
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>

</head>

<body dir="ltr">

<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;" dir="ltr">

<p>Hi,</p>

<p><br>

</p>

<p>I am using PETSc to run FEM on domain decomposition. When I assemble the matrix, I need to pre-allocate first to get better performance, can you recommend how to preallocate in this case?</p>

<p><br>

</p>

<p>Right now we set big values for the number of nonzeros to preallocate memory, but when we do so, the program stuck at setZeroRowColumns. The error message is like:

<span><br>

</span></p>

<p><span>Matrix is missing diagonal entry in row 2.</span></p>

<p><span><br>

</span></p>

<p><span>Do you have any idea why this happens?</span></p>

<p><span>Note: In the domain decomposition we used, processors share some nodes.</span></p>

<p><span><br>

</span></p>

<p><span>Best,</span></p>

<p><span>Dongyu</span><br>

</p>

<p><br>

</p>

</div>

</body>

</html>