<div><div><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Thu, 2 Aug 2018 at 21:32, Moritz Cygorek <<a href="mailto:mcygorek@uottawa.ca" target="_blank">mcygorek@uottawa.ca</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div id="m_7080143599383414480m_7083151968027740131divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<p>Hi, <br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>I want to diagonalize a huge sparse matrix and I'm using the Kryov-Schur method with harmonic extraction (command line option -eps_harmonic ) implemented in SLEPc.
<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>I manually distribute a sparse matrix across several CPUs and everything works fine when:</p>
<p>- I do _not_ use harmonic extraction<br>
</p>
<p>- I use harmonic extraction on only a single CPU <br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>If I try do use harmonic extraction on multiple CPUs, I get a memory corruption.</p>
<p>I'm not quite sure where to look at, but somewhere in the output, I find:</p>
<p><br>
</p>
<p><br>
</p>
<p></p>
<div>[1]PETSC ERROR: PetscMallocValidate: error detected at PetscSignalHandlerDefault() line 145 in /home/applications/sources/libraries/petsc-3.9.3/src/sys/error/signal.c<br>
[1]PETSC ERROR: Memory [id=0(9072)] at address 0x145bcd0 is corrupted (probably write past end of array)<br>
[1]PETSC ERROR: Memory originally allocated in DSAllocateWork_Private() line 74 in /home/applications/sources/libraries/slepc-3.9.2/src/sys/classes/ds/interface/dspriv.c<br>
<br>
</div>
<p></p>
<p><br>
</p>
<p>Now, I have the feeling that this might be a bug in SLEPc because, if I had messed up the matrix initialization and distribution, I should also get a memory corruption when I don't use harmonic extraction, right?</p></div></div></blockquote><div dir="auto"><br></div></div></div></div><div><div><div class="gmail_quote"><div dir="auto">Not necessarily</div></div></div></div><div><div><div class="gmail_quote"><div dir="auto"><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div id="m_7080143599383414480m_7083151968027740131divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif"><p></p>
<p><br>
Any suggestions what might be going on?</p></div></div></blockquote><div dir="auto"><br></div></div></div></div><div><div><div class="gmail_quote"><div dir="auto">Run your code through valgrind and make sure that your application code is clean. See here </div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto"><div><a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind</a></div><br></div><div dir="auto">If errors are detected in your application code, fix them and see if the slepc errors go away. If your code is valgrind clean, send through the relevant chunk of the valgrind report indicating exactly where the error is occurring</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Thanks,</div><div dir="auto">  Dave</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto"><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div id="m_7080143599383414480m_7083151968027740131divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif"><p></p>
<p><br>
</p>
<p>Regards, <br>
</p>
<p>Moritz<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p><br>
</p>
<p><br>
</p>
<p><br>
</p>
<p><br>
</p>
<p><br>
</p>
</div>
</div>

</blockquote></div></div>
</div>