<div dir="ltr">This is more useful and you are getting a new error. Maybe the old error is fixed. <div>It looks like you are trying to copy a matrix into another but they have different communicators.  For example, one is created with MPI_COMM_WOLD and the other with PETSC_COMM_WORLD.</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Jun 19, 2020 at 12:48 PM Eda Oktay <<a href="mailto:eda.oktay@metu.edu.tr">eda.oktay@metu.edu.tr</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Dear Mark,<br>
<br>
I updated Petsc and again, here's the error:<br>
<br>
[0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message<br>
--------------------------------------------------------------<br>
[0]PETSC ERROR: Arguments must have same communicators<br>
[0]PETSC ERROR: [1]PETSC ERROR: --------------------- Error Message<br>
--------------------------------------------------------------<br>
[1]PETSC ERROR: Arguments must have same communicators<br>
[1]PETSC ERROR: Different communicators in the two objects: Argument #<br>
1 and 2 flag 3<br>
[1]PETSC ERROR: See<br>
<a href="https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble<br>
shooting.<br>
[1]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.13.2, Jun 02, 2020<br>
[1]PETSC ERROR: [2]PETSC ERROR: [3]PETSC ERROR: ---------------------<br>
Error Message --------------------------------------------------------------<br>
[3]PETSC ERROR: Arguments must have same communicators<br>
[3]PETSC ERROR: Different communicators in the two objects: Argument #<br>
1 and 2 flag 3<br>
[3]PETSC ERROR: See<br>
<a href="https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble<br>
shooting.<br>
[3]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.13.2, Jun 02, 2020<br>
[3]PETSC ERROR:<br>
./approx_cut_deneme_clustering_son_final_edgecut_without_parmetis on a<br>
arch-linux2-c-debug named <a href="http://b342.wls.metu.edu.tr" rel="noreferrer" target="_blank">b342.wls.metu.edu.tr</a> by edaoktay Fri Jun 19<br>
19:44:41 2020<br>
[3]PETSC ERROR: Configure options --with-cc=gcc --with-cxx=g++<br>
--download-mpich --download-openblas --download-slepc --download-metis<br>
--download-parmetis --download-chaco --with-X=1<br>
Different communicators in the two objects: Argument # 1 and 2 flag 3<br>
[0]PETSC ERROR: See<br>
<a href="https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble<br>
shooting.<br>
[0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.13.2, Jun 02, 2020<br>
[0]PETSC ERROR:<br>
./approx_cut_deneme_clustering_son_final_edgecut_without_parmetis on a<br>
arch-linux2-c-debug named <a href="http://b342.wls.metu.edu.tr" rel="noreferrer" target="_blank">b342.wls.metu.edu.tr</a> by edaoktay Fri Jun 19<br>
19:44:41 2020<br>
[0]PETSC ERROR: Configure options --with-cc=gcc --with-cxx=g++<br>
--download-mpich --download-openblas --download-slepc --download-metis<br>
--download-parmetis --download-chaco --with-X=1<br>
[0]PETSC ERROR: #1 MatCopy() line 4044 in<br>
/home/edaoktay/petsc-3.13.2/src/mat/interface/matrix.c<br>
./approx_cut_deneme_clustering_son_final_edgecut_without_parmetis on a<br>
arch-linux2-c-debug named <a href="http://b342.wls.metu.edu.tr" rel="noreferrer" target="_blank">b342.wls.metu.edu.tr</a> by edaoktay Fri Jun 19<br>
19:44:41 2020<br>
[1]PETSC ERROR: Configure options --with-cc=gcc --with-cxx=g++<br>
--download-mpich --download-openblas --download-slepc --download-metis<br>
--download-parmetis --download-chaco --with-X=1<br>
[1]PETSC ERROR: #1 MatCopy() line 4044 in<br>
