<div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Wed, Sep 12, 2018 at 10:43 AM Phil Tooley <<a href="mailto:phil.tooley@sheffield.ac.uk">phil.tooley@sheffield.ac.uk</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Ok, So I have figured this out a bit better now, facepalm moment as I<br>
finally realised that this is exactly what the DMDA exists to do...  I<br>
need to create a vector using the DMCreate*Vector functions and can then<br>
insert values using the assembly functions. <br>
<br>
Then, if I understand correctly, in order to have the state I need to<br>
multiply with my operator I should make use of the<br>
DMDAGlobalToNaturalBegin() and End() functions to ensure the correct<br>
ordering.  Do I then need to ensure I have reverted it to global<br>
ordering before I try to apply finite difference methods again?<br></blockquote><div><br></div><div>Yep. Depending on what your operator is, you could also try to implement it in the</div><div>FD way as well.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>    Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Thanks<br>
<br>
P<br>
<br>
<br>
On 12/09/18 14:27, Phil Tooley wrote:<br>
> I will preface this by saying I am new to PETSc and am still trying to<br>
> get my head around all of the layout mapping that is done.  That means I<br>
> may well have fundamentally misunderstood something, but hopefully<br>
> someone will be able to to put me right.<br>
><br>
> In my application I have some 3D pixel data which I want to manipulate<br>
> using finite difference methods and then transform by viewing as a 1-D<br>
> vector and multiplying by a large sparse matrix operator.<br>
><br>
> I would assume that the correct way to do this is by creating a DMDA to<br>
> hold the image data and ghosting appropriately to apply my finite<br>
> difference operations.  Then I had hoped that I could use some form of<br>
> application ordering to allow viewing the data as a vector that can be<br>
> multiplied with my operator matrix.  This is where I have come unstuck,<br>
> I may just be missing something obivous but I can't figure out how to do<br>
> this.  Can anyone point me in the correct direction please?<br>
><br>
> Many Thanks<br>
><br>
<br>
-- <br>
Phil Tooley<br>
Research Software Engineering<br>
University of Sheffield<br>
<br>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div>