<div>Thank Satish. I would like to call Matlab function in Pestc. For example, calculating the condition number of a petsc matrix.</div><div><br></div><div>When I comment out the test from configuration script, I got the following problem. And the attached is the LOG file.</div><div><div>===============================================================================</div><div>             Configuring PETSc to compile on your system</div><div>===============================================================================</div><div>TESTING: configureLibrary from config.packages.Matlab(config/BuildSystem/config/packages/Matlab.py:35)          *******************************************************************************</div><div>        CONFIGURATION CRASH  (Please send configure.log to petsc-maint@mcs.anl.gov)</div><div>*******************************************************************************</div></div><div><div><br></div><div><br></div><div style="font-size: 12px;font-family: Arial Narrow;padding:2px 0 2px 0;">------------------ Original ------------------</div><div style="font-size: 12px;background:#efefef;padding:8px;"><div><b>From: </b> "Balay, Satish";<balay@mcs.anl.gov>;</div><div><b>Date: </b> Oct 26, 2018</div><div><b>To: </b> "avatar"<648934229@qq.com>; <wbr></div><div><b>Cc: </b> "petsc-users"<petsc-users@mcs.anl.gov>; <wbr></div><div><b>Subject: </b> Re: [petsc-users] "Could not find a suitable archiver. Use --with-arto specify an archiver"</div></div><div><br></div>Presumably the error occurs after you type 'exit' from the terminal.<br><br>I'm not sure what to suggest. Having tools that break - is not ideal.<br><br>You could edit configure script - and bypass this check.<br><br>But what is your requirement wrt petsc and matlab?<br><br>Perhaps other petsc developers can guide you towards a suitable path.<br><br>Satish<br><br>On Fri, 26 Oct 2018, avatar wrote:<br><br>> Satish,<br>> <br>> <br>> If I just run, /Applications/MATLAB_R2018a.app/bin/matlab -nojvm -nodisplay, then Matlab can run normally in the terminal as<br>> Scott-Grad-MBP:~ zhihui$ /Applications/MATLAB_R2018a.app/bin/matlab -nojvm -nodisplay<br>> <br>> <br>>                                                  < M A T L A B (R) ><br>>                                        Copyright 1984-2018 The MathWorks, Inc.<br>>                                         R2018a (9.4.0.813654) 64-bit (maci64)<br>>                                                   February 23, 2018<br>> <br>> <br>> <br>> <br>> For online documentation, see http://www.mathworks.com/support<br>> For product information, visit www.mathworks.com.<br>> <br>> <br>> >><br>> <br>> <br>> <br>> <br>> <br>> <br>> <br>> <br>> <br>> ------------------ Original ------------------<br>> From:  "Balay, Satish";<balay@mcs.anl.gov>;<br>> Date:  Oct 26, 2018<br>> To:  "avatar"<648934229@qq.com>; <br>> Cc:  "petsc-users"<petsc-users@mcs.anl.gov>; <br>> Subject:  Re: [petsc-users] "Could not find a suitable archiver. Use --with-arto specify an archiver"<br>> <br>> <br>> <br>> >>>>>>>>>>>>>><br>> Testing Matlab at /Applications/MATLAB_R2018a.app<br>> Executing: /Applications/MATLAB_R2018a.app/bin/matlab -nojvm -nodisplay -r "display(['Version ' version]); exit"<br>> stdout:<br>> < M A T L A B (R) ><br>>                   Copyright 1984-2018 The MathWorks, Inc.