/home/edaoktay/petsc-3.13.2/src/mat/interface/matrix.c<br>
[3]PETSC ERROR: #1 MatCopy() line 4044 in<br>
/home/edaoktay/petsc-3.13.2/src/mat/interface/matrix.c<br>
[0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message<br>
--------------------------------------------------------------<br>
[0]PETSC ERROR: Nonconforming object sizes<br>
[1]PETSC ERROR: --------------------- Error Message<br>
--------------------------------------------------------------<br>
[1]PETSC ERROR: Nonconforming object sizes<br>
[1]PETSC ERROR: Non conforming matrix add: global sizes 1 x 72, 1 x 72<br>
[3]PETSC ERROR: --------------------- Error Message<br>
--------------------------------------------------------------<br>
[3]PETSC ERROR: Nonconforming object sizes<br>
[3]PETSC ERROR: Non conforming matrix add: global sizes 16 x 72, 16 x 72<br>
[3]PETSC ERROR: [0]PETSC ERROR: Non conforming matrix add: global<br>
sizes 52 x 72, 52 x 72<br>
[0]PETSC ERROR: See<br>
<a href="https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble<br>
shooting.<br>
[0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.13.2, Jun 02, 2020<br>
[0]PETSC ERROR: [1]PETSC ERROR: See<br>
<a href="https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble<br>
shooting.<br>
[1]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.13.2, Jun 02, 2020<br>
[1]PETSC ERROR:<br>
./approx_cut_deneme_clustering_son_final_edgecut_without_parmetis on a<br>
arch-linux2-c-debug named <a href="http://b342.wls.metu.edu.tr" rel="noreferrer" target="_blank">b342.wls.metu.edu.tr</a> by edaoktay Fri Jun 19<br>
19:44:41 2020<br>
See <a href="https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble shooting.<br>
[3]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.13.2, Jun 02, 2020<br>
[3]PETSC ERROR:<br>
./approx_cut_deneme_clustering_son_final_edgecut_without_parmetis on a<br>
arch-linux2-c-debug named <a href="http://b342.wls.metu.edu.tr" rel="noreferrer" target="_blank">b342.wls.metu.edu.tr</a> by edaoktay Fri Jun 19<br>
19:44:41 2020<br>
[3]PETSC ERROR:<br>
./approx_cut_deneme_clustering_son_final_edgecut_without_parmetis on a<br>
arch-linux2-c-debug named <a href="http://b342.wls.metu.edu.tr" rel="noreferrer" target="_blank">b342.wls.metu.edu.tr</a> by edaoktay Fri Jun 19<br>
19:44:41 2020<br>
[0]PETSC ERROR: Configure options --with-cc=gcc --with-cxx=g++<br>
--download-mpich --download-openblas --download-slepc --download-metis<br>
--download-parmetis --download-chaco --with-X=1<br>
[0]PETSC ERROR: [1]PETSC ERROR: Configure options --with-cc=gcc<br>
--with-cxx=g++ --download-mpich --download-openblas --download-slepc<br>
--download-metis --download-parmetis --download-chaco --with-X=1<br>
[1]PETSC ERROR: #2 MatAXPY() line 72 in<br>
/home/edaoktay/petsc-3.13.2/src/mat/utils/axpy.c<br>
Configure options --with-cc=gcc --with-cxx=g++ --download-mpich<br>
--download-openblas --download-slepc --download-metis<br>
--download-parmetis --download-chaco --with-X=1<br>
[3]PETSC ERROR: #2 MatAXPY() line 72 in<br>
/home/edaoktay/petsc-3.13.2/src/mat/utils/axpy.c<br>
#2 MatAXPY() line 72 in /home/edaoktay/petsc-3.13.2/src/mat/utils/axpy.c<br>
<br>
Elapsed time: 2.5e-01<br>
<br>
--------------------- Error Message<br>
--------------------------------------------------------------<br>
[2]PETSC ERROR: Arguments must have same communicators<br>
[2]PETSC ERROR: Different communicators in the two objects: Argument #<br>
1 and 2 flag 3<br>
[2]PETSC ERROR: See<br>
<a href="https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble<br>
