<div dir="ltr"><div>Thanks for the answer.</div><div><br></div><div>Finally I generate a submatrix and It worked.</div><div><br></div><div>Kind regards.<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">El mar., 18 de feb. de 2020 a la(s) 03:51, Jose E. Roman (<a href="mailto:jroman@dsic.upv.es">jroman@dsic.upv.es</a>) escribió:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div style="overflow-wrap: break-word;">You put alpha on the diagonal of A and beta on the diagonal of B to get an eigenvalue lambda=alpha/beta. If you set beta=0 then lambda=Inf. The choice depends on where your wanted eigenvalues are and how you are solving the eigenproblem. The choice of lambda=Inf suggested by Jeremy avoids inserting eigenvalues that may interfere with the problem's eigenvalues, but this is good for shift-and-invert, not for the case where you solve linear systems with B.<div><br></div><div>Anyway, this kind of manipulation may have an impact on convergence of the eigensolver or on conditioning of the linear solves. A possibly better approach is just to get rid of the BC unknowns by creating smaller A, B matrices, e.g. with MatGetSubMatrix().</div><div><br></div><div>Jose</div><div> <br><div><br><blockquote type="cite"><div>El 18 feb 2020, a las 0:41, Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>> escribió:</div><br><div><div dir="ltr" style="font-family:Monaco;font-size:14px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none"><div dir="ltr">On Mon, Feb 17, 2020 at 4:33 PM Emmanuel Ayala <<a href="mailto:juaneah@gmail.com" target="_blank">juaneah@gmail.com</a>> wrote:<br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>Hi,</div><div><br></div><div>Thank you for the clarification, now I understand what means change those values, and I tried to do that.<br></div><div><br></div><div>But if I put the row i to the identity in A, and zero in B, the solver crash:</div></div></div></blockquote><div><br></div><div>So if you need to factor B, maybe reverse it?</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>    Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>[0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------<br>[0]PETSC ERROR: Error in external library<br>[1]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------<br>[1]PETSC ERROR: Error in external library<br>[1]PETSC ERROR: Error reported by MUMPS in numerical factorization phase: INFOG(1)=-10, INFO(2)=0<br><br>[1]PETSC ERROR: See<span> </span><a href="https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" target="_blank">https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a><span> </span>for trouble shooting.<br>[1]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.12.3, Jan, 03, 2020<span> </span><br>[1]PETSC ERROR: [2]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------<br>[2]PETSC ERROR: Error in external library<br>[2]PETSC ERROR: Error reported by MUMPS in numerical factorization phase: INFOG(1)=-10, INFO(2)=0<br><br>[2]PETSC ERROR: See<span> </span><a href="https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" target="_blank">https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a><span> </span>for trouble shooting.<br>[2]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.12.3, Jan, 03, 2020<span> </span><br>[2]PETSC ERROR: ./comp on a arch-linux-c-opt-O2-mumps named ayala by ayala Mon Feb 17 15:28:01 2020<br>[3]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------<br>[3]PETSC ERROR: Error in external library<br>[3]PETSC ERROR: Error reported by MUMPS in numerical factorization phase: INFOG(1)=-10, INFO(2)=0<br><br>[3]PETSC ERROR: See<span> </span><a href="https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" target="_blank">https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a><span> </span>for trouble shooting.