<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>Hi Satish,<br><br></div>Could you merge your branch, balay/fix-checkFortranLibraries/maint, into maint?<br><br></div><div>I added glibc to my conda environment (conda install -c dan_blanchard glibc), and your branch ran well.  <br><br></div><div>If you are interested, I attached the successful log file here.<br><br></div><div>Thanks,<br><br></div><div>Fande<br></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div class="gmail_attr" dir="ltr">On Sat, Mar 14, 2020 at 5:01 PM Fande Kong <<a href="mailto:fdkong.jd@gmail.com">fdkong.jd@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex" class="gmail_quote"><div dir="ltr"><div dir="ltr">Without touching the configuration file, the option: --download-hypre-configure-arguments='LIBS="-lmpifort -lgfortran"', also works.</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr"><br></div><div>Thanks, Satish,</div><div><br></div><div><br></div><div>Fande,</div></div><br><div class="gmail_quote"><div class="gmail_attr" dir="ltr">On Sat, Mar 14, 2020 at 4:37 PM Fande Kong <<a target="_blank" href="mailto:fdkong.jd@gmail.com">fdkong.jd@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex" class="gmail_quote"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr">OK. I finally got PETSc complied. <div><br></div><div>"-lgfortran" was required by fblaslapack</div><div>"-lmpifort" was required by mumps.</div><div><br></div><div>However, I had to manually add the same thing for hypre as well:</div><div><br></div><div><div>git diff </div><div>diff --git a/config/BuildSystem/config/packages/hypre.py b/config/BuildSystem/config/packages/hypre.py</div><div>index 4d915c312f..f4300230a6 100644</div><div>--- a/config/BuildSystem/config/packages/hypre.py</div><div>+++ b/config/BuildSystem/config/packages/hypre.py</div><div>@@ -66,6 +66,7 @@ class Configure(config.package.GNUPackage):</div><div>     args.append('--with-lapack-lib=" "')</div><div>     args.append('--with-blas=no')</div><div>     args.append('--with-lapack=no')</div><div>+    args.append('LIBS="-lmpifort -lgfortran"')</div><div>     if self.openmp.found:</div><div>       args.append('--with-openmp')</div><div>       self.usesopenmp = 'yes'</div></div><div><br></div><div><br></div><div>Why hypre could not pick up LIBS options automatically?</div><div><br></div><div><br></div><div>Thanks,</div><div><br></div><div>Fande,</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div class="gmail_attr" dir="ltr">On Sat, Mar 14, 2020 at 2:49 PM Satish Balay via petsc-users <<a target="_blank" href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov">petsc-users@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br></div><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex" class="gmail_quote">Configure Options: --configModules=PETSc.Configure --optionsModule=config.compilerOptions --download-hypre=1 --with-debugging=no --with-shared-libraries=1 --download-fblaslapack=1 --download-metis=1 --download-ptscotch=1 --download-parmetis=1 --download-superlu_dist=1 --download-mumps=1 --download-scalapack=1 --download-slepc=git://<a target="_blank" rel="noreferrer" href="https://gitlab.com/slepc/slepc.git">https://gitlab.com/slepc/slepc.git</a> --download-slepc-commit= 59ff81b --with-mpi=1 --with-cxx-dialect=C++11 --with-fortran-bindings=0 --with-sowing=0 CFLAGS=-march=nocona -mtune=haswell -ftree-vectorize -fPIC -fstack-protector-strong -fno-plt -O2 -ffunction-sections -pipe -isystem /home/kongf/workhome/rod/miniconda3/include CXXFLAGS= LDFLAGS=-Wl,-O2 -Wl,--sort-common -Wl,--as-needed -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -Wl,--with-new-dtags=0 -Wl,--gc-sections -Wl,-rpath,/home/kongf/workhome/rod/miniconda3/lib -Wl,-rpath-link,/home/kongf/workhome/rod/miniconda3/lib -L/home/kongf/workhome/rod/miniconda3/lib AR=/home/kongf/workhome/rod/miniconda3/bin/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-ar --with-mpi-dir=/home/kongf/workhome/rod/mpich LIBS=-lgfortran -lmpifort<br>
<br>
You are missing quotes with LIBS option - and likely the libraries in the wrong order.<br>
<br>
Suggest using:<br>
<br>
LIBS="-lmpifort -lgfortran"<br>
or<br>
'LIBS=-lmpifort -lgfortran'<br>
<br>
Assuming you are invoking configure from shell.<br>
<br>
Satish<br>
<br>
On Sat, 14 Mar 2020, Satish Balay via petsc-users wrote:<br>
<br>
> to work around - you can try:<br>
> <br>
> LIBS="-lmpifort -lgfortran"<br>
> <br>
> Satish<br>
> <br>
> On Sat, 14 Mar 2020, Satish Balay via petsc-users wrote:<br>
> <br>
> > Its the same location as before. For some reason configure is not saving the relevant logs.<br>
