by edaoktay Fri Jun 19<br>
>> 19:44:41 2020<br>
>> [3]PETSC ERROR:<br>
>> ./approx_cut_deneme_clustering_son_final_edgecut_without_parmetis on a<br>
>> arch-linux2-c-debug named <a href="http://b342.wls.metu.edu.tr" rel="noreferrer" target="_blank">b342.wls.metu.edu.tr</a> by edaoktay Fri Jun 19<br>
>> 19:44:41 2020<br>
>> [0]PETSC ERROR: Configure options --with-cc=gcc --with-cxx=g++<br>
>> --download-mpich --download-openblas --download-slepc --download-metis<br>
>> --download-parmetis --download-chaco --with-X=1<br>
>> [0]PETSC ERROR: [1]PETSC ERROR: Configure options --with-cc=gcc<br>
>> --with-cxx=g++ --download-mpich --download-openblas --download-slepc<br>
>> --download-metis --download-parmetis --download-chaco --with-X=1<br>
>> [1]PETSC ERROR: #2 MatAXPY() line 72 in<br>
>> /home/edaoktay/petsc-3.13.2/src/mat/utils/axpy.c<br>
>> Configure options --with-cc=gcc --with-cxx=g++ --download-mpich<br>
>> --download-openblas --download-slepc --download-metis<br>
>> --download-parmetis --download-chaco --with-X=1<br>
>> [3]PETSC ERROR: #2 MatAXPY() line 72 in<br>
>> /home/edaoktay/petsc-3.13.2/src/mat/utils/axpy.c<br>
>> #2 MatAXPY() line 72 in /home/edaoktay/petsc-3.13.2/src/mat/utils/axpy.c<br>
>><br>
>> Elapsed time: 2.5e-01<br>
>><br>
>> --------------------- Error Message<br>
>> --------------------------------------------------------------<br>
>> [2]PETSC ERROR: Arguments must have same communicators<br>
>> [2]PETSC ERROR: Different communicators in the two objects: Argument #<br>
>> 1 and 2 flag 3<br>
>> [2]PETSC ERROR: See<br>
>> <a href="https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble<br>
>> shooting.<br>
>> [2]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.13.2, Jun 02, 2020<br>
>> [2]PETSC ERROR:<br>
>> ./approx_cut_deneme_clustering_son_final_edgecut_without_parmetis on a<br>
>> arch-linux2-c-debug named <a href="http://b342.wls.metu.edu.tr" rel="noreferrer" target="_blank">b342.wls.metu.edu.tr</a> by edaoktay Fri Jun 19<br>
>> 19:44:41 2020<br>
>> [2]PETSC ERROR: Configure options --with-cc=gcc --with-cxx=g++<br>
>> --download-mpich --download-openblas --download-slepc --download-metis<br>
>> --download-parmetis --download-chaco --with-X=1<br>
>> [2]PETSC ERROR: #1 MatCopy() line 4044 in<br>
>> /home/edaoktay/petsc-3.13.2/src/mat/interface/matrix.c<br>
>> [2]PETSC ERROR: --------------------- Error Message<br>
>> --------------------------------------------------------------<br>
>> [2]PETSC ERROR: Nonconforming object sizes<br>
>> [2]PETSC ERROR: Non conforming matrix add: global sizes 3 x 72, 3 x 72<br>
>> [2]PETSC ERROR: See<br>
>> <a href="https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble<br>
>> shooting.<br>
>> [2]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.13.2, Jun 02, 2020<br>
>> [2]PETSC ERROR:<br>
>> ./approx_cut_deneme_clustering_son_final_edgecut_without_parmetis on a<br>
>> arch-linux2-c-debug named <a href="http://b342.wls.metu.edu.tr" rel="noreferrer" target="_blank">b342.wls.metu.edu.tr</a> by edaoktay Fri Jun 19<br>