<br>>                    R2018a (9.4.0.813654) 64-bit (maci64)<br>>                              February 23, 2018<br>> <br>> For online documentation, see http://www.mathworks.com/support<br>> For product information, visit www.mathworks.com.<br>> <br>> Version 9.4.0.813654 (R2018a)<br>> WARNING: Found Matlab at /Applications/MATLAB_R2018a.app but unable to run<br>> <<<<<<<<<<<<<<<<<<br>> <br>> <br>> So configure attempted to run Matlab - and perhaps got an error. What do you get if you run this manually?<br>> <br>> <br>> /Applications/MATLAB_R2018a.app/bin/matlab -nojvm -nodisplay -r "display(['Version ' version]); exit"<br>> echo $?<br>> <br>> Satish<br>> <br>> On Fri, 26 Oct 2018, avatar wrote:<br>> <br>> > Hi Satish, <br>> > <br>> > <br>> > The attached is the whole configure.log file. I could not past it here because it is too big and crash my webpage. I could not use the latest version right now, because the project is maintained by other people. If I update petsc, I will break the whole project. But we will use the latest version when the maintenance guys update the dependences.<br>> > <br>> > <br>> > Thank you.<br>> > <br>> > <br>> > <br>> > <br>> > ------------------ Original ------------------<br>> > From:  "Balay, Satish";<balay@mcs.anl.gov>;<br>> > Date:  Oct 26, 2018<br>> > To:  "avatar"<648934229@qq.com>; <br>> > Cc:  "petsc-users"<petsc-users@mcs.anl.gov>; <br>> > Subject:  Re: [petsc-users] "Could not find a suitable archiver. Use --with-arto specify an archiver"<br>> > <br>> > <br>> > <br>> > 1. You need to send us the complete log.<br>> > <br>> > 2. Also use current release - petsc-3.10 [not 3.8]<br>> > <br>> > Satish<br>> > <br>> > On Fri, 26 Oct 2018, avatar wrote:<br>> > <br>> > > Scott-Grad-MBP:petsc-3.8.3 zhihui$ ./configure --with-matlab-dir=/Applications/MATLAB_R2018a.app/<br>> > > ===============================================================================<br>> > >              Configuring PETSc to compile on your system<br>> > > ===============================================================================<br>> > > TESTING: configureLibrary from config.packages.Matlab(config/BuildSystem/config/*******************************************************************************<br>> > >          UNABLE to CONFIGURE with GIVEN OPTIONS    (see configure.log for details):<br>> > > -------------------------------------------------------------------------------<br>> > > You set a value for --with-matlab-dir, but /Applications/MATLAB_R2018a.app cannot be used<br>> > > *******************************************************************************<br>> > > <br>> > > <br>> > > <br>> > > Part of the log file as follow<br>> > > <br>> > > <br>> > > #ifndef PETSC_HAVE_MPI_REDUCE_SCATTER<br>> > > #define PETSC_HAVE_MPI_REDUCE_SCATTER 1<br>> > > #endif<br>> > > <br>> > > <br>> > > #ifndef PETSC_HAVE_MPI_COMBINER_DUP<br>> > > #define PETSC_HAVE_MPI_COMBINER_DUP 1<br>> > > #endif<br>> > > <br>> > > <br>> > > #ifndef PETSC_HAVE_MPIIO<br>> > > #define PETSC_HAVE_MPIIO 1<br>> > > #endif<br>> > > <br>> > > <br>> > > #ifndef PETSC_HAVE_MPI_COMM_SPAWN<br>> > > #define PETSC_HAVE_MPI_COMM_SPAWN 1<br>> > > #endif<br>> > > <br>> > > <br>> > > #ifndef