<div dir="auto">If you say your program is parallel by just looking at the output from the top command, you are probably linking against a multithreaded blas library</div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">Il giorno Gio 15 Nov 2018, 20:09 Matthew Knepley via petsc-users <<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov">petsc-users@mcs.anl.gov</a>> ha scritto:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Thu, Nov 15, 2018 at 11:59 AM Ivan Voznyuk <<a href="mailto:ivan.voznyuk.work@gmail.com" target="_blank" rel="noreferrer">ivan.voznyuk.work@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><span class="m_1400684703581952285m_-4222405733861688740gmail-im">Hi Matthew,</span></div><div><span class="m_1400684703581952285m_-4222405733861688740gmail-im"><br></span></div><div><span class="m_1400684703581952285m_-4222405733861688740gmail-im">Does it mean that by using just command python3 simple_code.py (without mpiexec) you <u>cannot</u> obtain a parallel execution? <br></span></div></div></blockquote><div><br></div><div>As I wrote before, its not impossible. You could be directly calling PMI, but I do not think you are doing that.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><span class="m_1400684703581952285m_-4222405733861688740gmail-im">It s been 5 days we are trying to understand with my colleague how he managed to do so.</span></div><div><span class="m_1400684703581952285m_-4222405733861688740gmail-im">It means that by using simply python3 simple_code.py he gets 8 processors workiing.</span></div><div><span class="m_1400684703581952285m_-4222405733861688740gmail-im">By the way, we wrote in his code few lines:</span></div><div><span class="m_1400684703581952285m_-4222405733861688740gmail-im">rank = PETSc.COMM_WORLD.Get_rank()<br>size = PETSc.COMM_WORLD.Get_size() <br></span></div><div><span class="m_1400684703581952285m_-4222405733861688740gmail-im">and we got rank = 0, size = 1</span></div></div></blockquote><div><br></div><div>This is MPI telling you that you are only running on 1 processes.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><span class="m_1400684703581952285m_-4222405733861688740gmail-im">However, we compilator arrives to KSP.solve(), somehow it turns on 8 processors.</span></div></div></blockquote><div><br></div><div>Why do you think its running on 8 processes?</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><span class="m_1400684703581952285m_-4222405733861688740gmail-im">This problem is solved on his PC in 5-8 sec (in parallel, using <u>python3 simple_code.py</u>), on mine it takes 70-90 secs (in sequantial, but with the same command <u><span class="m_1400684703581952285m_-4222405733861688740gmail-im">python3 simple_code.py</span></u>)</span></div></div></blockquote><div><br></div><div>I think its much more likely that there are differences in the solver (use -ksp_view to see exactly what solver was used), then</div><div>to think it is parallelism. Moreover, you would never ever ever see that much speedup on a laptop since all these computations</div><div>are bandwidth limited.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><span class="m_1400684703581952285m_-4222405733861688740gmail-im">So, conclusion is that on his computer this code works in the same way as scipy: all the code is executed in sequantial mode, but when it comes to solution of system of linear equations, it runs on all available processors. All this with just running python3 my_code.py (without any mpi-smth)<br></span></div><div><span class="m_1400684703581952285m_-4222405733861688740gmail-im"><br></span></div><div><span class="m_1400684703581952285m_-4222405733861688740gmail-im">Is it an exception / abnormal behavior? I mean, is it something irregular that you, developers, have never seen?</span></div><div><span class="m_1400684703581952285m_-4222405733861688740gmail-im"><br></span></div><div><span class="m_1400684703581952285m_-4222405733861688740gmail-im">Thanks and have a good evening!</span></div><div><span class="m_1400684703581952285m_-4222405733861688740gmail-im">Ivan</span></div><div><span class="m_1400684703581952285m_-4222405733861688740gmail-im"><br></span></div><div><span class="m_1400684703581952285m_-4222405733861688740gmail-im">P.S. I don't think I know the answer regarding Scipy...<br></span></div><div><span class="m_1400684703581952285m_-4222405733861688740gmail-im"><br></span></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Thu, Nov 15, 2018 at 2:39 PM Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank" rel="noreferrer">knepley@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Thu, Nov 15, 2018 at 8:07 AM Ivan Voznyuk <<a href="mailto:ivan.voznyuk.work@gmail.com" target="_blank" rel="noreferrer">ivan.voznyuk.work@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Hi Matthew,</div><div>Thanks for your reply!</div><div><br></div><div>Let me precise what I mean by defining few questions:</div><div><br></div><div>1. In order to obtain a parallel execution of simple_code.py, do I need to go with mpiexec python3 simple_code.py, or I can just launch python3 simple_code.py?</div></div></blockquote><div><br></div><div>mpiexec -n 2 python3 simple_code.py</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>2. This simple_code.py consists of 2 parts: a) preparation of matrix b) solving the system of linear equations with PETSc. If I launch mpirun (or mpiexec) -np 8 python3 simple_code.py, I suppose that I will basically obtain 8 matrices and 8 systems to solve. However, I need to prepare only one matrix, but launch this code in parallel on 8 processors.