>> 19:44:41 2020<br>
>> [2]PETSC ERROR: Configure options --with-cc=gcc --with-cxx=g++<br>
>> --download-mpich --download-openblas --download-slepc --download-metis<br>
>> --download-parmetis --download-chaco --with-X=1<br>
>> [2]PETSC ERROR: #2 MatAXPY() line 72 in<br>
>> /home/edaoktay/petsc-3.13.2/src/mat/utils/axpy.c<br>
>><br>
>> What can be the reason?<br>
>><br>
>> Mark Adams <<a href="mailto:mfadams@lbl.gov" target="_blank">mfadams@lbl.gov</a>>, 19 Haz 2020 Cum, 18:41 tarihinde şunu yazdı:<br>
>> ><br>
>> > I don't know what is going on here. There was an update to this function about a year ago, so that might fix your problem.<br>
>> ><br>
>> > We would need you to test with a current version.<br>
>> ><br>
>> > Mark<br>
>> ><br>
>> > On Fri, Jun 19, 2020 at 11:23 AM Eda Oktay <<a href="mailto:eda.oktay@metu.edu.tr" target="_blank">eda.oktay@metu.edu.tr</a>> wrote:<br>
>> >><br>
>> >> Hi all,<br>
>> >><br>
>> >> I am trying to find off block diagonal entries of a matrix and I am<br>
>> >> trying to use MatFindOffBlockDiagonalEntries. However, although my<br>
>> >> matrix is not NULL, I am getting an error message as follows:<br>
>> >><br>
>> >> 1]PETSC ERROR: --------------------- Error Message<br>
>> >> --------------------------------------------------------------<br>
>> >> [1]PETSC ERROR: [2]PETSC ERROR: --------------------- Error Message<br>
>> >> --------------------------------------------------------------<br>
>> >> [2]PETSC ERROR: Null argument, when expecting valid pointer<br>
>> >> [2]PETSC ERROR: Null Object: Parameter # 1<br>
>> >> [2]PETSC ERROR: See<br>
>> >> <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble<br>
>> >> shooting.<br>
>> >> [2]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.11.1, Apr, 12, 2019<br>
>> >> [2]PETSC ERROR: [3]PETSC ERROR: --------------------- Error Message<br>
>> >> --------------------------------------------------------------<br>
>> >> [3]PETSC ERROR: Null argument, when expecting valid pointer<br>
>> >> [3]PETSC ERROR: Null Object: Parameter # 1<br>
>> >> [3]PETSC ERROR: See<br>
>> >> <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble<br>
>> >> shooting.<br>
>> >> [3]PETSC ERROR: Null argument, when expecting valid pointer<br>
>> >> [1]PETSC ERROR: Null Object: Parameter # 1<br>
>> >> [1]PETSC ERROR: See<br>
>> >> <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble<br>
>> >> shooting.<br>
>> >> [1]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.11.1, Apr, 12, 2019<br>
>> >> [1]PETSC ERROR:<br>
>> >> ./approx_cut_deneme_clustering_son_final_edgecut_without_parmetis on a<br>
>> >> arch-linux2-c-debug named <a href="http://b342.wls.metu.edu.tr" rel="noreferrer" target="_blank">b342.wls.metu.edu.tr</a> by edaoktay Fri Jun 19<br>
>> >> 18:19:11 2020<br>
>> >> [1]PETSC ERROR: Configure options --download-mpich --download-openblas<br>
>> >> --download-slepc --download-metis --download-parmetis --download-chaco<br>
>> >> --with-X=1<br>
>> >> [1]PETSC ERROR: #1 ISGetSize() line 510 in<br>
