<div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Wed, Oct 10, 2018 at 3:38 AM Ale Foggia <<a href="mailto:amfoggia@gmail.com">amfoggia@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Jed, Jose and Matthew, <br></div><div>I've finally managed to make 
massif (it gives pretty detailed information, I like it) work in the correct way in the cluster and I'm able to track down
 the memory consumption, and what's more important (for me), I think now
 I'm able to make a more accurate prediction of the memory I need for a 
particular size of the problem. Thank you very much for all your 
answers and suggestions.</div></div></blockquote><div><br></div><div>Great! Could you tell me in one line what was taking up memory? It always good to hear about real applications.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>    Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">El vie., 5 oct. 2018 a las 9:38, Jose E. Roman (<<a href="mailto:jroman@dsic.upv.es" target="_blank">jroman@dsic.upv.es</a>>) escribió:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><br>
<br>
> El 4 oct 2018, a las 19:54, Ale Foggia <<a href="mailto:amfoggia@gmail.com" target="_blank">amfoggia@gmail.com</a>> escribió:<br>
> <br>
> Jose: <br>
> - By each step I mean each of the step of the the program in order to diagonalize the matrix. For me, those are: creation of basis, preallocation of matrix, setting values of matrix, initializing solver, solving/diagonalizing and cleaning. I'm only diagonalizing once. <br>
> <br>
> - Regarding the information provided by -log_view, it's confusing for me: for example, it reports the creation of Vecs scattered across the various stages that I've set up (with PetscLogStageRegister and PetscLogStagePush/Pop), but almost all the deletions are presented in the "Main Stage". What does that "Main Stage" consider? Why are more deletions in there that creations? It's nor completely for me clear how things are presented there.<br>
<br>
I guess deletions should match creations. Seems to be related to using stages. Maybe someone from PETSc can give an explanation, but looking at a PETSc example that uses stages (e.g. dm/impls/plex/examples/tests/ex1.c) it seems that some destructions are counted in the main stage while the creation is counted in another stage - I guess it depends on the points where the stages are defined. The sum of creations matches the sum of destroys.<br>
<br>
> <br>
> - Thanks for the suggestion about the solver. Does "faster convergence" for Krylov-Schur mean less memory and less computation, or just less computation? <br>
> <br>
<br>
It should be about the same memory with less iterations.<br>
<br>
Jose<br>
<br>
</blockquote></div>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>