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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="color:windowtext">Hi Richard,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:windowtext"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:windowtext">Understood! Thanks very much for you advice.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:windowtext"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:windowtext">Regards,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:windowtext">Kun<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:windowtext"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:windowtext"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:windowtext"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="msipfooter6d2e06ff" align="center" style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt;text-align:center">
<span style="font-size:10.0pt;color:black">Schlumberger-Private</span><o:p></o:p></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b><span style="color:windowtext">From:</span></b><span style="color:windowtext"> Mills, Richard Tran <rtmills@anl.gov>
<br>
<b>Sent:</b> Tuesday, March 26, 2019 8:11 PM<br>
<b>To:</b> petsc-users@mcs.anl.gov<br>
<b>Cc:</b> Kun Jiao <KJiao@slb.com><br>
<b>Subject:</b> Re: [petsc-users] [Ext] Re: error: identifier "MatCreateMPIAIJMKL" is undefined in 3.10.4<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">Hi Kun,<br>
<br>
I'm the author of most of the AIJMKL stuff in PETSc. My apologies for having inadvertently omitted these function prototypes for these interfaces; I'm glad that Satish's patch has fixed this.<br>
<br>
I want to point out that -- though I can envision some scenarios in which one would want to use the MatCreateXXXAIJMKL interfaces -- most of the time I would recommend against using these directly. Instead, I would recommend simply creating AIJ matrices and
 then setting them to the AIJMKL sub-types via the PETSc options database. (Via the command line, this could be done by specifying something like "-mat_seqaij_type seqaijmkl" to indicate that all of the "sequential" AIJ matrices that make up an "MPI" AIJ matrix
 should be of type SEQAIJMKL.) Because this is how I usually do things, my testing had not uncovered the missing function prototypes.<br>
<br>
Best regards,<br>
Richard<br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">On 3/26/19 2:37 PM, Kun Jiao via petsc-users wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<pre>And yes, by applying the patch in the petscmat.h, everything works.<o:p></o:p></pre>
<pre>Thanks for the help.<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>Regards,<o:p></o:p></pre>
<pre>Kun<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>Schlumberger-Private<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>-----Original Message-----<o:p></o:p></pre>
<pre>From: Balay, Satish <a href="mailto:balay@mcs.anl.gov"><balay@mcs.anl.gov></a> <o:p></o:p></pre>
<pre>Sent: Tuesday, March 26, 2019 3:42 PM<o:p></o:p></pre>
<pre>To: Kun Jiao <a href="mailto:KJiao@slb.com"><KJiao@slb.com></a><o:p></o:p></pre>
<pre>Cc: petsc-users <a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov"><petsc-users@mcs.anl.gov></a><o:p></o:p></pre>
<pre>Subject: Re: [petsc-users] [Ext] Re: error: identifier "MatCreateMPIAIJMKL" is undefined in 3.10.4<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>Please apply the patch I sent earlier and retry.<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>Satish<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>On Tue, 26 Mar 2019, Kun Jiao via petsc-users wrote:<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<pre>Strange things, when I compile my code in the test dir in PETSC, it works. After I "make install" PETSC, and try to compile my code against the installed PETSC, it doesn't work any more.<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>I guess this is what you means. <o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>Is there any way to reenable MatCreateMPIAIJMKL public interface?<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>And, I am using intel MKL, here is my configure option:<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>Configure Options: --configModules=PETSc.Configure <o:p></o:p></pre>
