<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>Hi,<br></div><div><div><br></div><div>Starting with TS example 45</div><div><br></div><div>$ pwd</div><div>/opt/apps/PETSc/petsc-3.10.2</div><div>$ ls src/ts/examples/tutorials/ex45.c</div><div>src/ts/examples/tutorials/ex45.c</div><div><br></div><div>petsc configured with: ./config/configure.py --with-shared-libraries --with-clanguage=c++ --CFLAGS='-g -O0' --CXXFLAGS='-g -O0'  --with-c2html=0 --download-ctetgen  --download-triangle --with-debugging=yes --download-netcdf  --download-zlib  --download-exodusii --download-hdf5 --download-pnetcdf</div><div><br></div><div>I'm trying to refine the DMPlexCreateBoxMesh  with the DMPlexSetRefinementFunction.</div><div>It generally seems to be working, except that the refined element is slightly offset from what I was expecting.</div><div>Based on my application specific criteria, element id number 7 is flagged to be refined by the DMPlexSetRefinementFunction but when I open in paraview, it looks like element id number 8 is being refined. See attached pic.</div><div><br></div><div><div><img src="cid:ii_jqfv41vw0" alt="Screen Shot 2019-01-02 at 6.02.02 PM.png" width="224" height="68" style="margin-right: 0px;"><br></div><div><img src="cid:ii_jqfv468j1" alt="Screen Shot 2019-01-02 at 6.02.11 PM.png" width="224" height="75" style="margin-right: 0px;"><br></div></div><div><br></div><div>Is it possible that the maxVolumes array is 'off by one' when transfering to tetgen data structures somehow ?</div><div><br></div><div><a href="https://bitbucket.org/petsc/petsc/src/bd27d3f284687498e4c4678d234c0e308a5bc236/src/dm/impls/plex/plexadapt.c?at=master&fileviewer=file-view-default#plexadapt.c-252">https://bitbucket.org/petsc/petsc/src/bd27d3f284687498e4c4678d234c0e308a5bc236/src/dm/impls/plex/plexadapt.c?at=master&fileviewer=file-view-default#plexadapt.c-252</a></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>(gdb) bt</div><div>#0  DMPlexRefine_CTetgen (dm=0x932180, maxVolumes=0x919710, dmRefined=0x7fffffffb938) at /opt/apps/PETSc/petsc-3.10.2/src/dm/impls/plex/generators/ctetgen/ctetgenerate.c:182</div><div>#1  0x00007ffff6b76401 in DMPlexRefine_Internal (dm=0x932180, adaptLabel=0x0, dmRefined=0x7fffffffb938) at /opt/apps/PETSc/petsc-3.10.2/src/dm/impls/plex/plexadapt.c:252</div><div>#2  0x00007ffff6b72720 in DMRefine_Plex (dm=0x932180, comm=0x6b, dmRefined=0x7fffffffb938) at /opt/apps/PETSc/petsc-3.10.2/src/dm/impls/plex/plexrefine.c:10361</div><div>#3  0x00007ffff6dad8ff in DMRefine (dm=0x932180, comm=0x6b, dmf=0x7fffffffb938) at /opt/apps/PETSc/petsc-3.10.2/src/dm/interface/dm.c:1808</div><div>#4  0x0000000000405274 in CreateMesh (comm=0x7ffff5891680 <ompi_mpi_comm_world>, dm=0x7fffffffb9d0, ctx=0x7fffffffba00) at /rsrch1/ip/dtfuentes/github/thermoembo/tutorials/exac.c:253</div><div>#5  0x00000000004063c4 in main (argc=32, argv=0x7fffffffdb68) at /rsrch1/ip/dtfuentes/github/thermoembo/tutorials/exac.c:336</div></div><div><br></div></div></div>