PETSC_HAVE_MPI_FINT<br>> > > #define PETSC_HAVE_MPI_FINT 1<br>> > > #endif<br>> > > <br>> > > <br>> > > #ifndef PETSC_HAVE_MPI_IBARRIER<br>> > > #define PETSC_HAVE_MPI_IBARRIER 1<br>> > > #endif<br>> > > <br>> > > <br>> > > #ifndef PETSC_HAVE_MPI_ALLTOALLW<br>> > > #define PETSC_HAVE_MPI_ALLTOALLW 1<br>> > > #endif<br>> > > <br>> > > <br>> > > #ifndef PETSC_HAVE_OMPI_RELEASE_VERSION<br>> > > #define PETSC_HAVE_OMPI_RELEASE_VERSION 2<br>> > > #endif<br>> > > <br>> > > <br>> > > #ifndef PETSC_HAVE_MPI_REDUCE_LOCAL<br>> > > #define PETSC_HAVE_MPI_REDUCE_LOCAL 1<br>> > > #endif<br>> > > <br>> > > <br>> > > #ifndef PETSC_HAVE_MPI_REPLACE<br>> > > #define PETSC_HAVE_MPI_REPLACE 1<br>> > > #endif<br>> > > <br>> > > <br>> > > #ifndef PETSC_HAVE_MPI_EXSCAN<br>> > > #define PETSC_HAVE_MPI_EXSCAN 1<br>> > > #endif<br>> > > <br>> > > <br>> > > #ifndef PETSC_HAVE_MPI_C_DOUBLE_COMPLEX<br>> > > #define PETSC_HAVE_MPI_C_DOUBLE_COMPLEX 1<br>> > > #endif<br>> > > <br>> > > <br>> > > #ifndef PETSC_HAVE_MPI_FINALIZED<br>> > > #define PETSC_HAVE_MPI_FINALIZED 1<br>> > > #endif<br>> > > <br>> > > <br>> > > #ifndef PETSC_USE_INFO<br>> > > #define PETSC_USE_INFO 1<br>> > > #endif<br>> > > <br>> > > <br>> > > #ifndef PETSC_Alignx<br>> > > #define PETSC_Alignx(a,b)   <br>> > > #endif<br>> > > <br>> > > <br>> > > #ifndef PETSC_USE_BACKWARD_LOOP<br>> > > #define PETSC_USE_BACKWARD_LOOP 1<br>> > > #endif<br>> > > <br>> > > <br>> > > #ifndef PETSC_USE_DEBUG<br>> > > #define PETSC_USE_DEBUG 1<br>> > > #endif<br>> > > <br>> > > <br>> > > #ifndef PETSC_USE_LOG<br>> > > #define PETSC_USE_LOG 1<br>> > > #endif<br>> > > <br>> > > <br>> > > #ifndef PETSC_IS_COLOR_VALUE_TYPE_F<br>> > > #define PETSC_IS_COLOR_VALUE_TYPE_F integer2<br>> > > #endif<br>> > > <br>> > > <br>> > > #ifndef PETSC_IS_COLOR_VALUE_TYPE<br>> > > #define PETSC_IS_COLOR_VALUE_TYPE short<br>> > > #endif<br>> > > <br>> > > <br>> > > #ifndef PETSC_USE_CTABLE<br>> > > #define PETSC_USE_CTABLE 1<br>> > > #endif<br>> > > <br>> > > <br>> > > #ifndef PETSC_MEMALIGN<br>> > > #define PETSC_MEMALIGN 16<br>> > > #endif<br>> > > <br>> > > <br>> > > #ifndef PETSC_LEVEL1_DCACHE_LINESIZE<br>> > > #define PETSC_LEVEL1_DCACHE_LINESIZE 32<br>> > > #endif<br>> > > <br>> > > <br>> > > #ifndef PETSC_LEVEL1_DCACHE_SIZE<br>> > > #define PETSC_LEVEL1_DCACHE_SIZE 32768<br>> > > #endif<br>> > > <br>> > > <br>> > > #ifndef PETSC_LEVEL1_DCACHE_ASSOC<br>> > > #define PETSC_LEVEL1_DCACHE_ASSOC 2<br>> > > #endif<br>> > > <br>> > > <br>> > > #ifndef PETSC_HAVE_CLOSURE<br>> > > #define PETSC_HAVE_CLOSURE 1<br>> > > #endif<br>> > > <br>> > > <br>> > > #ifndef PETSC__BSD_SOURCE<br>> > > #define PETSC__BSD_SOURCE 1<br>> > > #endif<br>> > > <br>> > > <br>> > > #ifndef PETSC__DEFAULT_SOURCE<br>> > > #define PETSC__DEFAULT_SOURCE 1<br>> > > #endif<br>> > > <br>> > > <br>> > > #ifndef PETSC_HAVE_FORTRAN_GET_COMMAND_ARGUMENT<br>> > > #define PETSC_HAVE_FORTRAN_GET_COMMAND_ARGUMENT 1<br>> > > #endif<br>> > > <br>> > > <br>> > > #ifndef PETSC_HAVE_GFORTRAN_IARGC<br>> > > #define PETSC_HAVE_GFORTRAN_IARGC 1<br>> > > #endif<br>> > > <br>> > > <br>> > > #ifndef PETSC_USE_BYTES_FOR_SIZE<br>> > > #define PETSC_USE_BYTES_FOR_SIZE 1<br>> > > #endif<br>> > > <br>> > > <br>> > > #ifndef