>> >> /home/edaoktay/petsc-3.11.1/src/vec/is/is/interface/index.c<br>
>> >> [1]PETSC ERROR:<br>
>> >> ./approx_cut_deneme_clustering_son_final_edgecut_without_parmetis on a<br>
>> >> arch-linux2-c-debug named <a href="http://b342.wls.metu.edu.tr" rel="noreferrer" target="_blank">b342.wls.metu.edu.tr</a> by edaoktay Fri Jun 19<br>
>> >> 18:19:11 2020<br>
>> >> [2]PETSC ERROR: Configure options --download-mpich --download-openblas<br>
>> >> --download-slepc --download-metis --download-parmetis --download-chaco<br>
>> >> --with-X=1<br>
>> >> [2]PETSC ERROR: #1 ISGetSize() line 510 in<br>
>> >> /home/edaoktay/petsc-3.11.1/src/vec/is/is/interface/index.c<br>
>> >> [2]PETSC ERROR: #2 MatFindOffBlockDiagonalEntries_MPIAIJ() line 211 in<br>
>> >> /home/edaoktay/petsc-3.11.1/src/mat/impls/aij/mpi/mpiaij.c<br>
>> >> [2]PETSC ERROR: #2 MatFindOffBlockDiagonalEntries_MPIAIJ() line 211 in<br>
>> >> /home/edaoktay/petsc-3.11.1/src/mat/impls/aij/mpi/mpiaij.c<br>
>> >> [1]PETSC ERROR: #3 MatFindOffBlockDiagonalEntries() line 10502 in<br>
>> >> /home/edaoktay/petsc-3.11.1/src/mat/interface/matrix.c<br>
>> >> #3 MatFindOffBlockDiagonalEntries() line 10502 in<br>
>> >> /home/edaoktay/petsc-3.11.1/src/mat/interface/matrix.c<br>
>> >> Petsc Release Version 3.11.1, Apr, 12, 2019<br>
>> >> [3]PETSC ERROR:<br>
>> >> ./approx_cut_deneme_clustering_son_final_edgecut_without_parmetis on a<br>
>> >> arch-linux2-c-debug named <a href="http://b342.wls.metu.edu.tr" rel="noreferrer" target="_blank">b342.wls.metu.edu.tr</a> by edaoktay Fri Jun 19<br>
>> >> 18:19:11 2020<br>
>> >> [3]PETSC ERROR: Configure options --download-mpich --download-openblas<br>
>> >> --download-slepc --download-metis --download-parmetis --download-chaco<br>
>> >> --with-X=1<br>
>> >> [3]PETSC ERROR: #1 ISGetSize() line 510 in<br>
>> >> /home/edaoktay/petsc-3.11.1/src/vec/is/is/interface/index.c<br>
>> >> [3]PETSC ERROR: #2 MatFindOffBlockDiagonalEntries_MPIAIJ() line 211 in<br>
>> >> /home/edaoktay/petsc-3.11.1/src/mat/impls/aij/mpi/mpiaij.c<br>
>> >> [3]PETSC ERROR: #3 MatFindOffBlockDiagonalEntries() line 10502 in<br>
>> >> /home/edaoktay/petsc-3.11.1/src/mat/interface/matrix.c<br>
>> >><br>
>> >> And the program is still running.<br>
>> >><br>
>> >> The part of my program is :<br>
>> >><br>
>> >>   Mat Ais;<br>
>> >>   MatCreateSubMatrix(A,idUi,idUi,MAT_INITIAL_MATRIX,&Ais);<br>
>> >>   ISSetPermutation(idUi);<br>
>> >>   MatPermute(Ais,idUi,idUi,&PL);<br>
>> >>   IS offd;<br>
>> >>   MatFindOffBlockDiagonalEntries(PL,&offd);<br>
>> >><br>
>> >> Since there isn't any examples for this function, I couldn't<br>
>> >> understand what should I do. Since it says in the error that it is<br>
>> >> about parameter 1, the matrix, I don't know how to solve the problem.<br>
>> >> My matrix PL is parallel sparse. I know there shouldn't be any problem<br>
>> >> in PL since I can view PL by using MatView.<br>
>> >><br>
>> >> Thanks!<br>
>> >><br>
>> >> Eda<br>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature">Stefano</div>