<div dir="ltr">Thanks Zhang for your answer,<div><br></div><div>I ended up getting a compiling and running TS routine... that does not give me the answers, and i am not sure what i am doing wrong,</div><div><br></div><div>My TS code so far looks like this:</div><div><br></div><div>(...initialization...)</div><div><br></div><div><font face="courier new, monospace">call TSCreate(PETSC_COMM_WORLD,ts,ierr)<br>call TSSetProblemType(ts,TS_NONLINEAR,ierr)<br>call TSSetSolution(ts,gTemperature,ierr)<br>call TSSetRHSFunction(ts,PETSC_NULL_VEC,FormRHSFunction,PETSC_NULL_VEC,ierr)<br>call TSSetType(ts,TSSSP,ierr)<br>call TSSetTimeStep(ts,dt,ierr)<br>call TSSetDM(ts,daScalars,ierr)<br>call TSSetMaxTime(ts,TotalTime,ierr)<br>call TSSetExactFinalTime(ts,TS_EXACTFINALTIME_STEPOVER,ierr)<br>call TSSetFromOptions(ts,ierr)<br>call TSSetUp(ts,ierr)</font><br></div><div><br></div><div>(... then inside main calculations loop i have...)</div><div><br></div><div><font face="courier new, monospace">call TSSolve(ts,gTemperature,ierr)<br></font></div><div><br></div><div>(...and my RHSFunction looks like this...)</div><div><br></div><div><font face="courier new, monospace">subroutine FormRHSFunction(ts,t,t_loc,rhs_loc,ctx,ierr)<br><br>  use petscvec<br>  use petscts<br>  use petscdmda<br>  use petscdm<br><br>  USE utils<br>  USE dmdaobjs<br>  USE probsize<br>  USE modelparams<br><br>  implicit none<br><br>  TS            :: ts<br>  PetscReal     :: t<br>  Vec           :: ctx,t_loc,rhs_loc<br>  PetscErrorCode    :: ierr<br><br><br><br>        call TSGetDM(ts,daScalars,ierr)<br><br>        call DMGetLocalVector(daScalars,t_loc,ierr);<br>        call DMGlobalToLocalBegin(daScalars,gTemperature,INSERT_VALUES,t_loc,ierr);CHKERRQ(ierr)<br>        call DMGlobalToLocalEnd(daScalars,gTemperature,INSERT_VALUES,t_loc,ierr);CHKERRQ(ierr)<br><br>        call DMDASolveTExplicit(3)<br><br>        call DMGetLocalVector(daScalars,rhs_loc,ierr);<br>        call DMGlobalToLocalBegin(daScalars,TRHSS_ts,INSERT_VALUES,rhs_loc,ierr);CHKERRQ(ierr)<br>        call DMGlobalToLocalEnd(daScalars,TRHSS_ts,INSERT_VALUES,rhs_loc,ierr);CHKERRQ(ierr)<br><br><br>        call DMRestoreLocalVector(daScalars,t_loc,ierr);CHKERRQ(ierr)<br>        call DMRestoreLocalVector(daScalars,rhs_loc,ierr);CHKERRQ(ierr)<br><br>end subroutine FormRHSFunction</font><br></div><div><br></div><div>Where DMDASolveTExplicit(3) is the old function to calculate time integration with runge kutta, modified to only generate the f(t,u) which in this case is rhs_loc,</div><div><br></div><div>I still have several doubts:</div><div><br></div><div><ul><li>Will this explicit RHS calculation work with TS routines? my time integration is explicit so far and it would involve a fair deal of extra work to make it implicit. </li><li>This 't' parameter in the RHSFunction is controlled by PETSC? i am not providing anything for it directly, where is it coming from?</li><li>Do i need to provide a Jacobian or the TS routine will try to guess one? This is related to the first point where my time scheme being explicit does not use a jacobian.</li></ul><div><br></div></div><div>Thanks, any help is appreciated, if you see any errors or need more information please let me know,</div><div><br></div><div>Regards,</div><div><br></div><div>Manuel </div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Jun 26, 2019 at 9:54 PM Zhang, Hong <<a href="mailto:hongzhang@anl.gov">hongzhang@anl.gov</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">



<div style="overflow-wrap: break-word;">
<br>
<div><br>
<blockquote type="cite">
<div>On Jun 26, 2019, at 4:17 PM, Manuel Valera via petsc-users <<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>> wrote:</div>
<br class="gmail-m_6853237684116060569Apple-interchange-newline">
<div>
<div dir="ltr">Hi PETSc,<br>
<div><br>
</div>
<div>I am trying to implement the Time stepping routines in my model, i have a working runge-kutta time scheme that goes to the following steps:</div>
<div><br>
</div>
<div>
<ul>
<li>Interpolate u,v,w to the time advancing variable position.</li><li>Calculate nonlinear coefficients and advect velocities with a forward-backward shock capturing scheme.</li><li>Calculate the variable laplacian </li><li>Sum terms to create RHS (nonlinear advected velocities + laplacian)</li><li>Finally, the runge kutta integration is done in a typical way that looks like:</li></ul>
<div>                   newtemp(t+1) = prevtemp(t) + dt*RHS</div>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>So my questions are:</div>
<div>
<ul>
<li>I think my problem is nonlinear, but is being made linearized by the advecting scheme, is this correct? this is to know if i should use the linear or nonlinear routines for TS.</li></ul>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<span>TSComputeRHSFunctionLinear is just a convenience function for linear ODEs in the form udot=Au. Using it won’t buy you much. So for TS starters, it is fine to assume your problem is nonlinear and think of the form udot=f(t,u) where f is the RHS
 function. </span><span><br>
</span>
<blockquote type="cite">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<ul>
<li>How do i know what are the appropriate routines i should be using here? so far i think i should use the following:</li></ul>
<div>call TSCreate(PETSC_COMM_WORLD,ts,ierr)<br>
call TSSetProblemType(ts,TS_LINEAR,ierr)<br>
call TSSetTimeStep(ts,dt,ierr)<br>
<br>
call TSSetFromOptions(ts,ierr)<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>call TSSetRHSFunction(ts,NULL,TSComputeRHSFunctionLinear,NULL,ierr)<br>
call TSSolve(ts,loctemperature,ierr)<br>
<br>
</div>
</div>
<div>Should i use call TSSetRHSJacobian for the temperature jacobian in this case?</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div><br>
</div>
<div>I would suggest to write your own RHSFunction and set it to TS with TSSetRHSFunction().</div>
<div><br>
</div>
<blockquote type="cite">
<div>
<div dir="ltr">
<div> </div>
<div><br>
</div>
<div>I am using <a href="https://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-current/src/ts/examples/tutorials/ex4.c.html" target="_blank">https://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-current/src/ts/examples/tutorials/ex4.c.html</a> as a  general guide, is there a more appropriate
 example?</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div><br>
</div>
ex4 is a good example. In addition, ex9 uses finite volume method with slope limiters to solve a variety of problems such as advection equation, burgers equation and shallow water equation. It might be an overkill, but it seems to be close to the problem you
 are trying to solve. Note that you might want to use the SSP methods (-ts_type ssp) instead of the classic Runge-Kutta methods for problems with shocks.</div>
<div><br>
</div>
<div>Hong (Mr.)</div>
<div><br>
</div>
<div>
<blockquote type="cite">
<div>
<div dir="ltr">
<div><br>
</div>
<div>The dt value and total timesteps are controlled by the model,</div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks for your help,</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>

</blockquote></div>