<div dir="ltr"><div dir="ltr">On Wed, Aug 21, 2019 at 8:21 AM Jian Zhang - 3ME <<a href="mailto:J.Zhang-10@tudelft.nl">J.Zhang-10@tudelft.nl</a>> wrote:<br></div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">



<div>

<div id="gmail-m_9194812596702914398divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif" dir="ltr">
<p>Hi Matthew,</p>
<p>Thanks for your answer. I just looked at the pestc4py 3.11.0 (I think it is the newest one). </p>
<p>Actually, I did not find DMPlexGetClosure function in the DMPlex.pyx, also not in DM.pyx.</p>
<p></p></div></div></blockquote><div>Sorry, I messed up the name in my mail. Its getTransitiveClosure()</div><div><br></div><div>  <a href="https://bitbucket.org/petsc/petsc4py/src/9598d8fb2bb0baa79f99ebf76991ddecd1fd173e/src/PETSc/DMPlex.pyx#lines-332">https://bitbucket.org/petsc/petsc4py/src/9598d8fb2bb0baa79f99ebf76991ddecd1fd173e/src/PETSc/DMPlex.pyx#lines-332</a></div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>    Matt </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div><div id="gmail-m_9194812596702914398divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif" dir="ltr"><p>Best,</p>
<p>Jian</p>
</div>
<hr style="display:inline-block;width:98%">
<div id="gmail-m_9194812596702914398divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" style="font-size:11pt" color="#000000"><b>From:</b> Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>><br>
<b>Sent:</b> 21 August 2019 14:03:19<br>
<b>To:</b> Jian Zhang - 3ME<br>
<b>Cc:</b> Jed Brown; <a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><br>
<b>Subject:</b> Re: [petsc-users] Getting the connectivity from DMPlex</font>
<div> </div>
</div>
<div>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">On Wed, Aug 21, 2019 at 7:48 AM Jian Zhang - 3ME via petsc-users <<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>
</div>
<div class="gmail_quote">
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div>
<div dir="ltr">
<div id="gmail-m_9194812596702914398gmail-m_4756795434960579141x_divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif">
<p>Hi Jed,</p>
<p>Thank you very much. I tried to use DMPlexGetCone, but the output is the edge ids, not the vertice ids. For the function <span>DMPlexGetClosureIndices, I can not find it in petsc4py. Do you know any alternative ways to solve this?</span></p>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div>DMPlexGetClosure() should be in petsc4py. It also returns orientations, which you can just filter out.</div>
<div><br>
</div>
<div>  Thanks,</div>
<div><br>
</div>
<div>     Matt</div>
<div> </div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div>
<div dir="ltr">
<div id="gmail-m_9194812596702914398gmail-m_4756795434960579141x_divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif">
<p>Best,</p>
<p>Jian</p>
</div>
<hr style="display:inline-block;width:98%">
<div id="gmail-m_9194812596702914398gmail-m_4756795434960579141x_divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" color="#000000" style="font-size:11pt"><b>From:</b> Jed Brown <<a href="mailto:jed@jedbrown.org" target="_blank">jed@jedbrown.org</a>><br>
<b>Sent:</b> 21 August 2019 13:42:41<br>
<b>To:</b> Jian Zhang - 3ME; <a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">
petsc-users@mcs.anl.gov</a><br>
<b>Subject:</b> Re: [petsc-users] Getting the connectivity from DMPlex</font>
<div> </div>
</div>
</div>
<font size="2"><span style="font-size:10pt">
<div class="gmail-m_9194812596702914398gmail-m_4756795434960579141PlainText">Jian Zhang - 3ME via petsc-users <<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>> writes:<br>
<br>
> Hi guys,<br>
><br>
> I am trying to get the element connectivity from DMPlex. The input is the element id, and the output should be the vertice ids. Which function should I use to achieve this? Thanks in advance.<br>
<br>
See DMPlexGetCone or DMPlexGetClosureIndices.<br>
</div>
</span></font></div>
</blockquote>
</div>
<br clear="all">
<div><br>
</div>
-- <br>
<div dir="ltr" class="gmail-m_9194812596702914398gmail_signature">
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
-- Norbert Wiener</div>
<div><br>
</div>
<div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>

</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>