<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">

</head>

<body>

<div dir="ltr">

<div dir="ltr">Karl:<br>

</div>

<div>What matrix format do you use? Run it in parallel or sequential?</div>

<div>Hong </div>

<div><br>

</div>

<div class="gmail_quote">

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">

<div dir="ltr">

<div dir="ltr">We used /proc/self/stat to track the resident set size during program run, and we saw the resident set size jumped by the size of the matrix right after we did matmulttranspose.<br>

</div>

</div>

<br>

<div class="gmail_quote">

<div class="gmail_attr" dir="ltr">On Wed, Jul 17, 2019 at 12:04 PM hong--- via petsc-users <<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>

</div>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;padding-left:1ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204)">

<div dir="ltr">

<div dir="ltr">Kun:<br>

</div>

<div>How do you know 'MatMultTranpose creates an extra memory copy of matrix'?</div>

<div>Hong</div>

<div><br>

</div>

<div class="gmail_quote">

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;padding-left:1ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204)">

<div lang="EN-US">

<div class="gmail-m_-6664523132381501245gmail-m_-8066335926639544998gmail-m_-3538158395817514375WordSection1">

<p class="MsoNormal">Hi,<u></u><u></u></p>

<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>

<p class="MsoNormal">I was using MatMultTranpose and MatMult to solver a linear system.

<u></u><u></u></p>

<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>

<p class="MsoNormal">However we found out, MatMultTranpose create an extra memory copy of matrix for its operation. This extra memory copy is not stated everywhere in petsc manual.

<u></u><u></u></p>

<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>

<p class="MsoNormal">This basically double my memory requirement to solve my system.<u></u><u></u></p>

<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>

<p class="MsoNormal">I remember mkl’s routine can do inplace matrix transpose vector product, without transposing the matrix itself.

<u></u><u></u></p>

<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>

<p class="MsoNormal">Is this always the case? Or there is way to make petsc to do inplace matrix transpose vector product.<u></u><u></u></p>

<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>

<p class="MsoNormal">Any help is greatly appreciated.<u></u><u></u></p>

<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>

<p class="MsoNormal">Regards,<u></u><u></u></p>

<p class="MsoNormal">Kun<u></u><u></u></p>

<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>

<br>

<p align="Center" class="gmail-m_-6664523132381501245gmail-m_-8066335926639544998gmail-m_-3538158395817514375msipfooter6d2e06ff" style="margin:0px">

<span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri;font-size:10pt">Schlumberger-Private</span></p>

</div>

</div>

</blockquote>

</div>

</div>

</blockquote>

</div>

</blockquote>

</div>

</div>

</body>

</html>