<div dir="ltr">Dear all,<div><br></div><div>Thank you for your quick answer. Here you are the .log file</div><div><br></div><div>franco</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Il giorno lun 6 apr 2020 alle ore 16:09 Satish Balay <<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov">balay@mcs.anl.gov</a>> ha scritto:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Can you send configure.log from the first build attempt?<br>
<br>
Satish<br>
<br>
On Mon, 6 Apr 2020, Franco Dassi wrote:<br>
<br>
> Good morning,<br>
> <br>
> We are using your Petsc library to solve linear systems coming from PDEs.<br>
> <br>
> However recently we are trying to install PETSC (maint branch) on a linux<br>
> system but we have some issues.<br>
> <br>
> On the one hand, when we use the following configure command<br>
> <br>
> ./configure --with-cc=gcc --with-cxx=g++ --with-fc=gfortran<br>
> --download-mpich --download-fblaslapack --with-mpi=1<br>
> --download-superlu_dist --download-mumps --download-hypre<br>
> --with-debugging=0 COPTFLAGS='-O3 -march=native -mtune=native'<br>
> CXXOPTFLAGS='-O3 -march=native -mtune=native' FOPTFLAGS='-O3<br>
> -march=native -mtune=native' --download-scalapack<br>
> <br>
> <br>
> I obtain the following error:<br>
> <br>
> ===============================================================================<br>
>              Configuring PETSc to compile on your system<br>
> <br>
> ===============================================================================<br>
> TESTING: checkFortranCompiler from<br>
> config.setCompilers(config/BuildSystem/config/setCompilers.py:989)<br>
> <br>
> *******************************************************************************<br>
>                     OSError while running ./configure<br>
> -------------------------------------------------------------------------------<br>
> Cannot run executables created with FC. If this machine uses a batch system<br>
> to submit jobs you will need to configure using ./configure with the<br>
> additional option  --with-batch.<br>
>  Otherwise there is problem with the compilers. Can you compile and run<br>
> code with your compiler<br>
> '/home/gurst/repositories/petsc/arch-linux-c-opt/bin/mpif90'?<br>
> *******************************************************************************<br>
> <br>
> <br>
> On the other hand if we add the --with-batch the library is compiled, but<br>
> when we try to use it to run the code we obtain the following error (at run<br>
> time):<br>
> <br>
> ./testGBDForMixed3d: symbol lookup error:<br>
> /home/martinelli/repositories/petsc/arch-linux-c-opt//lib/libmpifort.so.12:<br>
> undefined symbol: MPIR_F_NeedInit<br>
> <br>
> <br>
> Looking the symbols table in the petsc/arch-linux-c-opt/lib directory,<br>
> It seems that something is undefined:<br>
> <br>
> ~/repositories/petsc/arch-linux-c-opt/lib $ nm -A *.so | grep -n<br>
> MPIR_F_NeedInit<br>
> <br>
> 12591:libfmpich.so:                 U MPIR_F_NeedInit<br>
> 18943:libmpi.so:000000000031ab00 D MPIR_F_NeedInit<br>
> 27046:libmpich.so:000000000031ab00 D MPIR_F_NeedInit<br>
> 34565:libmpichf90.so:                 U MPIR_F_NeedInit<br>
> 40333:libmpifort.so:                 U MPIR_F_NeedInit<br>
> 46685:libmpl.so:000000000031ab00 D MPIR_F_NeedInit<br>
> 54788:libopa.so:000000000031ab00 D MPIR_F_NeedInit<br>
> <br>
> Are we  doing something wrong?<br>
> <br>
> Thank you in advance for your time<br>
> best<br>
> Massimiliano and Franco<br>
> <br>
<br>
</blockquote></div>