shooting.<br>
[2]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.13.2, Jun 02, 2020<br>
[2]PETSC ERROR:<br>
./approx_cut_deneme_clustering_son_final_edgecut_without_parmetis on a<br>
arch-linux2-c-debug named <a href="http://b342.wls.metu.edu.tr" rel="noreferrer" target="_blank">b342.wls.metu.edu.tr</a> by edaoktay Fri Jun 19<br>
19:44:41 2020<br>
[2]PETSC ERROR: Configure options --with-cc=gcc --with-cxx=g++<br>
--download-mpich --download-openblas --download-slepc --download-metis<br>
--download-parmetis --download-chaco --with-X=1<br>
[2]PETSC ERROR: #1 MatCopy() line 4044 in<br>
/home/edaoktay/petsc-3.13.2/src/mat/interface/matrix.c<br>
[2]PETSC ERROR: --------------------- Error Message<br>
--------------------------------------------------------------<br>
[2]PETSC ERROR: Nonconforming object sizes<br>
[2]PETSC ERROR: Non conforming matrix add: global sizes 3 x 72, 3 x 72<br>
[2]PETSC ERROR: See<br>
<a href="https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble<br>
shooting.<br>
[2]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.13.2, Jun 02, 2020<br>
[2]PETSC ERROR:<br>
./approx_cut_deneme_clustering_son_final_edgecut_without_parmetis on a<br>
arch-linux2-c-debug named <a href="http://b342.wls.metu.edu.tr" rel="noreferrer" target="_blank">b342.wls.metu.edu.tr</a> by edaoktay Fri Jun 19<br>
19:44:41 2020<br>
[2]PETSC ERROR: Configure options --with-cc=gcc --with-cxx=g++<br>
--download-mpich --download-openblas --download-slepc --download-metis<br>
--download-parmetis --download-chaco --with-X=1<br>
[2]PETSC ERROR: #2 MatAXPY() line 72 in<br>
/home/edaoktay/petsc-3.13.2/src/mat/utils/axpy.c<br>
<br>
What can be the reason?<br>
<br>
Mark Adams <<a href="mailto:mfadams@lbl.gov" target="_blank">mfadams@lbl.gov</a>>, 19 Haz 2020 Cum, 18:41 tarihinde şunu yazdı:<br>
><br>
> I don't know what is going on here. There was an update to this function about a year ago, so that might fix your problem.<br>
><br>
> We would need you to test with a current version.<br>
><br>
> Mark<br>
><br>
> On Fri, Jun 19, 2020 at 11:23 AM Eda Oktay <<a href="mailto:eda.oktay@metu.edu.tr" target="_blank">eda.oktay@metu.edu.tr</a>> wrote:<br>
>><br>
>> Hi all,<br>
>><br>
>> I am trying to find off block diagonal entries of a matrix and I am<br>
>> trying to use MatFindOffBlockDiagonalEntries. However, although my<br>
>> matrix is not NULL, I am getting an error message as follows:<br>
>><br>
>> 1]PETSC ERROR: --------------------- Error Message<br>
>> --------------------------------------------------------------<br>
>> [1]PETSC ERROR: [2]PETSC ERROR: --------------------- Error Message<br>
>> --------------------------------------------------------------<br>
>> [2]PETSC ERROR: Null argument, when expecting valid pointer<br>
>> [2]PETSC ERROR: Null Object: Parameter # 1<br>
>> [2]PETSC ERROR: See<br>
>> <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble<br>
>> shooting.<br>
>> [2]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.11.1, Apr, 12, 2019<br>
>> [2]PETSC ERROR: [3]PETSC ERROR: --------------------- Error Message<br>
>> --------------------------------------------------------------<br>
>> [3]PETSC ERROR: Null argument, when expecting valid pointer<br>
>> [3]PETSC ERROR: Null Object: Parameter # 1<br>
>> [3]PETSC ERROR: See<br>
>> <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble<br>
>> shooting.<br>
>> [3]PETSC ERROR: Null argument, when expecting valid pointer<br>
>> [1]PETSC ERROR: Null Object: Parameter # 1<br>
