<div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Thu, Dec 20, 2018 at 9:33 AM Yann JOBIC via petsc-users <<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov">petsc-users@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Dear Petsc Users,<br>
<br>
When i'm using DMPlexCreateBoxMesh, my code works fine. However, when i <br>
load the "exact" same mesh from an HDF5 file, it's not working anymore <br>
(Nonlinear solve did not converge due to DIVERGED_FNORM_NAN iterations 0).<br>
<br>
The mesh view when i use DMPlexCreateBoxMesh looks like (i labeled my <br>
boudary nodes):<br>
<br>
/* generated with DMPlexCreateBoxMesh */<br>
DM Object: Mesh 1 MPI processes<br>
   type: plex<br>
Mesh in 3 dimensions:<br>
   0-cells: 216<br>
   1-cells: 540<br>
   2-cells: 450<br>
   3-cells: 125<br>
Labels:<br>
   Faces: 6 strata with value/size (2 (121), 4 (121), 3 (121), 6 (121), <br>
5 (121), 7 (121))<br>
   boundary: 1 strata with value/size (1 (602))<br>
   depth: 4 strata with value/size (0 (216), 1 (540), 2 (450), 3 (125))<br>
   Face Sets: 6 strata with value/size (6 (25), 5 (25), 3 (25), 4 (25), <br>
1 (25), 2 (25))<br>
   marker: 1 strata with value/size (1 (450))<br>
<br>
And when i use DMPlexCreateFromFile, or DMLoad, i have :<br>
<br>
/* generated with H5 file */<br>
fin label DM<br>
DM Object: Mesh 1 MPI processes<br>
   type: plex<br>
Mesh in 3 dimensions:<br>
   0-cells: 216<br>
   1-cells: 540<br>
   2-cells: 450<br>
   3-cells: 125<br>
Labels:<br>
   Faces: 6 strata with value/size (2 (121), 4 (121), 6 (121), 7 (121), <br>
5 (121), 3 (121))<br>
   boundary: 1 strata with value/size (1 (602))<br>
   depth: 4 strata with value/size (0 (216), 1 (540), 2 (450), 3 (125))<br>
<br>
It looks like my DM is not interpolated. Am i wrong ?<br></blockquote><div><br></div><div>Its interpolated (you have 4 kinds of k-cells, instead of 2). However, you are missing your</div><div>Face Sets marker, which probably means boundary conditions are not getting applied.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>    Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
It's strange, because when i use DMPlexCreateFromFile, i put PETSC_TRUE <br>
for interpolation.<br>
<br>
Even after loading the mesh, i used DMPlexInterpolate, which return a <br>
new DM (not null).<br>
<br>
Do you know what's happening here ?<br>
Maybe my DIVERGED_FNORM_NAN comes from another part of the code ? <br>
(however only the mesh is changing)<br>
<br>
Thanks,<br>
<br>
Yann<br>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>