<div dir="ltr">Satish,<div><br></div><div>Thanks you for super-fast reply. Unfortunately, I cannot follow your suggestion because the application I am linking PETSc is being compiled with INTEL and gcc will not work, same goes with mpich. However, I am positively sure that the problem is that the original application links to mkl STATICALLY, while petsc links to the dynamic libraries. Also, I would like to compile PETSC statically.</div><div><br></div><div>My question is: can I link to the statical mkl libraries? I tried --with-blas-lapcak-lib=mkl_xx.a and did not work (I am doing exactly that in windows and works).</div><div><br></div><div>Thanks for your help,</div><div><br></div><div>Adolfo</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Mar 5, 2020 at 10:25 AM Satish Balay <<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov">balay@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">You can try running the code in a debugger and check on the values before the blas call.<br>
<br>
Or make a debug build with gcc/gfortran/--download-fblaslapack --download-mpich and try valgrind again.<br>
<br>
BTW: I don't see MKL in configure options here - so likely system blas/lapack is used..<br>
<br>
Satish<br>
<br>
On Thu, 5 Mar 2020, Adolfo Rodriguez wrote:<br>
<br>
> I am experiencing a very stubborn issue, apparently related to an MKL<br>
> issue. I am solving a linear system using ksp which works well on windows.<br>
> I am trying to port this program to Linux now but I have been getting an<br>
> error coming from the solver (the matrix, right-hand side, and initial<br>
> solution vectors have been constructed without any issues). However, when<br>
> trying to compute the norm of any vector I get and error. Running the same<br>
> program with the debug option on, I get the message shown below. I tried<br>
> valgrind but did not help. Any suggestions?<br>
> <br>
> Regards,<br>
> <br>
> Adolfo<br>
> <br>
> [0]PETSC ERROR:<br>
> ------------------------------------------------------------------------<br>
> [0]PETSC ERROR: Caught signal number 11 SEGV: Segmentation Violation,<br>
> probably memory access out of range<br>
> [0]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger<br>
> [0]PETSC ERROR: or see<br>
> <a href="https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind</a><br>
> [0]PETSC ERROR: or try <a href="http://valgrind.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://valgrind.org</a> on GNU/linux and Apple Mac OS X<br>
> to find memory corruption errors<br>
> [0]PETSC ERROR: likely location of problem given in stack below<br>
> [0]PETSC ERROR: ---------------------  Stack Frames<br>
> ------------------------------------<br>
> [0]PETSC ERROR: Note: The EXACT line numbers in the stack are not available,<br>
> [0]PETSC ERROR:       INSTEAD the line number of the start of the function<br>
> [0]PETSC ERROR:       is given.<br>
> [0]PETSC ERROR: [0] BLASasum line 259<br>
> /home/rodriad/CODE/petsc-3.12.3/src/vec/vec/impls/seq/bvec2.c<br>
> [0]PETSC ERROR: [0] VecNorm_Seq line 221<br>
> /home/rodriad/CODE/petsc-3.12.3/src/vec/vec/impls/seq/bvec2.c<br>
> [0]PETSC ERROR: [0] VecNorm line 213<br>
> /home/rodriad/CODE/petsc-3.12.3/src/vec/vec/interface/rvector.c<br>
> [0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message<br>
> --------------------------------------------------------------<br>
> [0]PETSC ERROR: Signal received<br>
> [0]PETSC ERROR: See <a href="https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for<br>
> trouble shooting.<br>
> [0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.12.3, Jan, 03, 2020<br>
> [0]PETSC ERROR: Unknown Name on a arch-linux-oxy-dbg named ohylrss0 by<br>
> rodriad Thu Mar  5 10:08:03 2020<br>
> [0]PETSC ERROR: Configure options --with-debugging=yes<br>
> --with-mpi-dir=/apps/Intel/XEcluster/compilers_and_libraries_2018.0.128/linux/mpi/intel64<br>
> COPTFLAGS=-debug CXXOPTFLAGS=-debug FOPTFLAGS=-debug<br>
> PETSC_ARCH=arch-linux-oxy-dbg<br>
> [0]PETSC ERROR: #1 User provided function() line 0 in  unknown file<br>
> application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 59) - process 0<br>
> <br>
<br>
</blockquote></div>