<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:comic sans ms,sans-serif">So, if I try to run the same code in a super computer then I can run with even larger matrix?</div><div class="gmail_default" style="font-family:comic sans ms,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:comic sans ms,sans-serif">Thanks.</div><div class="gmail_default" style="font-family:comic sans ms,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:comic sans ms,sans-serif">Sincerely,</div><div class="gmail_default" style="font-family:comic sans ms,sans-serif">Huq</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Thu, Nov 29, 2018 at 8:54 PM Fazlul Huq <<a href="mailto:huq2090@gmail.com">huq2090@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:"comic sans ms",sans-serif">Sorry! I made mistake in running the code.</div><div class="gmail_default" style="font-family:"comic sans ms",sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:"comic sans ms",sans-serif">It's actually working now until matrix size of 9999999!</div><div class="gmail_default" style="font-family:"comic sans ms",sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:"comic sans ms",sans-serif">But when I try to extend to one order more it give me error message:</div><div class="gmail_default" style="font-family:"comic sans ms",sans-serif">**************************************************************************************************************************</div><div class="gmail_default" style="font-family:"comic sans ms",sans-serif"><div class="gmail_default">Out of memory trying to allocate 799999992 bytes</div><div class="gmail_default">[0]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------</div><div class="gmail_default">[0]PETSC ERROR: Caught signal number 11 SEGV: Segmentation Violation, probably memory access out of range</div><div class="gmail_default">[0]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger</div><div class="gmail_default">[0]PETSC ERROR: or see <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind</a></div><div class="gmail_default">[0]PETSC ERROR: or try <a href="http://valgrind.org" target="_blank">http://valgrind.org</a> on GNU/linux and Apple Mac OS X to find memory corruption errors</div><div class="gmail_default">[0]PETSC ERROR: likely location of problem given in stack below</div><div class="gmail_default">[0]PETSC ERROR: ---------------------  Stack Frames ------------------------------------</div><div class="gmail_default">[0]PETSC ERROR: Note: The EXACT line numbers in the stack are not available,</div><div class="gmail_default">[0]PETSC ERROR:       INSTEAD the line number of the start of the function</div><div class="gmail_default">[0]PETSC ERROR:       is given.</div><div class="gmail_default">[0]PETSC ERROR: [0] HYPRE_SetupXXX line 322 /home/huq2090/petsc-3.10.2/src/ksp/pc/impls/hypre/hypre.c</div><div class="gmail_default">[0]PETSC ERROR: [0] PCSetUp_HYPRE line 138 /home/huq2090/petsc-3.10.2/src/ksp/pc/impls/hypre/hypre.c</div><div class="gmail_default">[0]PETSC ERROR: [0] PCSetUp line 894 /home/huq2090/petsc-3.10.2/src/ksp/pc/interface/precon.c</div><div class="gmail_default">[0]PETSC ERROR: [0] KSPSetUp line 304 /home/huq2090/petsc-3.10.2/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c</div><div class="gmail_default">[0]PETSC ERROR: [0] KSPSolve line 678 /home/huq2090/petsc-3.10.2/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c</div><div class="gmail_default">[0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------</div><div class="gmail_default">[0]PETSC ERROR: Signal received</div><div class="gmail_default">[0]PETSC ERROR: See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble shooting.