<div>I tried to run with -pc_none or using other preconditioner than LU. The memory pattern remains the same, although the newton could not solve. For a Jacobian size of 180K*180K, do you think 5GB memory is much?</div><div>Thanks</div><div>Amir</div><div class="gmail_quote_attribution">On Oct 5 2019, at 5:55 am, Matthew Knepley <knepley@gmail.com> wrote:</div><blockquote><div><div><div><div>On Fri, Oct 4, 2019 at 4:27 PM Amir via petsc-users <<a href="https://link.getmailspring.com/link/6B28CA58-29C6-4D61-A0E9-873FD4DCB12A@getmailspring.com/0?redirect=mailto%3Apetsc-users%40mcs.anl.gov&recipient=cGV0c2MtdXNlcnNAbWNzLmFubC5nb3Y%3D" title="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov">petsc-users@mcs.anl.gov</a>> wrote:</div></div><img class="mailspring-open" alt="Sent from Mailspring" width="0" height="0" style="border:0; width:0; height:0;" src="https://link.getmailspring.com/open/6B28CA58-29C6-4D61-A0E9-873FD4DCB12A@getmailspring.com?me=97a6ec29&recipient=cGV0c2MtdXNlcnNAbWNzLmFubC5nb3Y%3D"><div class="gmail_quote"><blockquote><div>Hi</div><div>To test my FormFunction, running the code on a coarse mesh, the memory usage is normal. However, when I try to use higher mesh resolution, the memory behavior is abnormal. It goes up till the program finished with Memory requested message. To better see the memory usage, I run with -log_view -malloc_test  -malloc_dump. All of vectors created, were destructed. Can you help me through this. Is it really because I use higher mesh resolution? Thanks for your time.</div></blockquote><div><br></div><div>Probably yes. The memory for LU goes up superlinearly and can be quite large.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote><div>Amir</div><br><div>[0]PETSC ERROR: Memory requested 8589934260</div><div>[0]PETSC ERROR: See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" title="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble shooting.</div><div>[0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.9.1, unknown</div><div>[0]PETSC ERROR: ./main on a mpich-gcc-dbg named amir by amir Sat Oct  5 04:06:01 2019</div><div>[0]PETSC ERROR: Configure options --download-mpich --download-fblaslapack --with-shared-libraries=1 --with-blaslapack-dir=/usr --with-x-dir=/ --download-mumps --download-superlu_dist --download-hypre --download-ml --download-hdf5 --download-cmake --download-scalapack -download-parmetis -download-metis --with-mpich=1 --with-fortran-kernels=generic --with-debugging=0</div><div>[0]PETSC ERROR: #1 PetscFreeSpaceGet() line 11 in /home/amir/petsc/src/mat/utils/freespace.c</div><div>[0]PETSC ERROR: #2 PetscTrMallocDefault() line 183 in /home/amir/petsc/src/sys/memory/mtr.c</div><div>[0]PETSC ERROR: #3 PetscMallocA() line 390 in /home/amir/petsc/src/sys/memory/mal.c</div><div>[0]PETSC ERROR: #4 PetscFreeSpaceGet() line 11 in /home/amir/petsc/src/mat/utils/freespace.c</div><div>[0]PETSC ERROR: #5 MatLUFactorSymbolic_SeqAIJ() line 349 in /home/amir/petsc/src/mat/impls/aij/seq/aijfact.c</div><div>[0]PETSC ERROR: #6 MatLUFactorSymbolic() line 2975 in /home/amir/petsc/src/mat/interface/matrix.c</div><div>[0]PETSC ERROR: #7 PCSetUp_LU() line 95 in /home/amir/petsc/src/ksp/pc/impls/factor/lu/lu.c</div><div>[0]PETSC ERROR: #8 PCSetUp() line 923 in /home/amir/petsc/src/ksp/pc/interface/precon.c</div><div>[0]PETSC ERROR: #9 KSPSetUp() line 381 in /home/amir/petsc/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c</div><div>[0]PETSC ERROR: #10 KSPSolve() line 612 in /home/amir/petsc/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c</div><div>[0]PETSC ERROR: #11 SNESSolve_NEWTONLS() line 224 in /home/amir/petsc/src/snes/impls/ls/ls.c</div><div>[0]PETSC ERROR: #12 SNESSolve() line 4312 in /home/amir/petsc/src/snes/interface/snes.c</div><br><div>[ 0]48 bytes PetscFreeSpaceGet() line 10 in /home/amir/petsc/src/mat/utils/freespace.c</div><div>[ 0]1356241520 bytes PetscFreeSpaceGet() line 11 in /home/amir/petsc/src/mat/utils/freespace.c</div><div>[ 0]48 bytes PetscFreeSpaceGet() line 10 in /home/amir/petsc/src/mat/utils/freespace.c</div><div>[ 0]2227520 bytes MatLUFactorSymbolic_SeqAIJ() line 308 in /home/amir/petsc/src/mat/impls/aij/seq/aijfact.c</div><div>[ 0]23216 bytes PetscBTCreate() line 75 in /home/amir/petsc/include/petscbt.h</div><div>[ 0]742512 bytes MatLUFactorSymbolic_SeqAIJ() line 306 in /home/amir/petsc/src/mat/impls/aij/seq/aijfact.c</div><div>[ 0]742512 bytes MatLUFactorSymbolic_SeqAIJ() line 301 in /home/amir/petsc/src/mat/impls/aij/seq/aijfact.c</div><div>[ 0]742512 bytes MatLUFactorSymbolic_SeqAIJ() line 300 in /home/amir/petsc/src/mat/impls/aij/seq/aijfact.c</div><div>[ 0]16 bytes PetscLayoutSetUp() line 141 in /home/amir/petsc/src/vec/is/utils/pmap.c</div><div>[ 0]16 bytes PetscStrallocpy() line 189 in /home/amir/petsc/src/sys/utils/str.c</div><div>[ 0]32 bytes PetscStrallocpy() line 189 in /home/amir/petsc/src/sys/utils/str.c</div><div>[ 0]32 bytes PetscFunctionListAdd_Private() line 213 in /home/amir/petsc/src/sys/dll/reg.c</div><div>[ 0]16 bytes ISCreate_General() line 740 in /home/amir/petsc/src/vec/is/is/impls/general/general.c</div><div>[ 0]48 bytes PetscLayoutCreate() line 48 in /home/amir/petsc/src/vec/is/utils/pmap.c</div><div>[ 0]784 bytes ISCreate() line 39 in /home/amir/petsc/src/vec/is/is/interface/isreg.c</div><div>[ 0]742512 bytes ISInvertPermutation_General() line 205 in /home/amir/petsc/src/vec/is/is/impls/general/general.c</div><br></blockquote></div><br><div><br></div><div>--</div><div class="gmail_signature"><div><div><div><div><div><div><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.</div><div>-- Norbert Wiener</div></div><div><br></div><div><div><a href="https://link.getmailspring.com/link/6B28CA58-29C6-4D61-A0E9-873FD4DCB12A@getmailspring.com/1?redirect=http%3A%2F%2Fwww.cse.buffalo.edu%2F~knepley%2F&recipient=cGV0c2MtdXNlcnNAbWNzLmFubC5nb3Y%3D" title="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></blockquote>