>> [1]PETSC ERROR: See<br>
>> <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble<br>
>> shooting.<br>
>> [1]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.11.1, Apr, 12, 2019<br>
>> [1]PETSC ERROR:<br>
>> ./approx_cut_deneme_clustering_son_final_edgecut_without_parmetis on a<br>
>> arch-linux2-c-debug named <a href="http://b342.wls.metu.edu.tr" rel="noreferrer" target="_blank">b342.wls.metu.edu.tr</a> by edaoktay Fri Jun 19<br>
>> 18:19:11 2020<br>
>> [1]PETSC ERROR: Configure options --download-mpich --download-openblas<br>
>> --download-slepc --download-metis --download-parmetis --download-chaco<br>
>> --with-X=1<br>
>> [1]PETSC ERROR: #1 ISGetSize() line 510 in<br>
>> /home/edaoktay/petsc-3.11.1/src/vec/is/is/interface/index.c<br>
>> [1]PETSC ERROR:<br>
>> ./approx_cut_deneme_clustering_son_final_edgecut_without_parmetis on a<br>
>> arch-linux2-c-debug named <a href="http://b342.wls.metu.edu.tr" rel="noreferrer" target="_blank">b342.wls.metu.edu.tr</a> by edaoktay Fri Jun 19<br>
>> 18:19:11 2020<br>
>> [2]PETSC ERROR: Configure options --download-mpich --download-openblas<br>
>> --download-slepc --download-metis --download-parmetis --download-chaco<br>
>> --with-X=1<br>
>> [2]PETSC ERROR: #1 ISGetSize() line 510 in<br>
>> /home/edaoktay/petsc-3.11.1/src/vec/is/is/interface/index.c<br>
>> [2]PETSC ERROR: #2 MatFindOffBlockDiagonalEntries_MPIAIJ() line 211 in<br>
>> /home/edaoktay/petsc-3.11.1/src/mat/impls/aij/mpi/mpiaij.c<br>
>> [2]PETSC ERROR: #2 MatFindOffBlockDiagonalEntries_MPIAIJ() line 211 in<br>
>> /home/edaoktay/petsc-3.11.1/src/mat/impls/aij/mpi/mpiaij.c<br>
>> [1]PETSC ERROR: #3 MatFindOffBlockDiagonalEntries() line 10502 in<br>
>> /home/edaoktay/petsc-3.11.1/src/mat/interface/matrix.c<br>
>> #3 MatFindOffBlockDiagonalEntries() line 10502 in<br>
>> /home/edaoktay/petsc-3.11.1/src/mat/interface/matrix.c<br>
>> Petsc Release Version 3.11.1, Apr, 12, 2019<br>
>> [3]PETSC ERROR:<br>
>> ./approx_cut_deneme_clustering_son_final_edgecut_without_parmetis on a<br>
>> arch-linux2-c-debug named <a href="http://b342.wls.metu.edu.tr" rel="noreferrer" target="_blank">b342.wls.metu.edu.tr</a> by edaoktay Fri Jun 19<br>
>> 18:19:11 2020<br>
>> [3]PETSC ERROR: Configure options --download-mpich --download-openblas<br>
>> --download-slepc --download-metis --download-parmetis --download-chaco<br>
>> --with-X=1<br>
>> [3]PETSC ERROR: #1 ISGetSize() line 510 in<br>
>> /home/edaoktay/petsc-3.11.1/src/vec/is/is/interface/index.c<br>
>> [3]PETSC ERROR: #2 MatFindOffBlockDiagonalEntries_MPIAIJ() line 211 in<br>
>> /home/edaoktay/petsc-3.11.1/src/mat/impls/aij/mpi/mpiaij.c<br>
>> [3]PETSC ERROR: #3 MatFindOffBlockDiagonalEntries() line 10502 in<br>
>> /home/edaoktay/petsc-3.11.1/src/mat/interface/matrix.c<br>
>><br>
>> And the program is still running.<br>
>><br>
>> The part of my program is :<br>
>><br>
>>   Mat Ais;<br>
>>   MatCreateSubMatrix(A,idUi,idUi,MAT_INITIAL_MATRIX,&Ais);<br>
>>   ISSetPermutation(idUi);<br>
>>   MatPermute(Ais,idUi,idUi,&PL);<br>
>>   IS offd;<br>
>>   MatFindOffBlockDiagonalEntries(PL,&offd);<br>
>><br>
>> Since there isn't any examples for this function, I couldn't<br>
>> understand what should I do. Since it says in the error that it is<br>
>> about parameter 1, the matrix, I don't know how to solve the problem.<br>
>> My matrix PL is parallel sparse. I know there shouldn't be any problem<br>
>> in PL since I can view PL by using MatView.<br>
>><br>
>> Thanks!<br>
>><br>
>> Eda<br>
</blockquote></div>