</div><div class="gmail_default">[0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.10.2, Oct, 09, 2018 </div><div class="gmail_default">[0]PETSC ERROR: ./poisson_m on a arch-linux2-c-debug named huq2090-XPS-15-9570 by huq2090 Thu Nov 29 20:47:50 2018</div><div class="gmail_default">[0]PETSC ERROR: Configure options --download-hypre --download-mpich --with-64-bit-indices</div><div class="gmail_default">[0]PETSC ERROR: #1 User provided function() line 0 in  unknown file</div><div class="gmail_default">application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 59) - process 0</div><div class="gmail_default">[unset]: write_line error; fd=-1 buf=:cmd=abort exitcode=59</div><div class="gmail_default">:</div><div class="gmail_default">system msg for write_line failure : Bad file descriptor</div><div>**************************************************************************************************************************************</div><div><br></div><div>I am using dell xps laptop with 32 GB RAM, Intel 8th generation core i7 processor. </div><div>Since the RAM is 32 GB, is there any way to allocate even higher order problem in my machine?</div><div><br></div></div><div class="gmail_default" style="font-family:"comic sans ms",sans-serif">Thanks.</div><div class="gmail_default" style="font-family:"comic sans ms",sans-serif">Sincerely,</div><div class="gmail_default" style="font-family:"comic sans ms",sans-serif">Huq</div><div class="gmail_default" style="font-family:"comic sans ms",sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:"comic sans ms",sans-serif"><br></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Thu, Nov 29, 2018 at 8:26 PM Fazlul Huq <<a href="mailto:huq2090@gmail.com" target="_blank">huq2090@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:"comic sans ms",sans-serif">Thanks.</div><div class="gmail_default" style="font-family:"comic sans ms",sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:"comic sans ms",sans-serif">I have configured with 64-bit and then when I run, I got the following error message:</div><div class="gmail_default" style="font-family:"comic sans ms",sans-serif">***********************************************************************************************************************</div><div class="gmail_default" style="font-family:"comic sans ms",sans-serif"><div class="gmail_default">[0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------</div><div class="gmail_default">[0]PETSC ERROR: Out of memory. This could be due to allocating</div><div class="gmail_default">[0]PETSC ERROR: too large an object or bleeding by not properly</div><div class="gmail_default">[0]PETSC ERROR: destroying unneeded objects.</div><div class="gmail_default">[0]PETSC ERROR: Memory allocated 41632 Memory used by process 13361152</div><div class="gmail_default">[0]PETSC ERROR: Try running with -malloc_dump or -malloc_log for info.</div><div class="gmail_default">[0]PETSC ERROR: Memory requested 1614907707076</div><div class="gmail_default">[0]PETSC ERROR: See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble shooting.</div><div class="gmail_default">[0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.10.2, Oct, 09, 2018 </div><div class="gmail_default">[0]PETSC ERROR: ./poisson_m on a arch-linux2-c-debug named huq2090-XPS-15-9570 by huq2090 Thu Nov 29 20:24:13 2018</div><div class="gmail_default">[0]PETSC ERROR: Configure options --download-hypre --download-mpich --with-64-bit-indices</div><div class="gmail_default">[0]PETSC ERROR: #1 VecCreate_Seq() line 35 in /home/huq2090/petsc-3.10.2/src/vec/vec/impls/seq/bvec3.c</div><div class="gmail_default">[0]PETSC ERROR: #2 PetscTrMallocDefault() line 183 in /home/huq2090/petsc-3.10.2/src/sys/memory/mtr.c</div><div class="gmail_default">[0]PETSC ERROR: #3 PetscMallocA() line 397 in /home/huq2090/petsc-3.10.2/src/sys/memory/mal.c</div><div class="gmail_default">[0]PETSC ERROR: #4 VecCreate_Seq() line 35 in /home/huq2090/petsc-3.10.2/src/vec/vec/impls/seq/bvec3.c</div><div class="gmail_default">[0]PETSC ERROR: #5 VecSetType() line 51 in /home/huq2090/petsc-3.10.2/src/vec/vec/interface/vecreg.c</div><div class="gmail_default">[0]PETSC ERROR: #6 VecSetTypeFromOptions_Private() line 1250 in /home/huq2090/petsc-3.10.2/src/vec/vec/interface/vector.c</div><div class="gmail_default">[0]PETSC ERROR: #7 VecSetFromOptions() line 1284 in /home/huq2090/petsc-3.10.2/src/vec/vec/interface/vector.c</div><div class="gmail_default">[0]PETSC ERROR: #8 main() line 57 in /home/huq2090/petsc-3.10.2/problems/ksp/poisson_m.c</div><div class="gmail_default">[0]PETSC ERROR: