<div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Fri, Jan 18, 2019 at 7:54 AM rickcha--- via petsc-users <<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov">petsc-users@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Dear petsc-team,<br><br>I ran into an error when using petscFE in combination with a hex mesh constructed with gmsh. The error message reads:<br></div></blockquote><div><br></div><div>Yes, I am guessing that GMsh put some crazy crap in the mesh file. Can you test it out on a hex mesh from DMPlexCreateBoxMesh()</div><div>just ot make sure your physics works? Then we can look at the GMsh file (I hate that program).</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">[0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------<br>[0]PETSC ERROR: Petsc has generated inconsistent data<br>[0]PETSC ERROR: Not implemented yet<br><br>[0]PETSC ERROR: See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble shooting.<br>[0]PETSC ERROR: Petsc Development GIT revision: v3.10.3-1227-gcd612eedf5  GIT Date: 2019-01-17 05:31:34 +0100<br>[0]PETSC ERROR: ./standaloneFEM on a arch-linux2-intel-debug named iket127138 by hartig Fri Jan 18 10:49:52 2019<br>[0]PETSC ERROR: Configure options PETSC_ARCH=arch-linux2-intel-debug --with-debugging=true --with-cc=/home/hartig/intel/bin/icc --with-cxx=/home/hartig/intel/bin/icpc --with-fc=/home/hartig/intel/bin/ifort --download-mpich --download-ml --download-parmetis --download-metis --download-hypre --download-mumps --download-scalapack --download-triangle --download-hdf5 --download-ptscotch --download-chaco<br>[0]PETSC ERROR: #1 DMFieldComputeFaceData_DS() line 943 in /home/hartig/petsc/src/dm/field/impls/ds/dmfieldds.c<br>[0]PETSC ERROR: #2 DMFieldCreateFEGeom() line 537 in /home/hartig/petsc/src/dm/field/interface/dmfield.c<br>[0]PETSC ERROR: #3 DMSNESGetFEGeom() line 2598 in /home/hartig/petsc/src/dm/impls/plex/plexfem.c<br>[0]PETSC ERROR: #4 DMPlexComputeBdResidual_Single_Internal() line 1520 in /home/hartig/petsc/src/snes/utils/dmplexsnes.c<br>[0]PETSC ERROR: #5 DMPlexComputeBdResidual_Internal() line 1649 in /home/hartig/petsc/src/snes/utils/dmplexsnes.c<br>[0]PETSC ERROR: #6 DMPlexComputeResidual_Internal() line 1946 in /home/hartig/petsc/src/snes/utils/dmplexsnes.c<br>[0]PETSC ERROR: #7 DMPlexTSComputeIFunctionFEM() line 206 in /home/hartig/petsc/src/ts/utils/dmplexts.c<br>[0]PETSC ERROR: #8 ComputeI2FunctionWithInertia() line 1284 in /home/hartig/cimply/femanalysis.c<br>[0]PETSC ERROR: #9 TSComputeI2Function() line 1707 in /home/hartig/petsc/src/ts/interface/ts.c<br>[0]PETSC ERROR: #10 SNESTSFormFunction_Alpha() line 339 in /home/hartig/petsc/src/ts/impls/implicit/alpha/alpha2.c<br>[0]PETSC ERROR: #11 SNESTSFormFunction() line 4694 in /home/hartig/petsc/src/ts/interface/ts.c<br>[0]PETSC ERROR: #12 SNESComputeFunction() line 2301 in /home/hartig/petsc/src/snes/interface/snes.c<br>[0]PETSC ERROR: #13 SNESSolve_NEWTONLS() line 175 in /home/hartig/petsc/src/snes/impls/ls/ls.c<br>[0]PETSC ERROR: #14 SNESSolve() line 4454 in /home/hartig/petsc/src/snes/interface/snes.c<br>[0]PETSC ERROR: #15 TSAlpha_SNESSolve() line 101 in /home/hartig/petsc/src/ts/impls/implicit/alpha/alpha2.c<br>[0]PETSC ERROR: #16 TSAlpha_Restart() line 143 in /home/hartig/petsc/src/ts/impls/implicit/alpha/alpha2.c<br>[0]PETSC ERROR: #17 TSStep_Alpha() line 217 in /home/hartig/petsc/src/ts/impls/implicit/alpha/alpha2.c<br>[0]PETSC ERROR: #18 TSStep() line 3664 in /home/hartig/petsc/src/ts/interface/ts.c<br>[0]PETSC ERROR: #19 TSSolve() line 3847 in /home/hartig/petsc/src/ts/interface/ts.c<br><br>Upon investigation, I found that petsc throws the error message because coneSize has a value of six. This is the first thing that puzzles me. I would have expected a cone size of 4 since we are dealing with faces of hex elements. Is it possible that we are on the wrong “level” of the mesh graph somehow? Printing "numFaces“ in the debugger, I get the total number of elements (not 2D faces) I have in my mesh for the hex-case.<br><br>I ran the same case with a simplex mesh and found another thing I don’t quite understand: Both times I ran with -petscspace-degree 2. Yet in case of the simplex mesh, I get a polynomial degree of 1 in DMFieldComputeFaceData_DS (“maxDegree”)</div></blockquote><div><br></div><div>I think you are looking at the coordinate space. By default, simplex mesh use affine coordinate spaces.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word"> and in case of the hex-mesh, I get a polynomial degree of 3.</div></blockquote><div><br></div><div>That is strange. It should be 2.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>    Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word"> In both cases I would have expected the degree to be 2, corresponding to Tet10 and Hex20 elements. I might be confusing two different concepts here. But this was how I understood the documentation until now.<br><br>Thanks,<br>Max</div></blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>