<div dir="ltr">That should not happen. Can you send in a small example that we can debug.<div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>    Matt</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Mar 25, 2019 at 12:38 AM Eda Oktay via petsc-users <<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov">petsc-users@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>Hello,</div><div><br></div><div>I am trying to permute a vector A using following lines:  </div><div><br></div><div>ierr = ISCreateGeneral(PETSC_COMM_SELF,siz,idx,PETSC_COPY_VALUES,&is);CHKERRQ(ierr);</div><div>  ierr = ISSetPermutation(is);CHKERRQ(ierr);</div><div>  ierr = ISDuplicate(is,&newIS);CHKERRQ(ierr);</div><div>  ierr = MatSetOption(A,MAT_NEW_NONZERO_ALLOCATION_ERR,PETSC_FALSE);CHKERRQ(ierr); </div><div>  ierr = MatPermute(A,is,newIS,&PL);CHKERRQ(ierr); </div><div><br></div><div>However, in MatPermute line, I get the following error even if I used MatSetOption before this line:</div><div><br></div><div><div>[0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------</div><div>[0]PETSC ERROR: Argument out of range</div><div>[0]PETSC ERROR: New nonzero at (0,485) caused a malloc</div><div>Use MatSetOption(A, MAT_NEW_NONZERO_ALLOCATION_ERR, PETSC_FALSE) to turn off this check</div><div>[0]PETSC ERROR: See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble shooting.</div><div>[0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.10.3, Dec, 18, 2018 </div><div>[0]PETSC ERROR: ./DENEME_TEMIZ_ENYENI_FINAL on a arch-linux2-c-debug named <a href="http://1232.wls.metu.edu.tr" target="_blank">1232.wls.metu.edu.tr</a> by edaoktay Mon Mar 25 12:15:14 2019</div><div>[0]PETSC ERROR: Configure options --with-cc=gcc --with-cxx=g++ --with-fc=gfortran --with-cxx-dialect=C++11 --download-openblas --download-metis --download-parmetis --download-superlu_dist --download-slepc --download-mpich</div><div>[0]PETSC ERROR: #1 MatSetValues_MPIAIJ() line 579 in /home/edaoktay/petsc-3.10.3/src/mat/impls/aij/mpi/mpiaij.c</div><div>[0]PETSC ERROR: #2 MatAssemblyEnd_MPIAIJ() line 807 in /home/edaoktay/petsc-3.10.3/src/mat/impls/aij/mpi/mpiaij.c</div><div>[0]PETSC ERROR: #3 MatAssemblyEnd() line 5340 in /home/edaoktay/petsc-3.10.3/src/mat/interface/matrix.c</div><div>[0]PETSC ERROR: #4 MatPermute_MPIAIJ() line 1723 in /home/edaoktay/petsc-3.10.3/src/mat/impls/aij/mpi/mpiaij.c</div><div>[0]PETSC ERROR: #5 MatPermute() line 4997 in /home/edaoktay/petsc-3.10.3/src/mat/interface/matrix.c</div><div>[0]PETSC ERROR: #6 main() line 285 in /home/edaoktay/petsc-3.10.3/arch-linux2-c-debug/share/slepc/examples/src/eda/DENEME_TEMIZ_ENYENI_FINAL.c</div><div>[0]PETSC ERROR: PETSc Option Table entries:</div><div>[0]PETSC ERROR: -f /home/edaoktay/petsc-3.10.3/share/petsc/datafiles/matrices/binary_files/airfoil1_binary</div><div>[0]PETSC ERROR: -mat_partitioning_type parmetis</div><div>[0]PETSC ERROR: -weighted</div><div>[0]PETSC ERROR: ----------------End of Error Message -------send entire error message to petsc-maint@mcs.anl.gov----------</div></div><div><br></div><div>I'll be glad if you can help me.</div><div><br></div><div>Thanks!</div><div><br></div><div>Eda</div></div></div></div>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div>