<pre>--optionsModule=config.compilerOptions PETSC_ARCH=linux-gnu-intel <o:p></o:p></pre>
<pre>--with-precision=single --with-cc=mpiicc --with-cxx=mpiicc <o:p></o:p></pre>
<pre>--with-fc=mpiifort <o:p></o:p></pre>
<pre>--with-mpi-include=/wgdisk/hy3300/source_code_dev/imaging/kjiao/softwa<o:p></o:p></pre>
<pre>re/intel/compilers_and_libraries_2019.2.187/linux/mpi/intel64/include <o:p></o:p></pre>
<pre>--with-mpi-lib="-L/wgdisk/hy3300/source_code_dev/imaging/kjiao/softwar<o:p></o:p></pre>
<pre>e/intel//compilers_and_libraries_2019.2.187/linux/mpi/intel64/lib <o:p></o:p></pre>
<pre>-lmpifort -lmpi_ilp64" <o:p></o:p></pre>
<pre>--with-blaslapack-lib="-L/wgdisk/hy3300/source_code_dev/imaging/kjiao/<o:p></o:p></pre>
<pre>software/intel/compilers_and_libraries_2019.2.187/linux/mkl/lib/intel6<o:p></o:p></pre>
<pre>4 -Wl, --no-as-needed -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core <o:p></o:p></pre>
<pre>-lpthread -lm -ldl" <o:p></o:p></pre>
<pre>--with-scalapack-lib="-L/wgdisk/hy3300/source_code_dev/imaging/kjiao/s<o:p></o:p></pre>
<pre>oftware/intel/compilers_and_libraries_2019.2.187/linux/mkl/lib/intel64 <o:p></o:p></pre>
<pre>-lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_blacs_intelmpi_lp64" <o:p></o:p></pre>
<pre>--with-scalapack-include=/wgdisk/hy3300/source_code_dev/imaging/kjiao/<o:p></o:p></pre>
<pre>software/intel/compilers_and_libraries_2019.2.187/linux/mkl/include <o:p></o:p></pre>
<pre>--with-mkl_pardiso-dir=/wgdisk/hy3300/source_code_dev/imaging/kjiao/so<o:p></o:p></pre>
<pre>ftware/intel/compilers_and_libraries_2019.2.187/linux/mkl <o:p></o:p></pre>
<pre>--with-mkl_sparse=1 <o:p></o:p></pre>
<pre>--with-mkl_sparse-dir=/wgdisk/hy3300/source_code_dev/imaging/kjiao/sof<o:p></o:p></pre>
<pre>tware/intel/compilers_and_libraries_2019.2.187/linux/mkl <o:p></o:p></pre>
<pre>--with-mkl_cpardiso=1 <o:p></o:p></pre>
<pre>--with-mkl_cpardiso-dir=/wgdisk/hy3300/source_code_dev/imaging/kjiao/s<o:p></o:p></pre>
<pre>oftware/intel/compilers_and_libraries_2019.2.187/linux/mkl <o:p></o:p></pre>
<pre>--with-mkl_sparse_optimize=1 <o:p></o:p></pre>
<pre>--with-mkl_sparse_optimize-dir=/wgdisk/hy3300/source_code_dev/imaging/<o:p></o:p></pre>
<pre>kjiao/software/intel/compilers_and_libraries_2019.2.187/linux/mkl <o:p></o:p></pre>
<pre>--with-mkl_sparse_sp2m=1 <o:p></o:p></pre>
<pre>--with-mkl_sparse_sp2m-dir=/wgdisk/hy3300/source_code_dev/imaging/kjia<o:p></o:p></pre>
<pre>o/software/intel/compilers_and_libraries_2019.2.187/linux/mkl <o:p></o:p></pre>
<pre>--with-cmake=1 <o:p></o:p></pre>
<pre>--prefix=/wgdisk/hy3300/source_code_dev/imaging/kjiao/software/petsc_3<o:p></o:p></pre>
<pre>.9.4 --known-endian=big --with-debugging=0 --COPTFLAGS=" -Ofast <o:p></o:p></pre>
<pre>-xHost" --CXXOPTFLAGS=" -Ofast -xHost" --FOPTFLAGS=" -Ofast -xHost" <o:p></o:p></pre>
<pre>--with-x=0 Working directory: <o:p></o:p></pre>
<pre>/wgdisk/hy3300/source_code_dev/imaging/kjiao/petsc-3.10.4<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>Schlumberger-Private<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>-----Original Message-----<o:p></o:p></pre>
<pre>From: Balay, Satish <a href="mailto:balay@mcs.anl.gov"><balay@mcs.anl.gov></a><o:p></o:p></pre>
<pre>Sent: Tuesday, March 26, 2019 10:19 AM<o:p></o:p></pre>
<pre>To: Kun Jiao <a href="mailto:KJiao@slb.com"><KJiao@slb.com></a><o:p></o:p></pre>
<pre>Cc: Mark Adams <a href="mailto:mfadams@lbl.gov"><mfadams@lbl.gov></a>; <a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov">petsc-users@mcs.anl.gov</a><o:p></o:p></pre>
<pre>Subject: Re: [petsc-users] [Ext] Re: error: identifier <o:p></o:p></pre>
<pre>"MatCreateMPIAIJMKL" is undefined in 3.10.4<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<pre><o:p> </o:p></pre>
</blockquote>
</blockquote>
</blockquote>
</blockquote>
</blockquote>
</blockquote>
</blockquote>
