<div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Fri, Sep 28, 2018 at 9:57 PM Josh L <<a href="mailto:ysjosh.lo@gmail.com">ysjosh.lo@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>I am implementing DMPlex to handle my mesh in parallel, but I am getting segmentation fault during DMPlexDistribute. </div><div>i am testing with 2 processors on a toy mesh that only has 4 quad elements.</div><div><br></div><div>the code is as following</div><div>      CALL DMPlexCreateFromCellList</div><div>      Check mesh topology. Face, skeleton symmetry</div><div>     CALL  DMPlexDistribute (dmserial,0,PETSC_NULL_SF,dmmpi,ierr) .  (segmentation fault on rank #1  here)</div></div></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>Crud, I was missing a check that the overlap is different on different procs. This is now fixed.</div><div><br></div><div>Second it might be that your Fortran ints are not the same as PetscInt. Try declaring it</div><div><br></div><div>  PetscInt overlap = 0</div><div><br></div><div>and then passing 'overlap' instead.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>I trace it back to the external library "Chaco" called by PETSc to partition the mesh.</div><div><br></div><div>The following is the stack </div><div><br></div><div><font color="#0000ff">For rank #1</font></div><div><br></div><div><div>#10 main () at /work/03691/yslo/stampede2/linear/rewrite/src/main.F90:18 (at 0x000000000040569d)</div><div>#9 createmesh (rank=1, nsize=2, dmmpi=...) at /work/03691/yslo/stampede2/linear/rewrite/src/createmesh.F90:107 (at 0x000000000040523b)</div><div>#8 dmplexdistribute_ (dm=0x320, overlap=0x1, sf=0x7fffffff4480, dmParallel=0x2aaab78a585d, ierr=0x1) at /home1/apps/intel17/impi17_0/petsc/3.9/src/dm/impls/plex/ftn-custom/zplexdistribute.c:15 (at 0x00002aaaac08334e)</div><div>#7 DMPlexDistribute (dm=0x320, <font color="#00ff00">overlap=1</font>, sf=0x7fffffff4480, dmParallel=0x2aaab78a585d) at /home1/apps/intel17/impi17_0/petsc/3.9/src/dm/impls/plex/plexdistribute.c:1664 (at 0x00002aaaabd12d08)</div><div>#6 PetscPartitionerPartition (part=0x320, dm=0x1, partSection=0x7fffffff4480, partition=0x2aaab78a585d) at /home1/apps/intel17/impi17_0/petsc/3.9/src/dm/impls/plex/plexpartition.c:675 (at 0x00002aaaabcfe92c)</div><div>#5 PetscPartitionerPartition_Chaco (part=0x320, dm=0x1, nparts=-48000, numVertices=-1215670179, start=0x1, adjacency=0x22, partSection=0x0, partition=0x772120) at /home1/apps/intel17/impi17_0/petsc/3.9/src/dm/impls/plex/plexpartition.c:1279 (at 0x00002aaaabd03dfd)</div><div>#4 interface.Z (nvtxs=800, start=0x1, adjacency=0x7fffffff4480, vwgts=0x2aaab78a585d, ewgts=0x1, x=0x22, y=0x0, z=0x0, outassignname=0x0, outfilename=0x0, assignment=0x76ff90, architecture=1, ndims_tot=0, mesh_dims=0x7fffffff7038, goal=0x0, global_method=1, local_method=1, rqi_flag=0, vmax=200, ndims=1, eigtol=2.1137067449068142e-314, seed=123636512) at /tmp/petsc-build/externalpackages/skylake/skylake/Chaco-2.2-p2/code/main/interface.c:206 (at 0x00002aaaad7aaf70)</div><div>#3 submain.Z (graph=0x320, nvtxs=1, nedges=-48000, using_vwgts=-1215670179, using_ewgts=1, igeom=34, coords=0x0, outassignname=0x0, outfilename=0x0, assignment=0x76ff8e, goal=0x7739a0, architecture=1, ndims_tot=0, mesh_dims=0x7fffffff7038, global_method=1, local_method=1, rqi_flag=0, vmax=200, ndims=1, eigtol=2.1137067449068142e-314, seed=123636512) at /tmp/petsc-build/externalpackages/skylake/skylake/Chaco-2.2-p2/code/submain/submain.c:151 (at 0x00002aaaad7ae52e)</div><div>#2 check_input.Z (graph=0x320, nvtxs=1, nedges=-48000, igeom=-1215670179, coords=0x1, graphname=0x22 <<font color="#00ff00">error: Cannot access memory at address 0x22</font>>, assignment=0x76ff8e, goal=0x7739a0, architecture=1, ndims_tot=0, mesh_dims=0x7fffffff7038, global_method=1, local_method=1, rqi_flag=0, vmax=0x7fffffff47a8, ndims=1, eigtol=2.1137067449068142e-314) at /tmp/petsc-build/externalpackages/skylake/skylake/Chaco-2.2-p2/code/input/check_input.c:56 (at 0x00002aaaad7c6ed1)</div><div>#1 check_graph (graph=0x320, nvtxs=1, nedges=-48000) at /tmp/petsc-build/externalpackages/skylake/skylake/Chaco-2.2-p2/code/graph/check_graph.c:90 (at 0x00002aaaad8204d3)</div><div>#0 is_an_edge (vertex=0x320, v2=1, weight2=0x7fffffff4480) at /tmp/petsc-build/externalpackages/skylake/skylake/Chaco-2.2-p2/code/graph/check_graph.c:134 (at 0x00002aaaad8206d3)</div></div><div><br></div><div><font color="#0000ff">For rank #0</font></div><div><br></div><div><div>#18 main () at /work/03691/yslo/stampede2/linear/rewrite/src/main.F90:18 (at 0x000000000040569d)</div><div>#17 createmesh (rank=0, nsize=2, dmmpi=...) at /work/03691/yslo/stampede2/linear/rewrite/src/createmesh.F90:107 (at 0x000000000040523b)</div><div>#16 dmplexdistribute_ (dm=0x65f300, overlap=0x0, sf=0x2aaab4c8698c, dmParallel=0xffffffffffffffff, ierr=0x0) at /home1/apps/intel17/impi17_0/petsc/3.9/src/dm/impls/plex/ftn-custom/zplexdistribute.c:15 (at 0x00002aaaac08334e)</div><div>#15 DMPlexDistribute (dm=0x65f300, <font color="#00ff00">overlap=0</font>, sf=0x2aaab4c8698c, dmParallel=0xffffffffffffffff) at /home1/apps/intel17/impi17_0/petsc/3.9/src/dm/impls/plex/plexdistribute.c:1664 (at 0x00002aaaabd12d08)</div><div>#14 PetscPartitionerPartition (part=0x65f300, dm=0x0, partSection=0x2aaab4c8698c, partition=0xffffffffffffffff) at /home1/apps/intel17/impi17_0/petsc/3.9/src/dm/impls/plex/plexpartition.c:675 (at 0x00002aaaabcfe92c)</div><div>#13 PetscPartitionerPartition_Chaco (part=0x65f300, dm=0x0, nparts=-1261934196, numVertices=-1, start=0x0, adjacency=0x0, partSection=0x7726c0, partition=0x7fffffff71a8) at /home1/apps/intel17/impi17_0/petsc/3.9/src/dm/impls/plex/plexpartition.c:1314 (at 0x00002aaaabd04029)</div><div>#12 ISCreateGeneral (comm=6681344, n=0, idx=0x2aaab4c8698c, mode=(PETSC_OWN_POINTER | PETSC_USE_POINTER | unknown: 4294967292), is=0x0) at /home1/apps/intel17/impi17_0/petsc/3.9/src/vec/is/is/impls/general/general.c:671 (at 0x00002aaaab0ea94e)</div><div>#11 ISGeneralSetIndices (is=0x65f300, n=0, idx=0x2aaab4c8698c, mode=(PETSC_OWN_POINTER | PETSC_USE_POINTER | unknown: 4294967292)) at /home1/apps/intel17/impi17_0/petsc/3.9/src/vec/is/is/impls/general/general.c:698 (at 0x00002aaaab0eaa77)</div><div>#10 ISGeneralSetIndices_General.Z (is=0x65f300, n=0, idx=0x2aaab4c8698c, mode=(PETSC_OWN_POINTER | PETSC_USE_POINTER | unknown: 4294967292)) at /home1/apps/intel17/impi17_0/petsc/3.9/src/vec/is/is/impls/general/general.c:712 (at 0x00002aaaab0ef567)</div><div>#9 PetscLayoutSetUp (map=0x65f300) at /home1/apps/intel17/impi17_0/petsc/3.9/src/vec/is/utils/pmap.c:137 (at 0x00002aaaab0c6d52)</div><div>#8 PetscSplitOwnership (comm=6681344, n=0x0, N=0x2aaab4c8698c) at /home1/apps/intel17/impi17_0/petsc/3.9/src/sys/utils/psplit.c:80 (at 0x00002aaaaaeb7b00)</div><div>#7 PMPI_Allreduce (sendbuf=0x65f300, recvbuf=0x0, count=-1261934196, datatype=-1, op=0, comm=0) at /tmp/mpi.xtmpdir.7b663e0dc22b2304e487307e376dc132.14974_32e/mpi.32e.ww14.20170405/dev/x86_64/release_mt/../../src/mpi/coll/allreduce.c:1395 (at 0x00002aaab40966e6)</div><div>#6 MPIR_Allreduce_intra (sendbuf=0x65f300, recvbuf=0x0, count=-1261934196, datatype=-1, op=0, comm_ptr=0x0, errflag=0x7fffffff4798) at /tmp/mpi.xtmpdir.7b663e0dc22b2304e487307e376dc132.14974_32e/mpi.32e.ww14.20170405/dev/x86_64/release_mt/../../src/mpi/coll/allreduce.c:339 (at 0x00002aaab409307b)</div><div>#5 MPIR_Allreduce_shm_generic (sendbuf=<optimized out>, recvbuf=<optimized out>, count=<optimized out>, datatype=<optimized out>, op=<optimized out>, comm_ptr=<optimized out>, errflag=<optimized out>, kind=1476395011) at /tmp/mpi.xtmpdir.7b663e0dc22b2304e487307e376dc132.14974_32e/mpi.32e.ww14.20170405/dev/x86_64/release_mt/../../src/mpi/coll/allreduce.c:1137 (at 0x00002aaab409307b)</div><div>#4 I_MPI_COLL_SHM_KNARY_REDUCE (node_comm_ptr=<optimized out>, root=<optimized out>, localbuf=<optimized out>, sendbuf=<optimized out>, recvbuf=<optimized out>, count=<optimized out>, datatype=<optimized out>, op=<optimized out>, errflag=<optimized out>, knomial_factor=<optimized out>) at /tmp/mpi.xtmpdir.7b663e0dc22b2304e487307e376dc132.14974_32e/mpi.32e.ww14.20170405/dev/x86_64/release_mt/../../src/I_MPI/include/shm_coll_templating.h:1090 (at 0x00002aaab409307b)</div><div>#3 I_MPI_COLL_SHM_GENERIC_GATHER_REDUCE..1 (node_comm_ptr=0x65f300, root=0, is_reduce=-1261934196, localbuf=0xffffffffffffffff, sendbuf=0x0, recvbuf=0x0, count=1, datatype=1275069445, op=1476395011, errflag=0x7fffffff4798, knomial_factor=4, algo_type=2) at /tmp/mpi.xtmpdir.7b663e0dc22b2304e487307e376dc132.14974_32e/mpi.32e.ww14.20170405/dev/x86_64/release_mt/../../src/I_MPI/include/shm_coll_templating.h:558 (at 0x00002aaab408f3a9)</div><div>#2 I_MPI_memcpy (destination=<optimized out>, source=0x0, size=<optimized out>) at /tmp/mpi.xtmpdir.7b663e0dc22b2304e487307e376dc132.14974_32e/mpi.32e.ww14.20170405/dev/x86_64/release_mt/../../src/I_MPI/include/shm_coll_templating.h:749 (at 0x00002aaab408f3a9)</div><div>#1 PMPIDI_CH3I_Progress (progress_state=0x65f300, is_blocking=0) at /tmp/mpi.xtmpdir.7b663e0dc22b2304e487307e376dc132.14974_32e/mpi.32e.ww14.20170405/dev/x86_64/release_mt/../../src/mpid/ch3/channels/nemesis/src/ch3_progress.c:981 (at 0x00002aaab40e85a6)</div><div>#0 sched_yield () from /lib64/libc.so.6 (at 0x00002aaab7898e47)</div></div><div><br></div><div><br></div><div>Any idea why this is happening? the overlap is set to 0, but it is 1 on rank #1</div><div><br></div><div><br></div><div>Is there anyway to know the cell and vertex number distributed on each processors?</div><div>my old code partitions the mesh with Metis, and I always output cell data that shows the rank number on each cell, so I can visualize how mesh is partitioned.</div><div>It is not necessary, but is there anyway to get it in DMPlex?</div><div>DMPlexGetCellNumbering might work, but it fails the linking. In fact, many function under developer category fails the linking.</div><div><br></div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Yu-Sheng</div><div> <br></div><div><br></div><div><br></div></div></div></div></div>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>