<div dir="ltr"><div dir="ltr">On Wed, Feb 12, 2020 at 3:56 AM Hill, Reuben <<a href="mailto:reuben.hill10@imperial.ac.uk">reuben.hill10@imperial.ac.uk</a>> wrote:<br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<span>I'm a new Firedrake developer working on getting my head around PETSc. As far as I'm aware, all our PETSc calls are done via petsc4py.</span></div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
I'm after general help and advise on two fronts:</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<span><br>
</span></div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<span><br>
</span></div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<b>1</b>:</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<span><br>
</span></div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
I’m trying to represent a point cloud as a vertex-only mesh in an attempt to play nicely with the firedrake stack. If I try to do this using firedrake I manage to cause a PETSc seg fault error at the point of calling </div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
PETSc.DMPlex().createFromCellList(dim, cells, coords, comm=comm) </div>
</blockquote>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
with dim=0, cells=[[0]], coords=[[1., 2.]] and comm=COMM_WORLD.</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Output:</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px">
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<span>[0]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------</span></div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<div>[0]PETSC ERROR: Caught signal number 11 SEGV: Segmentation Violation, probably memory access out of range</div>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<div>[0]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger</div>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<div>[0]PETSC ERROR: or see <a href="https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind" target="_blank">https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind</a></div>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<div>[0]PETSC ERROR: or try <a href="http://valgrind.org" target="_blank">http://valgrind.org</a> on GNU/linux and Apple Mac OS X to find memory corruption errors</div>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<div>[0]PETSC ERROR: configure using --with-debugging=yes, recompile, link, and run
</div>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<div>[0]PETSC ERROR: to get more information on the crash.</div>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<span>application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 50152059) - process 0</span></div>
</blockquote>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
I’m now looking into getting firedrake to make a DMSWARM which seems to have been designed for doing something closer to this and allows nice things such as being able to make the particles (for me - the vertices of the mesh) move and jump between MPI ranks
 a-la particle in cell. <span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt">I note DMSwarm docks don't suggest there is an equivalent of the plex.distribute() method <span style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;background-color:rgb(255,255,255);display:inline">in
 petsc4py</span> (which I believe calls DMPlexDistribute) that a DMPlex has. In firedrake we create empty DMPlexes on each rank except 0, then call plex.distribute() to take care of parallel partitioning. How, therefore, should I meant to go about distributing
 particles across MPI ranks?</span></div></div></blockquote><div><br></div><div>Patrick is right. Here is an example:</div><div><br></div><div>  <a href="https://gitlab.com/petsc/petsc/-/blob/master/src/snes/examples/tutorials/ex63.c">https://gitlab.com/petsc/petsc/-/blob/master/src/snes/examples/tutorials/ex63.c</a></div><div><br></div><div>  Thanks</div><div><br></div><div>    Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<b>2</b>: </div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
I'm aware these questions may be very naive. Any advice for learning about relevant bits of PETSc for would be very much appreciated. I'm in chapter 2 of the excellent manual (<a href="https://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-current/docs/manual.pdf" target="_blank">https://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-current/docs/manual.pdf</a>) and I'm also attempting
 to understand the DMSwarm example. I presume in oder to understand DMSWARM I really ought to understand DMs more generally (i.e. read the whole manual)?</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Many thanks</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Reuben Hill</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<div><br>
</div>
<span>
<ol>
<li><span></span></li></ol>
</span></div>
</div>

</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>