<pre>balay@sb /home/balay/petsc (maint=)<o:p></o:p></pre>
<pre>$ git grep MatCreateMPIAIJMKL maint-3.8<o:p></o:p></pre>
<pre>maint-3.8:src/mat/impls/aij/mpi/aijmkl/mpiaijmkl.c:   MatCreateMPIAIJMKL - Creates a sparse parallel matrix whose local<o:p></o:p></pre>
<pre>maint-3.8:src/mat/impls/aij/mpi/aijmkl/mpiaijmkl.c:PetscErrorCode  <o:p></o:p></pre>
<pre>MatCreateMPIAIJMKL(MPI_Comm comm,PetscInt m,PetscInt n,PetscInt <o:p></o:p></pre>
<pre>M,PetscInt N,PetscInt d_nz,const PetscInt d_nnz[],PetscInt o_nz,const <o:p></o:p></pre>
<pre>PetscInt o_nnz[],Mat *A)<o:p></o:p></pre>
<pre>maint-3.8:src/mat/impls/aij/mpi/aijmkl/mpiaijmkl.c:.seealso: <o:p></o:p></pre>
<pre>MatCreateMPIAIJMKL(), MATSEQAIJMKL, MATMPIAIJMKL<o:p></o:p></pre>
<pre>maint-3.8:src/mat/impls/aij/seq/aijmkl/aijmkl.c:.seealso: MatCreate(), MatCreateMPIAIJMKL(), MatSetValues() balay@sb /home/balay/petsc (maint=) $ git grep MatCreateMPIAIJMKL maint<o:p></o:p></pre>
<pre>maint:src/mat/impls/aij/mpi/aijmkl/mpiaijmkl.c:   MatCreateMPIAIJMKL - Creates a sparse parallel matrix whose local<o:p></o:p></pre>
<pre>maint:src/mat/impls/aij/mpi/aijmkl/mpiaijmkl.c:PetscErrorCode  <o:p></o:p></pre>
<pre>MatCreateMPIAIJMKL(MPI_Comm comm,PetscInt m,PetscInt n,PetscInt <o:p></o:p></pre>
<pre>M,PetscInt N,PetscInt d_nz,const PetscInt d_nnz[],PetscInt o_nz,const <o:p></o:p></pre>
<pre>PetscInt o_nnz[],Mat *A)<o:p></o:p></pre>
<pre>maint:src/mat/impls/aij/mpi/aijmkl/mpiaijmkl.c:.seealso: <o:p></o:p></pre>
<pre>MatCreateMPIAIJMKL(), MATSEQAIJMKL, MATMPIAIJMKL<o:p></o:p></pre>
<pre>maint:src/mat/impls/aij/seq/aijmkl/aijmkl.c:.seealso: MatCreate(), <o:p></o:p></pre>
<pre>MatCreateMPIAIJMKL(), MatSetValues() balay@sb /home/balay/petsc <o:p></o:p></pre>
<pre>(maint=) $ <<<<<<<<<<<<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>MatCreateMPIAIJMKL() exists in both petsc-3.8 and petsc-3.10. However <o:p></o:p></pre>
<pre>the public interface is missing from both of these versions. So I'm <o:p></o:p></pre>
<pre>surprised you don't get the same error with petsc-3.8<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>Can you try the following change?<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>diff --git a/include/petscmat.h b/include/petscmat.h index <o:p></o:p></pre>
<pre>1b8ac69377..c66f727994 100644<o:p></o:p></pre>
<pre>--- a/include/petscmat.h<o:p></o:p></pre>
<pre>+++ b/include/petscmat.h<o:p></o:p></pre>
<pre>@@ -223,7 +223,8 @@ typedef enum <o:p></o:p></pre>
<pre>{DIFFERENT_NONZERO_PATTERN,SUBSET_NONZERO_PATTERN,SAME_NONZERO_PATT<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre> #if defined PETSC_HAVE_MKL_SPARSE<o:p></o:p></pre>
<pre> PETSC_EXTERN PetscErrorCode <o:p></o:p></pre>
<pre>MatCreateBAIJMKL(MPI_Comm,PetscInt,PetscInt,PetscInt,PetscInt,PetscInt<o:p></o:p></pre>
<pre>,PetscInt,const PetscInt[],PetscInt,const PetscInt[],Mat*); <o:p></o:p></pre>
<pre>-PETSC_EXTERN PetscErrorCode MatCreateSeqBAIJMKL(MPI_Comm <o:p></o:p></pre>
<pre>comm,PetscInt bs,PetscInt m,PetscInt n,PetscInt nz,const PetscInt <o:p></o:p></pre>
<pre>nnz[],Mat *A);<o:p></o:p></pre>
<pre>+PETSC_EXTERN PetscErrorCode<o:p></o:p></pre>
<pre>+MatCreateSeqBAIJMKL(MPI_Comm,PetscInt,PetscInt,PetscInt,PetscInt,cons<o:p></o:p></pre>
<pre>+t PetscInt[],Mat*); PETSC_EXTERN PetscErrorCode <o:p></o:p></pre>
<pre>+MatCreateMPIAIJMKL(MPI_Comm,PetscInt,PetscInt,PetscInt,PetscInt,Petsc<o:p></o:p></pre>
<pre>+In t,const PetscInt[],PetscInt,const PetscInt[],Mat*);<o:p></o:p></pre>
<pre> #endif<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre> PETSC_EXTERN PetscErrorCode <o:p></o:p></pre>
<pre>MatCreateSeqSELL(MPI_Comm,PetscInt,PetscInt,PetscInt,const <o:p></o:p></pre>
<pre>PetscInt[],Mat*);<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>Also note: - this routine is available only when PETSc is built with <o:p></o:p></pre>
<pre>Intel MKL<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>Satish<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>On Tue, 26 Mar 2019, Kun Jiao via petsc-users wrote:<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<pre>[kjiao@hyi0016 src/lsqr]% make<o:p></o:p></pre>
