<div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Wed, Sep 12, 2018 at 9:31 AM Phil Tooley <<a href="mailto:phil.tooley@sheffield.ac.uk">phil.tooley@sheffield.ac.uk</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">I will preface this by saying I am new to PETSc and am still trying to<br>
get my head around all of the layout mapping that is done.  That means I<br>
may well have fundamentally misunderstood something, but hopefully<br>
someone will be able to to put me right.<br>
<br>
In my application I have some 3D pixel data which I want to manipulate<br>
using finite difference methods and then transform by viewing as a 1-D<br>
vector and multiplying by a large sparse matrix operator.<br>
<br>
I would assume that the correct way to do this is by creating a DMDA to<br>
hold the image data and ghosting appropriately to apply my finite<br>
difference operations.  Then I had hoped that I could use some form of<br>
application ordering to allow viewing the data as a vector that can be<br>
multiplied with my operator matrix.  This is where I have come unstuck,<br>
I may just be missing something obivous but I can't figure out how to do<br>
this.  Can anyone point me in the correct direction please?<br></blockquote><div><br></div><div>Okay, the initial intuition is correct. You can use a DMDA to organize your pixel data.</div><div>Note that DMDA only holds metadata about the Cartesian mesh. It never holds data.</div><div>All data is held in Vec objects. So when you load data, it is loaded into a Vec. Thus</div><div>you automatically have a 1D representation.</div><div><br></div><div>It might not be the 1D representation you are looking for. In a running program, we</div><div>organize the data so it is lexicographic _per subdomain_. However, lots of users want</div><div>it organized lexicographically for the entire domain. Thus we have a convenience feature,</div><div>that when you output or input a vector, we convert to the "natural" ordering. You can also</div><div>get the natural ordering yourself using a GlobalToNatural scatter.</div><div><br></div><div>Feel free to mail with more questions.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Many Thanks<br>
<br>
-- <br>
Phil Tooley<br>
Research Software Engineering<br>
University of Sheffield<br>
<br>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>