<html>
  <head>
    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    <div class="moz-cite-prefix">Le 20/12/2018 à 16:40, Matthew Knepley
      a écrit :<br>
    </div>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:CAMYG4GkHF8bZAVny3AgAce8G99a0a+R2PskPKU7=7r-eRt-2_w@mail.gmail.com">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
      <div dir="ltr">
        <div class="gmail_quote">
          <div dir="ltr">On Thu, Dec 20, 2018 at 9:33 AM Yann JOBIC via
            petsc-users <<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov"
              moz-do-not-send="true">petsc-users@mcs.anl.gov</a>>
            wrote:<br>
          </div>
          <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px
            0.8ex;border-left:1px solid
            rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Dear Petsc Users,<br>
            <br>
            When i'm using DMPlexCreateBoxMesh, my code works fine.
            However, when i <br>
            load the "exact" same mesh from an HDF5 file, it's not
            working anymore <br>
            (Nonlinear solve did not converge due to DIVERGED_FNORM_NAN
            iterations 0).<br>
            <br>
            The mesh view when i use DMPlexCreateBoxMesh looks like (i
            labeled my <br>
            boudary nodes):<br>
            <br>
            /* generated with DMPlexCreateBoxMesh */<br>
            DM Object: Mesh 1 MPI processes<br>
               type: plex<br>
            Mesh in 3 dimensions:<br>
               0-cells: 216<br>
               1-cells: 540<br>
               2-cells: 450<br>
               3-cells: 125<br>
            Labels:<br>
               Faces: 6 strata with value/size (2 (121), 4 (121), 3
            (121), 6 (121), <br>
            5 (121), 7 (121))<br>
               boundary: 1 strata with value/size (1 (602))<br>
               depth: 4 strata with value/size (0 (216), 1 (540), 2
            (450), 3 (125))<br>
               Face Sets: 6 strata with value/size (6 (25), 5 (25), 3
            (25), 4 (25), <br>
            1 (25), 2 (25))<br>
               marker: 1 strata with value/size (1 (450))<br>
            <br>
            And when i use DMPlexCreateFromFile, or DMLoad, i have :<br>
            <br>
            /* generated with H5 file */<br>
            fin label DM<br>
            DM Object: Mesh 1 MPI processes<br>
               type: plex<br>
            Mesh in 3 dimensions:<br>
               0-cells: 216<br>
               1-cells: 540<br>
               2-cells: 450<br>
               3-cells: 125<br>
            Labels:<br>
               Faces: 6 strata with value/size (2 (121), 4 (121), 6
            (121), 7 (121), <br>
            5 (121), 3 (121))<br>
               boundary: 1 strata with value/size (1 (602))<br>
               depth: 4 strata with value/size (0 (216), 1 (540), 2
            (450), 3 (125))<br>
            <br>
            It looks like my DM is not interpolated. Am i wrong ?<br>
          </blockquote>
          <div><br>
          </div>
          <div>Its interpolated (you have 4 kinds of k-cells, instead of
            2). However, you are missing your</div>
          <div>Face Sets marker, which probably means boundary
            conditions are not getting applied.</div>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    My Face marker is label to 1, with the label  "boundary" (i used
    DMPlexMarkBoundaryFaces)<br>
    After that, i create a new label, "Faces", with the number
    associated to the boundary condition.<br>
    Faces = 0 -> ouest<br>
    Faces = 1 -> est<br>
    ...<br>
    <br>
    But you're right, I'm missing "Face Sets".<br>
    I couldn't find the function which adds this label.<br>
    Is there one ? or do i have to do as in 
    DMPlexCreateCubeMesh_Internal?<br>
    <br>
    Thanks,<br>
    <br>
    Yann<br>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:CAMYG4GkHF8bZAVny3AgAce8G99a0a+R2PskPKU7=7r-eRt-2_w@mail.gmail.com">
      <div dir="ltr">
        <div class="gmail_quote">
          <div>  Thanks,</div>
          <div><br>
          </div>
          <div>    Matt</div>
          <div> </div>
          <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px
            0.8ex;border-left:1px solid
            rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
            It's strange, because when i use DMPlexCreateFromFile, i put
            PETSC_TRUE <br>
            for interpolation.<br>
            <br>
            Even after loading the mesh, i used DMPlexInterpolate, which
            return a <br>
            new DM (not null).<br>
            <br>
            Do you know what's happening here ?<br>
            Maybe my DIVERGED_FNORM_NAN comes from another part of the
            code ? <br>
            (however only the mesh is changing)<br>
            <br>
            Thanks,<br>
            <br>
            Yann<br>
          </blockquote>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>