<html>

  <head>

    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8">

  </head>

  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">

    <p>Dear Sir or Madam,</p>

    <p>my name is Paul Seibert, I want to use PETSC for developing new

      CFD methods at the Technical University of Dresden (Germany). I

      would like to thank Barry for the quick help regarding the

      configuration. Now I have a problem getting the support of a node

      in a DMPlex. I hope, this is the right address for this issue.</p>

    <p>My problem is as follows (please find the source code in the

      appendix):</p>

    <ul>

      <li>For the moment I just want to solve a poisson equation on a

        DMPlex grid (which is regular though). I create a 10x10x10

        finite volume mesh by specifying the coordinates of all vertices

        and the cones of all cells and calling DMPlexCreateFromDAG() and

        DMPlexInterpolate(). Then, I define a scalar field in the cell

        centres.</li>

      <li>I set the adjacency useCone=True and useClosure=True. When I

        then assemble a matrix and view it (using mpiexec -n 1 ex1f

        -mat_view draw -draw_pause -1 > tempoutput.txt) I see the

        correct band-structure of the matrix. So I think, the DAG in

        correct. <br>

      </li>

      <li>(Not sure why I have to use the closure though. Also, I would

        prefer to get only the "star" neighbors, not the "box" including

        diagonal neighbors, but those are minor issues)<br>

      </li>

      <li>Then, I want to set the values in the matrix. For this to work

        in general, I want to go through the cells and set the matrix

        entry to each neighbor, and I want to find the neighbor of a

        cell c by getting the support of all elements in the cone of c.

        In the source code, I do this for cell 133 (as an example),

        which is not at the border of the domain and has the neighbors

        132,134,123,143,33,233 and some more according to the matrix.

        The cone size is correct (6), however, the support size doesn't

        seem to be 2 but 1 for all faces except the first two, the

        support of which is also correct. All the other faces' supports

        only contain the cell c itself. Find the data by searching the

        tempoutput.txt file for "cone size".</li>

    </ul>

    <p>My questions are as follows:</p>

    <ul>

      <li>Why don't I get the correct support?</li>

      <li>Is my way how this is supposed to be done or is there a more

        elegant approach?</li>

    </ul>

    <p>Any help would be very appreciated.</p>

    <p>Best regards, <br>

    </p>

    <p>Paul Seibert<br>

    </p>

  </body>

</html>