<br>[3]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.12.3, Jan, 03, 2020<span> </span><br>[3]PETSC ERROR: ./comp on a arch-linux-c-opt-O2-mumps named ayala by ayala Mon Feb 17 15:28:01 2020<br>[3]PETSC ERROR: Configure options --with-debugging=0 COPTFLAGS="-O2 -march=native -mtune=native" CXXOPTFLAGS="-O2 -march=native -mtune=native" FOPTFLAGS="-O2 -march=native -mtune=native" --download-mpich --download-mumps --download-scalapack --download-parmetis --download-metis --download-superlu_dist --download-cmake --download-fblaslapack=1 --with-cxx-dialect=C++11<br>[3]PETSC ERROR: #1 MatFactorNumeric_MUMPS() line 1365 in /home/ayala/Documents/PETSc/petsc-3.12.3/src/mat/impls/aij/mpi/mumps/mumps.c<br>[0]PETSC ERROR: Error reported by MUMPS in numerical factorization phase: INFOG(1)=-10, INFO(2)=33<br><br>[0]PETSC ERROR: See<span> </span><a href="https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" target="_blank">https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a><span> </span>for trouble shooting.<br>[0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.12.3, Jan, 03, 2020<span> </span><br>[0]PETSC ERROR: ./comp on a arch-linux-c-opt-O2-mumps named ayala by ayala Mon Feb 17 15:28:01 2020<br>[0]PETSC ERROR: Configure options --with-debugging=0 COPTFLAGS="-O2 -march=native -mtune=native" CXXOPTFLAGS="-O2 -march=native -mtune=native" FOPTFLAGS="-O2 -march=native -mtune=native" --download-mpich --download-mumps --download-scalapack --download-parmetis --download-metis --download-superlu_dist --download-cmake --download-fblaslapack=1 --with-cxx-dialect=C++11<br>[0]PETSC ERROR: #1 MatFactorNumeric_MUMPS() line 1365 in /home/ayala/Documents/PETSc/petsc-3.12.3/src/mat/impls/aij/mpi/mumps/mumps.c<br>./comp on a arch-linux-c-opt-O2-mumps named ayala by ayala Mon Feb 17 15:28:01 2020<br>[1]PETSC ERROR: Configure options --with-debugging=0 COPTFLAGS="-O2 -march=native -mtune=native" CXXOPTFLAGS="-O2 -march=native -mtune=native" FOPTFLAGS="-O2 -march=native -mtune=native" --download-mpich --download-mumps --download-scalapack --download-parmetis --download-metis --download-superlu_dist --download-cmake --download-fblaslapack=1 --with-cxx-dialect=C++11<br>[1]PETSC ERROR: #1 MatFactorNumeric_MUMPS() line 1365 in /home/ayala/Documents/PETSc/petsc-3.12.3/src/mat/impls/aij/mpi/mumps/mumps.c<br>[1]PETSC ERROR: #2 MatLUFactorNumeric() line 3057 in /home/ayala/Documents/PETSc/petsc-3.12.3/src/mat/interface/matrix.c<br>[2]PETSC ERROR: Configure options --with-debugging=0 COPTFLAGS="-O2 -march=native -mtune=native" CXXOPTFLAGS="-O2 -march=native -mtune=native" FOPTFLAGS="-O2 -march=native -mtune=native" --download-mpich --download-mumps --download-scalapack --download-parmetis --download-metis --download-superlu_dist --download-cmake --download-fblaslapack=1 --with-cxx-dialect=C++11<br>[2]PETSC ERROR: #1 MatFactorNumeric_MUMPS() line 1365 in /home/ayala/Documents/PETSc/petsc-3.12.3/src/mat/impls/aij/mpi/mumps/mumps.c<br>[2]PETSC ERROR: #2 MatLUFactorNumeric() line 3057 in /home/ayala/Documents/PETSc/petsc-3.12.3/src/mat/interface/matrix.c<br>[2]PETSC ERROR: [3]PETSC ERROR: #2 MatLUFactorNumeric() line 3057 in /home/ayala/Documents/PETSc/petsc-3.12.3/src/mat/interface/matrix.c<br>[3]PETSC ERROR: #3 PCSetUp_LU() line 126 in /home/ayala/Documents/PETSc/petsc-3.12.3/src/ksp/pc/impls/factor/lu/lu.c<br>[3]PETSC ERROR: #4 PCSetUp() line 894 in /home/ayala/Documents/PETSc/petsc-3.12.3/src/ksp/pc/interface/precon.c<br>[0]PETSC ERROR: #2 MatLUFactorNumeric() line 3057 in /home/ayala/Documents/PETSc/petsc-3.12.3/src/mat/interface/matrix.c<br>[0]PETSC ERROR: #3 PCSetUp_LU() line 126 in /home/ayala/Documents/PETSc/petsc-3.12.3/src/ksp/pc/impls/factor/lu/lu.c<br>[0]PETSC ERROR: [1]PETSC ERROR: #3 PCSetUp_LU() line 126 in /home/ayala/Documents/PETSc/petsc-3.12.3/src/ksp/pc/impls/factor/lu/lu.c<br>[1]PETSC ERROR: #4 PCSetUp() line 894 in /home/ayala/Documents/PETSc/petsc-3.12.3/src/ksp/pc/interface/precon.c<br>[1]PETSC ERROR: #3 PCSetUp_LU() line 126 in /home/ayala/Documents/PETSc/petsc-3.12.3/src/ksp/pc/impls/factor/lu/lu.c<br>[2]PETSC ERROR: #4 PCSetUp() line 894 in /home/ayala/Documents/PETSc/petsc-3.12.3/src/ksp/pc/interface/precon.c<br>[2]PETSC ERROR: #5 KSPSetUp() line 376 in /home/ayala/Documents/PETSc/petsc-3.12.3/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<br>[3]PETSC ERROR: #5 KSPSetUp() line 376 in /home/ayala/Documents/PETSc/petsc-3.12.3/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<br>[3]PETSC ERROR: #6 STSetUp_Shift() line 120 in /home/ayala/Documents/SLEPc/slepc-3.12.2/src/sys/classes/st/impls/shift/shift.c<br>#4 PCSetUp() line 894 in /home/ayala/Documents/PETSc/petsc-3.12.3/src/ksp/pc/interface/precon.c<br>[0]PETSC ERROR: #5 KSPSetUp() line 376 in /home/ayala/Documents/PETSc/petsc-3.12.3/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<br>[0]PETSC