PETSC_HAVE_SYS_SYSCTL_H<br>> > > #define PETSC_HAVE_SYS_SYSCTL_H 1<br>> > > #endif<br>> > > <br>> > > <br>> > > #endif<br>> > > **** C specific Configure header /var/folders/z_/2vhmh9zx3kx3h80k5wbkjmtr0000gp/T/petsc-yrHkm7/conffix.h ****<br>> > > #if !defined(INCLUDED_UNKNOWN)<br>> > > #define INCLUDED_UNKNOWN<br>> > > <br>> > > <br>> > > #if defined(__cplusplus)<br>> > > extern "C" {<br>> > > }<br>> > > #else<br>> > > #endif<br>> > > #endif<br>> > > *******************************************************************************<br>> > >          UNABLE to CONFIGURE with GIVEN OPTIONS    (see configure.log for details):<br>> > > -------------------------------------------------------------------------------<br>> > > You set a value for --with-matlab-dir, but /Applications/MATLAB_R2018a.app cannot be used<br>> > > *******************************************************************************<br>> > >   File "./config/configure.py", line 393, in petsc_configure<br>> > >     framework.configure(out = sys.stdout)<br>> > >   File "/Users/zhihui/igx/deps/srcs/petsc-3.8.3/config/BuildSystem/config/framework.py", line 1097, in configure<br>> > >     self.processChildren()<br>> > >   File "/Users/zhihui/igx/deps/srcs/petsc-3.8.3/config/BuildSystem/config/framework.py", line 1086, in processChildren<br>> > >     self.serialEvaluation(self.childGraph)<br>> > >   File "/Users/zhihui/igx/deps/srcs/petsc-3.8.3/config/BuildSystem/config/framework.py", line 1067, in serialEvaluation<br>> > >     child.configure()<br>> > >   File "/Users/zhihui/igx/deps/srcs/petsc-3.8.3/config/BuildSystem/config/package.py", line 857, in configure<br>> > >     self.executeTest(self.configureLibrary)<br>> > >   File "/Users/zhihui/igx/deps/srcs/petsc-3.8.3/config/BuildSystem/config/base.py", line 126, in executeTest<br>> > >     ret = test(*args,**kargs)<br>> > >   File "/Users/zhihui/igx/deps/srcs/petsc-3.8.3/config/BuildSystem/config/packages/Matlab.py", line 40, in configureLibrary<br>> > >     for matlab in self.generateGuesses():<br>> > >   File "/Users/zhihui/igx/deps/srcs/petsc-3.8.3/config/BuildSystem/config/packages/Matlab.py", line 23, in generateGuesses<br>> > >     raise RuntimeError('You set a value for --with-matlab-dir, but '+self.argDB['with-matlab-dir']+' cannot be used\n')<br>> > > ================================================================================<br>> > > Finishing Configure Run at Thu Oct 25 18:48:02 2018<br>> > > ================================================================================<br>> > > <br>> > > <br>> > > <br>> > > <br>> > > <br>> > > <br>> > > <br>> > > ------------------ Original ------------------<br>> > > From:  "Balay, Satish";<balay@mcs.anl.gov>;<br>> > > Date:  Oct 26, 2018<br>> > > To:  "avatar"<648934229@qq.com>; <br>> > > Cc:  "petsc-users"<petsc-users@mcs.anl.gov>; <br>> > > Subject:  Re: [petsc-users] "Could not find a suitable archiver. Use --with-arto specify an archiver"<br>> > > <br>> > > <br>> > > <br>> > > On Fri, 26 Oct 2018, avatar wrote:<br>> > > <br>> > > > Scott-Grad-MBP:bin zhihui$ pwd<br>> > > > /Applications/MATLAB_R2018a.app/bin<br>> > > <br>> > > <br>> > > Sorry - you need<br>> > > <br>> > > --with-matlab-dir=/Applications/MATLAB_R2018a.app/<br>> > > <br>> > > Satish<br></div>