</div></div></blockquote><div><br></div><div>When you create the Mat object, you give it a communicator (here PETSC_COMM_WORLD). That allows us to distribute the data. This is all covered extensively in the manual and the online tutorials, as well as the example code.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>In fact, here attached you will find a similar code (scipy_code.py) with only one difference: the system of linear equations is solved with scipy. So when I solve it, I can clearly see that the solution is obtained in a parallel way. However, I do not use the command mpirun (or mpiexec). I just go with python3 scipy_code.py.</div></div></blockquote><div><br></div><div>Why do you think its running in parallel?</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>In this case, the first part (creation of the sparse matrix) is not parallel, whereas the solution of system is found in a parallel way.</div><div>So my question is, Do you think that it s possible to have the same behavior with PETSC? And what do I need for this?<br></div><div><br></div><div>I am asking this because for my colleague it worked! It means that he launches the simple_code.py on his computer using the command python3 simple_code.py (and not mpi-smth python3 simple_code.py) and he obtains a parallel execution of the same code.<br></div><div><br></div><div>Thanks for your help!</div><div>Ivan<br></div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Thu, Nov 15, 2018 at 11:54 AM Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank" rel="noreferrer">knepley@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Thu, Nov 15, 2018 at 4:53 AM Ivan Voznyuk via petsc-users <<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank" rel="noreferrer">petsc-users@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><p>Dear PETSC community,</p>
<p>I have a question regarding the parallel execution of petsc4py.</p>
<p>I have a simple code (here attached simple_code.py) which solves a 
system of linear equations Ax=b using petsc4py. To execute it, I use the
 command python3 simple_code.py which yields a sequential performance. 
With a colleague of my, we launched this code on his computer, and this 
time the execution was in parallel. Although, he used the same command 
python3 simple_code.py (without mpirun, neither mpiexec).</p>
<p></p></div></blockquote><div>I am not sure what you mean. To run MPI programs in parallel, you need a launcher like mpiexec or mpirun. There are Python programs (like nemesis) that use the launcher API directly (called PMI), but that is not part of petsc4py.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><p>My configuration: Ubuntu x86_64 Ubuntu 16.04, Intel Core i7, PETSc 3.10.2, PETSC_ARCH=arch-linux2-c-debug, petsc4py 3.10.0 in virtualenv <br>
</p>
<p>In order to parallelize it, I have already tried:<br>
- use 2 different PCs<br>
- use Ubuntu 16.04, 18.04<br>
- use different architectures (arch-linux2-c-debug, linux-gnu-c-debug, etc)<br>
- ofc use different configurations (my present config can be found in make.log that I attached here)<br>
- mpi from mpich, openmpi</p>
<p>Nothing worked.</p>
<p>Do you have any ideas?</p>

<p>Thanks and have a good day,<br>
Ivan</p>
<br>-- <br><div dir="ltr" class="m_1400684703581952285m_-4222405733861688740m_-7563762080626270029m_1851220933935391964m_9043555073033899979m_4831720893541188530gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">Ivan VOZNYUK<div>PhD in Computational Electromagnetics</div></div></div></div></div></div>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="m_1400684703581952285m_-4222405733861688740m_-7563762080626270029m_1851220933935391964m_9043555073033899979gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank" rel="noreferrer">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>
</blockquote></div><br clear="all"><br>-- <br><div dir="ltr" class="m_1400684703581952285m_-4222405733861688740m_-7563762080626270029m_1851220933935391964gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">Ivan VOZNYUK<div>PhD in Computational Electromagnetics</div><div>+33 (0)6.95.87.04.55</div><div><a href="https://ivanvoznyukwork.wixsite.com/webpage" target="_blank" rel="noreferrer">My webpage</a><br></div><div><a href="http://linkedin.com/in/ivan-voznyuk-b869b8106" target="_blank" rel="noreferrer">My LinkedIn</a></div></div></div></div></div>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="m_1400684703581952285m_-4222405733861688740m_-7563762080626270029gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank" rel="noreferrer">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>
</blockquote></div><br clear="all"><br>-- <br><div dir="ltr" class="m_1400684703581952285m_-4222405733861688740gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">Ivan VOZNYUK<div>PhD in Computational Electromagnetics</div><div>+33 (0)6.95.87.04.55</div><div><a href="https://ivanvoznyukwork.wixsite.com/webpage" target="_blank" rel="noreferrer">My webpage</a><br></div><div><a href="http://linkedin.com/in/ivan-voznyuk-b869b8106" target="_blank" rel="noreferrer">My LinkedIn</a></div></div></div></div></div>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="m_1400684703581952285gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank" rel="noreferrer">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>
</blockquote></div>