No PETSc Option Table entries</div><div class="gmail_default">[0]PETSC ERROR: ----------------End of Error Message -------send entire error message to petsc-maint@mcs.anl.gov----------</div><div class="gmail_default">application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 55) - process 0</div><div class="gmail_default">[unset]: write_line error; fd=-1 buf=:cmd=abort exitcode=55</div><div class="gmail_default">:</div><div class="gmail_default">system msg for write_line failure : Bad file descriptor</div><div>************************************************************************************************************************************</div><div><br></div><div>Thanks.</div><div>Sincerely,</div><div>Huq</div></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Thu, Nov 29, 2018 at 1:51 PM Smith, Barry F. <<a href="mailto:bsmith@mcs.anl.gov" target="_blank">bsmith@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><br>
<br>
> On Nov 29, 2018, at 1:46 PM, Fazlul Huq via petsc-users <<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>
> <br>
> Hello PETSc Developers,<br>
> <br>
> I am trying to run the code (attached herewith) with the following command and it works until the size of the matrix is 99999X99999. But when I try to run with 999999X999999 then I got weird result.<br>
<br>
   What is that "weird result"? <br>
<br>
   My guess is for problems that large you need to ./configure PETSc with the additional option --with-64-bit-indices since for such large problems 32 bit integers are not large enough to contain values needed for storing and accessing the sparse matrix.<br>
<br>
   Barry<br>
<br>
> <br>
> The command is: <br>
> ./poisson_m -n 999999 -pc_type hypre -pc_hypre_type boomeramg -ksp_view_solution<br>
> Any suggestions is appreciated.<br>
> <br>
> Thanks.<br>
> Sincerely,<br>
> Huq<br>
> <br>
> <br>
> -- <br>
> <br>
> Fazlul Huq<br>
> Graduate Research Assistant<br>
> Department of Nuclear, Plasma & Radiological Engineering (NPRE)<br>
> University of Illinois at Urbana-Champaign (UIUC)<br>
> E-mail: <a href="mailto:huq2090@gmail.com" target="_blank">huq2090@gmail.com</a><br>
> <poisson_m.c><br>
<br>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="m_-7637113370985226214m_-6825698610655248484gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><br><div><font face="comic sans ms, sans-serif">Fazlul Huq</font></div><div><font face="comic sans ms, sans-serif">Graduate Research Assistant</font></div><div><font face="comic sans ms, sans-serif">Department of Nuclear, Plasma & Radiological Engineering (NPRE)</font></div><div><font face="comic sans ms, sans-serif">University of Illinois at Urbana-Champaign (UIUC)</font></div><div><font face="comic sans ms, sans-serif">E-mail: <a href="mailto:huq2090@gmail.com" target="_blank">huq2090@gmail.com</a></font></div></div></div></div></div></div></div>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="m_-7637113370985226214gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><br><div><font face="comic sans ms, sans-serif">Fazlul Huq</font></div><div><font face="comic sans ms, sans-serif">Graduate Research Assistant</font></div><div><font face="comic sans ms, sans-serif">Department of Nuclear, Plasma & Radiological Engineering (NPRE)</font></div><div><font face="comic sans ms, sans-serif">University of Illinois at Urbana-Champaign (UIUC)</font></div><div><font face="comic sans ms, sans-serif">E-mail: <a href="mailto:huq2090@gmail.com" target="_blank">huq2090@gmail.com</a></font></div></div></div></div></div></div></div>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><br><div><font face="comic sans ms, sans-serif">Fazlul Huq</font></div><div><font face="comic sans ms, sans-serif">Graduate Research Assistant</font></div><div><font face="comic sans ms, sans-serif">Department of Nuclear, Plasma & Radiological Engineering (NPRE)</font></div><div><font face="comic sans ms, sans-serif">University of Illinois at Urbana-Champaign (UIUC)</font></div><div><font face="comic sans ms, sans-serif">E-mail: <a href="mailto:huq2090@gmail.com" target="_blank">huq2090@gmail.com</a></font></div></div></div></div></div></div></div>