
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=gb2312">

</head>

<body>

<div dir="auto" style="direction: ltr; margin: 0; padding: 0; font-family: sans-serif; font-size: 11pt; color: black; ">

Great, thanks so much for the explanations!<br>

<br>

</div>

<div dir="auto" style="direction: ltr; margin: 0; padding: 0; font-family: sans-serif; font-size: 11pt; color: black; ">

<span id="OutlookSignature">

<div dir="auto" style="direction: ltr; margin: 0; padding: 0; font-family: sans-serif; font-size: 11pt; color: black; ">

삿혤 <a href="https://aka.ms/ghei36">Outlook for Android</a></div>

</span><br>

</div>

<hr style="display:inline-block;width:98%" tabindex="-1">

<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" style="font-size:11pt" color="#000000"><b>From:</b> Jed Brown <jed@jedbrown.org><br>

<b>Sent:</b> Monday, March 16, 2020 9:22:16 PM<br>

<b>To:</b> Yuyun Yang <yyang85@stanford.edu>; petsc-users@mcs.anl.gov <petsc-users@mcs.anl.gov><br>

<b>Subject:</b> Re: [petsc-users] Using DMDA with regular matrices</font>

<div> </div>

</div>

<div class="BodyFragment"><font size="2"><span style="font-size:11pt;">

<div class="PlainText">Yuyun Yang <yyang85@stanford.edu> writes:<br>

<br>

> Hello team,<br>

><br>

> Hope you're staying healthy amid the coronavirus craziness.<br>

><br>

> Just want to ask a basic question: if my grid is managed by DMDA, then<br>

> do matrices in all my intermediate steps have to be compatible with<br>

> DMDA and formed in a special way, or can I just form them as usual<br>

> (i.e. do MatCreate, MatMPIAIJSetPreallocation, MatSetValue etc.)? <br>

<br>

DMCreateMatrix does the creation and preallocation for you, and enables<br>

you to use MatSetValuesStencil.  It's otherwise the same.<br>

<br>

Sometimes people use auxiliary DMs to describe distribution of values<br>

that aren't the same size/shape as solution variables (e.g.,<br>

cell-centered tensor-valued coefficients), though usually those are<br>

accessed in your residual and Jacobian assembly functions, not via<br>

matrices.<br>

<br>

> Asking this because I'm using a mix of matrix-free and matrix-based<br>

> operations, and MatShell seems to require the use of DMDA.<br>

<br>

MatShell has no dependence on DMDA.  It's entirely in your hands, via<br>

the callback(s) that you implement.<br>

</div>

</span></font></div>

</body>

</html>