<pre>[ 50%] Building CXX object lsqr/CMakeFiles/p_lsqr.dir/lsqr.cc.o<o:p></o:p></pre>
<pre>/wgdisk/hy3300/source_code_dev/imaging/kjiao/src/git/src/lsqr/lsqr.cc(318): error: identifier "MatCreateMPIAIJMKL" is undefined<o:p></o:p></pre>
<pre>    ierr = MatCreateMPIAIJMKL(comm,m,n,M,N,maxnz,dialens,maxnz,offlens,&A);CHKERRQ(ierr);<o:p></o:p></pre>
<pre>           ^<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>/wgdisk/hy3300/source_code_dev/imaging/kjiao/src/git/src/lsqr/lsqr.cc(578): error: identifier "MatCreateMPIAIJMKL" is undefined<o:p></o:p></pre>
<pre>    ierr = MatCreateMPIAIJMKL(comm,m,n,M,N,maxnz,dialens,maxnz,offlens,&A);CHKERRQ(ierr);<o:p></o:p></pre>
<pre>           ^<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>compilation aborted for<o:p></o:p></pre>
<pre>/wgdisk/hy3300/source_code_dev/imaging/kjiao/src/git/src/lsqr/lsqr.c<o:p></o:p></pre>
<pre>c<o:p></o:p></pre>
<pre>(code 2)<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>Thanks.<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>From: Mark Adams <a href="mailto:mfadams@lbl.gov"><mfadams@lbl.gov></a><o:p></o:p></pre>
<pre>Sent: Tuesday, March 26, 2019 9:22 AM<o:p></o:p></pre>
<pre>To: Kun Jiao <a href="mailto:KJiao@slb.com"><KJiao@slb.com></a><o:p></o:p></pre>
<pre>Cc: <a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov">petsc-users@mcs.anl.gov</a><o:p></o:p></pre>
<pre>Subject: Re: [Ext] Re: [petsc-users] error: identifier <o:p></o:p></pre>
<pre>"MatCreateMPIAIJMKL" is undefined in 3.10.4<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>I assume the whole error message will have the line of code. Please send the whole error message and line of offending code if not included.<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>On Tue, Mar 26, 2019 at 10:08 AM Kun Jiao <<a href="mailto:KJiao@slb.com">KJiao@slb.com</a><a href="mailto:KJiao@slb.com"><mailto:KJiao@slb.com></a>> wrote:<o:p></o:p></pre>
<pre>It is compiling error, error message is:<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>error: identifier "MatCreateMPIAIJMKL" is undefined.<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>From: Mark Adams <<a href="mailto:mfadams@lbl.gov">mfadams@lbl.gov</a><a href="mailto:mfadams@lbl.gov"><mailto:mfadams@lbl.gov></a>><o:p></o:p></pre>
<pre>Sent: Tuesday, March 26, 2019 6:48 AM<o:p></o:p></pre>
<pre>To: Kun Jiao <<a href="mailto:KJiao@slb.com">KJiao@slb.com</a><a href="mailto:KJiao@slb.com"><mailto:KJiao@slb.com></a>><o:p></o:p></pre>
<pre>Cc: <a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov">petsc-users@mcs.anl.gov</a><a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov"><mailto:petsc-users@mcs.anl.gov></a><o:p></o:p></pre>
<pre>Subject: [Ext] Re: [petsc-users] error: identifier <o:p></o:p></pre>
<pre>"MatCreateMPIAIJMKL" is undefined in 3.10.4<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>Please send the output of the error (runtime, compile time, link<o:p></o:p></pre>
<pre>time?)<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>On Mon, Mar 25, 2019 at 10:50 PM Kun Jiao via petsc-users <<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov">petsc-users@mcs.anl.gov</a><a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov"><mailto:petsc-users@mcs.anl.gov></a>> wrote:<o:p></o:p></pre>
<pre>Hi Petsc Experts,<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>Is MatCreateMPIAIJMKL retired in 3.10.4?<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>I got this error with my code which works fine in 3.8.3 version.<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>Regards,<o:p></o:p></pre>
<pre>Kun<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>Schlumberger-Private<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>Schlumberger-Private<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>Schlumberger-Private<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
</blockquote>
<pre><o:p> </o:p></pre>
</blockquote>
</blockquote>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
</body>
</html>