<div dir="ltr"><div>Hi,</div><div><br></div><div>I am trying to compile PETSc, using the precompiled Mumps in Ubuntu. The available Mumps version is 5.1.2, so I use PETSc 3.11 (for 3.13 I would require mumps 5.2.1, not available as a precompiled package).</div><div><br></div><div>The packages are:</div><div><br></div><div>    $ dpkg -l | grep mumps<br>    ii  libmumps-5.1.2:amd64                          5.1.2-4                             amd64        Direct linear systems solver - parallel shared libraries<br>    ii  libmumps-dev:amd64                            5.1.2-4                             amd64        Direct linear systems solver - parallel development files<br>    ii  libmumps-ptscotch-5.1.2:amd64                 5.1.2-4                             amd64        Direct linear systems solver - PTScotch-version shared libraries<br>    ii  libmumps-ptscotch-dev:amd64                   5.1.2-4                             amd64        Direct linear systems solver - PTScotch-version development files<br>    ii  libmumps-scotch-5.1.2:amd64                   5.1.2-4                             amd64        Direct linear systems solver - Scotch-version shared libraries<br>    ii  libmumps-scotch-dev:amd64                     5.1.2-4                             amd64        Direct linear systems solver - Scotch-version development files<br>    ii  libmumps-seq-5.1.2:amd64                      5.1.2-4                             amd64        Direct linear systems solver - non-parallel shared libraries<br>    ii  libmumps-seq-dev:amd64                        5.1.2-4                             amd64        Direct linear systems solver - non-parallel development files<br></div><div><br></div><div>So I configure with</div><div><br></div>    $ ./configure --with-cc=mpicc --with-fc=mpif90 -with-cxx=mpicxx --prefix=/home/santiago/usr/local --with-make-np=10  --with-shared-libraries --with-packages-download-dir=/home/santiago/Documents/installers/petsc --download-fblaslapack --with-mumps --with-scalapack --with-debugging=0 COPTFLAGS='-O -O3 -march=native -mtune=native' FOPTFLAGS='-O -O3 -march=native -mtune=native' CXXOPTFLAGS='-O -O3 -march=native -mtune=native' --force<br><br>works fine. But<br><br>    $ make PETSC_DIR=/home/santiago/usr/local PETSC_ARCH="" test<br>    Running test examples to verify correct installation<br>    Using PETSC_DIR=/home/santiago/usr/local and PETSC_ARCH=<br>    C/C++ example src/snes/examples/tutorials/ex19 run successfully with 1 MPI process<br>    Possible error running C/C++ src/snes/examples/tutorials/ex19 with 2 MPI processes<br>    See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a><br>    lid velocity = 0.0016, prandtl # = 1., grashof # = 1.<br>    [0]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------<br>    [0]PETSC ERROR: Caught signal number 11 SEGV: Segmentation Violation, probably memory access out of range<br>    [0]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger<br>    [0]PETSC ERROR: or see <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind</a><br>    [0]PETSC ERROR: or try <a href="http://valgrind.org">http://valgrind.org</a> on GNU/linux and Apple Mac OS X to find memory corruption errors<br>    [0]PETSC ERROR: configure using --with-debugging=yes, recompile, link, and run<br>    [0]PETSC ERROR: to get more information on the crash.<br>    [0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------<br>    [0]PETSC ERROR: Signal received<br>    [0]PETSC ERROR: See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble shooting.<br>    [0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.11.4, Sep, 28, 2019<br>    [0]PETSC ERROR: ./ex19 on a  named isaiasPrecision-7820 by santiago Sat Apr 25 09:52:01 2020<br>    [1]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------<br>    [1]PETSC ERROR: Caught signal number 11 SEGV: Segmentation Violation, probably memory access out of range<br>    [1]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger<br>    [1]PETSC ERROR: or see <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind</a><br>    [1]PETSC ERROR: or try <a href="http://valgrind.org">http://valgrind.org</a> on GNU/linux and Apple Mac OS X to find memory corruption errors<br>    [1]PETSC ERROR: configure using --with-debugging=yes, recompile, link, and run<br>    [1]PETSC ERROR: to get more information on the crash.<br>    [1]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------<br>    [1]PETSC ERROR: Signal received<br>    [1]PETSC ERROR: See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble shooting.<br>    [1]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.11.4, Sep, 28, 2019<br>    [1]PETSC ERROR: ./ex19 on a  named isaiasPrecision-7820 by santiago Sat Apr 25 09:52:01 2020<br>    [1]PETSC ERROR: Configure options --with-cc=mpicc --with-fc=mpif90 -with-cxx=mpicxx --prefix=/home/santiago/usr/local --with-make-np=10 --with-shared-libraries --with-packages-download-dir=/home/santiago/Documents/installers/petsc --download-fblaslapack --with-mumps --with-scalapack --with-debugging=0 COPTFLAGS="-O -O3 -march=native -mtune=native" FOPTFLAGS="-O -O3 -march=native -mtune=native" CXXOPTFLAGS="-O -O3 -march=native -mtune=native" --force<br>    [1]PETSC ERROR: #1 User provided function() line 0 in  unknown file<br>    [0]PETSC ERROR: Configure options --with-cc=mpicc --with-fc=mpif90 -with-cxx=mpicxx --prefix=/home/santiago/usr/local --with-make-np=10 --with-shared-libraries --with-packages-download-dir=/home/santiago/Documents/installers/petsc --download-fblaslapack --with-mumps --with-scalapack --with-debugging=0 COPTFLAGS="-O -O3 -march=native -mtune=native" FOPTFLAGS="-O -O3 -march=native -mtune=native" CXXOPTFLAGS="-O -O3 -march=native -mtune=native" --force<br>    [0]PETSC ERROR: #1 User provided function() line 0 in  unknown file<br>    --------------------------------------------------------------------------<br>    MPI_ABORT was invoked on rank 1 in communicator MPI_COMM_WORLD<br>    with errorcode 59.<br><br>    NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.<br>    You may or may not see output from other processes, depending on<br>    exactly when Open MPI kills them.<br>    --------------------------------------------------------------------------<br>    [isaiasPrecision-7820:09935] 1 more process has sent help message help-mpi-api.txt / mpi-abort<br>    [isaiasPrecision-7820:09935] Set MCA parameter "orte_base_help_aggregate" to 0 to see all help / error messages<br><br>fails. As mentioned in <a href="https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#PetscOptionsInsertFile">https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#PetscOptionsInsertFile</a> (even if not the same error) I checked<br><br>    $ ping `hostname`<br><br>It works fine.<br>As a reference, a PETSc version that is compiled with ... --download-mumps --download-scalapack ... works fine.<br><br><div>How can I compile and successfully check PETSc, using the precompiled Mumps in Ubuntu?</div><div><br></div><div>Thanks</div><div><br></div></div>