> > <br>
> > I don't understand saveLog() restoreLog() stuff. Matt, can you check on this?<br>
> > <br>
> > Satish<br>
> > <br>
> > On Sat, 14 Mar 2020, Fande Kong wrote:<br>
> > <br>
> > > The configuration crashed earlier than before with your changes.<br>
> > > <br>
> > > Please see the attached log file when using your branch. The trouble lines<br>
> > > should be:<br>
> > > <br>
> > >  "    asub=self.mangleFortranFunction("asub")<br>
> > >     cbody = "extern void "+asub+"(void);\nint main(int argc,char<br>
> > > **args)\n{\n  "+asub+"();\n  return 0;\n}\n";<br>
> > > "<br>
> > > <br>
> > > Thanks,<br>
> > > <br>
> > > Fande,<br>
> > > <br>
> > > On Thu, Mar 12, 2020 at 7:06 PM Satish Balay <<a target="_blank" href="mailto:balay@mcs.anl.gov">balay@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>
> > > <br>
> > > > I can't figure out what the stack in the attached configure.log. [likely<br>
> > > > some stuff isn't getting logged in it]<br>
> > > ><br>
> > > > Can you retry with branch 'balay/fix-checkFortranLibraries/maint'?<br>
> > > ><br>
> > > > Satish<br>
> > > ><br>
> > > > On Thu, 12 Mar 2020, Fande Kong wrote:<br>
> > > ><br>
> > > > > Thanks, Satish,<br>
> > > > ><br>
> > > > > But still have the problem. Please see the attached log file.<br>
> > > > ><br>
> > > > > Thanks,<br>
> > > > ><br>
> > > > > Fande.<br>
> > > > ><br>
> > > > > On Thu, Mar 12, 2020 at 3:42 PM Satish Balay <<a target="_blank" href="mailto:balay@mcs.anl.gov">balay@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>
> > > > ><br>
> > > > > > Can you retry with the attached patch?<br>
> > > > > ><br>
> > > > > > BTW: Its best to use the latest patched version - i.e<br>
> > > > petsc-3.12.4.tar.gz<br>
> > > > > ><br>
> > > > > > Satish<br>
> > > > > ><br>
> > > > > > On Thu, 12 Mar 2020, Fande Kong wrote:<br>
> > > > > ><br>
> > > > > > > This fixed the fblaslapack issue. Now have another issue about mumps.<br>
> > > > > > ><br>
> > > > > > > Please see the log file attached.<br>
> > > > > > ><br>
> > > > > > > Thanks,<br>
> > > > > > ><br>
> > > > > > > Fande,<br>
> > > > > > ><br>
> > > > > > > On Thu, Mar 12, 2020 at 1:38 PM Satish Balay <<a target="_blank" href="mailto:balay@mcs.anl.gov">balay@mcs.anl.gov</a>><br>
> > > > wrote:<br>
> > > > > > ><br>
> > > > > > > > For some reason - the fortran compiler libraries check worked fine<br>
> > > > > > without<br>
> > > > > > > > -lgfortran.<br>
> > > > > > > ><br>
> > > > > > > > But now - flbaslapack check is failing without it.<br>
> > > > > > > ><br>
> > > > > > > > To work arround - you can use option LIBS=-lgfortran<br>
> > > > > > > ><br>
> > > > > > > > Satish<br>
> > > > > > > ><br>
> > > > > > > > On Thu, 12 Mar 2020, Fande Kong wrote:<br>
> > > > > > > ><br>
> > > > > > > > > Hi All,<br>
> > > > > > > > ><br>
> > > > > > > > > I had an issue when configuring petsc on a linux machine. I have<br>
> > > > the<br>
> > > > > > > > > following error message:<br>
> > > > > > > > ><br>
> > > > > > > > >      Compiling FBLASLAPACK; this may take several minutes<br>
> > > > > > > > ><br>
> > > > > > > > ><br>
> > > > > > > ><br>
> > > > > ><br>
> > > > ===============================================================================<br>
> > > > > > > > ><br>
> > > > > > > > >    TESTING: checkLib from<br>
> > > > > > > > ><br>
> > > > > > > ><br>
> > > > > ><br>
> > > > config.packages.BlasLapack(config/BuildSystem/config/packages/BlasLapack.py:120)<br>
> > > > > > > > ><br>
> > > > > > > > ><br>
> > > > > > > ><br>
> > > > > ><br>
> > > > *******************************************************************************<br>
> > > > > > > > >          UNABLE to CONFIGURE with GIVEN OPTIONS    (see<br>
> > > > > > configure.log for<br>
> > > > > > > > > details):<br>
> > > > > > > > ><br>
> > > > > > > ><br>
> > > > > ><br>
> > > > -------------------------------------------------------------------------------<br>
> > > > > > > > > --download-fblaslapack libraries cannot be used<br>
> > > > > > > > ><br>
> > > > > > > ><br>
> > > > > ><br>
> > > > *******************************************************************************<br>
> > > > > > > > ><br>
> > > > > > > > ><br>
> > > > > > > > > The configuration log was attached.<br>
> > > > > > > > ><br>
> > > > > > > > > Thanks,<br>
> > > > > > > > ><br>
> > > > > > > > > Fande,<br>
> > > > > > > > ><br>
> > > > > > > ><br>
> > > > > > > ><br>
> > > > > > ><br>
> > > > > ><br>
> > > > ><br>
> > > ><br>
> > > ><br>
> > > <br>
> > <br>
> <br>
</blockquote></div>
</blockquote></div>
</blockquote></div>