<div dir="ltr">Hello,<div>I was able to fix the problem. You are correct that the matrix B is singular although that was not the intention. I am using fortran and although i knew that PETSc uses 0-based indexing for fortran, I forgot to take this into account while filling out the B matrix. This resulted in the program accessing matrix elements which are essentially zero.<br><br>Also I am not using the <span style="background-color:rgb(204,204,204)"><b>-st_pc_factor_shift_amount</b></span> option or the <b style="background-color:rgb(243,243,243)">-st_pc_factor_shift_type </b>and it works fine.</div><div><br></div><div>Thank you for your time. </div><div><br></div><div>Best wishes,</div><div>Pranay.</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sun, Dec 1, 2019 at 9:33 AM Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com">knepley@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr">On Sat, Nov 30, 2019 at 3:56 PM baikadi pranay <<a href="mailto:pranayreddy865@gmail.com" target="_blank">pranayreddy865@gmail.com</a>> wrote:<br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hello, <br><br>The entire output is the following:  <br></div></blockquote><div><br></div><div>Okay, you are definitely getting an infinity in the output vector from the LU solve, so you are giving it a singular matrix.</div><div>I am guessing this is B? How can you justify using a singular B? Also, -st_pc_factor_shift_amount 1 is strange. You</div><div>would normally use a very small offset like 1.0e-10 or something.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">[0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------<br>[0]PETSC ERROR: Floating point exception<br>[0]PETSC ERROR: Vec entry at local location 0 is not-a-number or infinite at end of function: Parameter number 3<br>[0]PETSC ERROR: See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble shooting.<br>[0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.11.1, Apr, 12, 2019<br>[0]PETSC ERROR: ./a.out on a linux-gnu-c-debug named <a href="http://agave1.agave.rc.asu.edu" target="_blank">agave1.agave.rc.asu.edu</a> by pbaikadi Sat Nov 30 14:54:31 2019<br>[0]PETSC ERROR: Configure options<br>[0]PETSC ERROR: #1 VecValidValues() line 28 in /packages/7x/petsc/3.11.1/petsc-3.11.1/src/vec/vec/interface/rvector.c<br>[0]PETSC ERROR: #2 PCApply() line 464 in /packages/7x/petsc/3.11.1/petsc-3.11.1/src/ksp/pc/interface/precon.c<br>[0]PETSC ERROR: #3 KSP_PCApply() line 281 in /packages/7x/petsc/3.11.1/petsc-3.11.1/include/petsc/private/kspimpl.h<br>[0]PETSC ERROR: #4 KSPSolve_PREONLY() line 22 in /packages/7x/petsc/3.11.1/petsc-3.11.1/src/ksp/ksp/impls/preonly/preonly.c<br>[0]PETSC ERROR: #5 KSPSolve() line 782 in /packages/7x/petsc/3.11.1/petsc-3.11.1/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<br>[0]PETSC ERROR: #6 STMatSolve() line 193 in /packages/7x/slepc/3.11.1/slepc-3.11.1/src/sys/classes/st/interface/stsles.c<br>[0]PETSC ERROR: #7 STApply_Shift() line 25 in /packages/7x/slepc/3.11.1/slepc-3.11.1/src/sys/classes/st/impls/shift/shift.c<br>[0]PETSC ERROR: #8 STApply() line 57 in /packages/7x/slepc/3.11.1/slepc-3.11.1/src/sys/classes/st/interface/stsolve.c<br>[0]PETSC ERROR: #9 EPSGetStartVector() line 797 in /packages/7x/slepc/3.11.1/slepc-3.11.1/src/eps/interface/epssolve.c<br>[0]PETSC ERROR: #10 EPSSolve_KrylovSchur_Symm() line 32 in /packages/7x/slepc/3.11.1/slepc-3.11.1/src/eps/impls/krylov/krylovschur/ks-symm.c<br>[0]PETSC ERROR: #11 EPSSolve() line 149 in /packages/7x/slepc/3.11.1/slepc-3.11.1/src/eps/interface/epssolve.c<br><br>Regards,<br>Pranay.</div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sat, Nov 30, 2019 at 2:46 PM Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr">On Sat, Nov 30, 2019 at 3:19 PM baikadi pranay <<a href="mailto:pranayreddy865@gmail.com" target="_blank">pranayreddy865@gmail.com</a>> wrote:<br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hello PETSc users,<div><br></div><div>I am currently trying to build a 1-D Schrodinger solver. I have built my hamiltonian matrix (of size 121 x 121) and i'm trying to find the eigenvalues. I have the following lines of code for the solver: </div><div><br></div><div><b style="background-color:rgb(243,243,243)">call EPSCreate(PETSC_COMM_WORLD,eps,ierr)</b></div><div><b style="background-color:rgb(243,243,243)">call EPSSetOperators(eps,ham,S,ierr)<br>call EPSSetProblemType(eps,EPS_GHEP,ierr)</b></div><div><b style="background-color:rgb(243,243,243)">call EPSSetFromOptions(eps,ierr)<br>call EPSSetDimensions(eps,10,PETSC_DEFAULT_INTEGER,PETSC_DEFAULT_INTEGER,ierr)<br>call EPSSolve(eps,ierr)<br>call EPSDestroy(eps,ierr)</b><br></div><div><br></div><div><font color="#000000">At the EPSSolve line, i get the following error: </font></div><div><font color="#000000"><br></font></div><div><b style="background-color:rgb(243,243,243)">[0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------<br>[0]PETSC ERROR: Floating point exception<br>[0]PETSC ERROR: Vec entry at local location 0 is not-a-number or infinite at end of function: Parameter number 3<br>[0]PETSC ERROR: See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble shooting.<br>[0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.11.1, Apr, 12, 2019</b></div></div></blockquote><div><br></div><div>You need to show the entire stack trace that is output here.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><font color="#000000">I am using the options </font><b style="background-color:rgb(243,243,243)">-st_pc_factor_shift_type NONZERO -st_pc_factor_shift_amount 1</b><span style="background-color:rgb(243,243,243)"> </span><span style="background-color:rgb(255,255,255)">    ( else I end up getting the "zero pivot in LU factorization" error ).<br><br>I outputted my matrix to matlab and confirmed that the null space is empty and the matrix is not singular. I am not sure why I'm getting this error. Could you provide me a hint as to how to solve this problem.</span></div><div><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><br></span></div><div><span style="background-color:rgb(255,255,255)">Sincerely,</span></div><div><span style="background-color:rgb(255,255,255)">Pranay.</span></div></div>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>
</blockquote></div>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>
</blockquote></div>