ERROR: #6 STSetUp_Shift() line 120 in /home/ayala/Documents/SLEPc/slepc-3.12.2/src/sys/classes/st/impls/shift/shift.c<br>[0]PETSC ERROR: #5 KSPSetUp() line 376 in /home/ayala/Documents/PETSc/petsc-3.12.3/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<br>[1]PETSC ERROR: #6 STSetUp_Shift() line 120 in /home/ayala/Documents/SLEPc/slepc-3.12.2/src/sys/classes/st/impls/shift/shift.c<br>[1]PETSC ERROR: #7 STSetUp() line 271 in /home/ayala/Documents/SLEPc/slepc-3.12.2/src/sys/classes/st/interface/stsolve.c<br>[1]PETSC ERROR: #8 EPSSetUp() line 273 in /home/ayala/Documents/SLEPc/slepc-3.12.2/src/eps/interface/epssetup.c<br>[2]PETSC ERROR: #6 STSetUp_Shift() line 120 in /home/ayala/Documents/SLEPc/slepc-3.12.2/src/sys/classes/st/impls/shift/shift.c<br>[2]PETSC ERROR: #7 STSetUp() line 271 in /home/ayala/Documents/SLEPc/slepc-3.12.2/src/sys/classes/st/interface/stsolve.c<br>[2]PETSC ERROR: #8 EPSSetUp() line 273 in /home/ayala/Documents/SLEPc/slepc-3.12.2/src/eps/interface/epssetup.c<br>[2]PETSC ERROR: #9 FourBar_NaturalPulsation() line 3937 in /home/ayala/Nextcloud/cpp_projects/2020-02-13-muboto-balancing-v17-mma/<a href="http://Multibody.cc" target="_blank">Multibody.cc</a></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">El lun., 17 de feb. de 2020 a la(s) 13:20, Matthew Knepley (<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>) escribió:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr">On Mon, Feb 17, 2020 at 1:59 PM Emmanuel Ayala <<a href="mailto:juaneah@gmail.com" target="_blank">juaneah@gmail.com</a>> wrote:<br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi, thanks for the quick answer.<br><br>I just did it, and it does not work. My problem is GNHEP and I use the default solver (Krylov-Schur). Moreover I run the code with the options: -st_ksp_type preonly -st_pc_type lu -st_pc_factor_mat_solver_type mumps</div></blockquote><div><br></div><div>I guess a better question is: What do you expect to work?</div><div><br></div><div>For a linear solve,</div><div><br></div><div> <span> </span>A x = b</div><div><br></div><div>if a row i is 0 except for a one on the diagonal, then I get</div><div><br></div><div> <span> </span>x_i = b_i</div><div><br></div><div>so hopefully you put the correct boundary value in b_i. For the generalized eigenproblem</div><div><br></div><div> <span> </span>A x = \lambda B x</div><div><br></div><div>if you set row i to the identity in A, and zero in B, we get</div><div><br></div><div> <span> </span>x_i = 0</div><div><br></div><div>and you must put the boundary values into x after you have finished the solve. Is this what you did?</div><div><br></div><div> <span> </span>Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Any other suggestions?</div>Kind regards.</div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">El lun., 17 de feb. de 2020 a la(s) 12:39, Jeremy Theler (<a href="mailto:jeremy@seamplex.com" target="_blank">jeremy@seamplex.com</a>) escribió:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">The usual trick is to set ones in one matrix and zeros in the other<br>one.<br><br><br>On Mon, 2020-02-17 at 12:35 -0600, Emmanuel Ayala wrote:<br>> Hi everyone,<br>><span> </span><br>> I have an eigenvalue problem where I need to apply BCs to the<br>> stiffness and mass matrix.<span> </span><br>><span> </span><br>> Usually, for KSP solver, it is enough to set to zero the rows and<br>> columns related to the boundary conditions. I used to apply it with<br>> MatZeroRowsColumns, with a 1s on the diagonal. Then the solver works<br>> well.<br>><span> </span><br>> There is something similar to KSP for EPS solver ?<span> </span><br>><span> </span><br>> I already used MatZeroRowsColumns (for EPS solver), with a 1s on the<br>> diagonal, and I got wrong result.<br>><span> </span><br>> Kind regards.<br>><span> </span><br>><span> </span><br>><span> </span><br>><span> </span><br><br></blockquote></div></blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>--<span> </span><br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div></blockquote></div></div></blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>--<span> </span><br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a></div></div></div></div></div></div></div></div></div></blockquote></div><br></div></div></blockquote></div>