<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Fri, May 18, 2018 at 6:10 AM, Y. Shidi <span dir="ltr"><<a href="mailto:ys453@cam.ac.uk" target="_blank">ys453@cam.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hello Matt,<br>
<br>
Thank you for your reply.<br>
It might due to that the email is too long.<br>
Below is the subsequent iterations.<br></blockquote><div><br></div><div>1) If you are solving a PDE, GMRES+Jacobi is unlikely to be a scalable solver.</div><div>    Note that your condition number is 10^7.</div><div><br></div><div>2) Requiring a residual norm below 1e-9 might not work. Your system looks ill-conditioned,</div><div>    and that can magnify round-off errors. If you need more accuracy, you could try iterative</div><div>    refinement, which would be to use one more step of Newton's method for your linear problem,</div><div>    or equivalently, solve the same system again for a solution update with the residual as the rhs.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
In general, the iterative solver is very sensitive to the system. We<br>
recommend<br>
starting with a solver that has worked before for someone by checking<br>
the literature.<br>
</blockquote>
Ok, I will try to find it.<br>
<br>
Kind Regards,<br>
Shidi<br>
<br>
411 KSP preconditioned resid norm 9.546868463763e-10 true resid norm 7.703880356970e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217736363864e-01<br>
411 KSP Residual norm 9.546868463763e-10 % max 1.574002896609e+02 min 1.541649904298e-05 max/min 1.020985952920e+07<br>
412 KSP preconditioned resid norm 9.522037274646e-10 true resid norm 7.703756753884e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217716826181e-01<br>
412 KSP Residual norm 9.522037274646e-10 % max 1.582553544478e+02 min 1.541604620560e-05 max/min 1.026562533202e+07<br>
413 KSP preconditioned resid norm 9.497398839135e-10 true resid norm 7.703634622699e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217697521158e-01<br>
413 KSP Residual norm 9.497398839135e-10 % max 1.591104211134e+02 min 1.541559807295e-05 max/min 1.032139138297e+07<br>
414 KSP preconditioned resid norm 9.472950676296e-10 true resid norm 7.703513938163e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217678444804e-01<br>
414 KSP Residual norm 9.472950676296e-10 % max 1.599654896233e+02 min 1.541515456432e-05 max/min 1.037715768310e+07<br>
415 KSP preconditioned resid norm 9.448690349674e-10 true resid norm 7.703394674743e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217659593083e-01<br>
415 KSP Residual norm 9.448690349674e-10 % max 1.608205599436e+02 min 1.541471562375e-05 max/min 1.043292421793e+07<br>
416 KSP preconditioned resid norm 9.424615466266e-10 true resid norm 7.703276808042e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217640962139e-01<br>
416 KSP Residual norm 9.424615466266e-10 % max 1.616756320416e+02 min 1.541428116222e-05 max/min 1.048869099636e+07<br>
417 KSP preconditioned resid norm 9.400723675537e-10 true resid norm 7.703160313689e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217622548118e-01<br>
417 KSP Residual norm 9.400723675537e-10 % max 1.625307058852e+02 min 1.541385112375e-05 max/min 1.054445800601e+07<br>
418 KSP preconditioned resid norm 9.377012668452e-10 true resid norm 7.703045169141e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217604347459e-01<br>
418 KSP Residual norm 9.377012668452e-10 % max 1.633857814432e+02 min 1.541342543594e-05 max/min 1.060022524664e+07<br>
419 KSP preconditioned resid norm 9.353480176536e-10 true resid norm 7.702931350860e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217586356440e-01<br>
419 KSP Residual norm 9.353480176536e-10 % max 1.642408586848e+02 min 1.541300403949e-05 max/min 1.065599271005e+07<br>
420 KSP preconditioned resid norm 9.330123970972e-10 true resid norm 7.702818836330e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217568571502e-01<br>
420 KSP Residual norm 9.330123970972e-10 % max 1.650959375804e+02 min 1.541258686504e-05 max/min 1.071176039597e+07<br>
421 KSP preconditioned resid norm 9.306941861701e-10 true resid norm 7.702707604016e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217550989241e-01<br>
421 KSP Residual norm 9.306941861701e-10 % max 1.659510181008e+02 min 1.541217384870e-05 max/min 1.076752830132e+07<br>
422 KSP preconditioned resid norm 9.283931696573e-10 true resid norm 7.702597632846e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217533606326e-01<br>
422 KSP Residual norm 9.283931696573e-10 % max 1.668061002175e+02 min 1.541176492885e-05 max/min 1.082329642241e+07<br>
423 KSP preconditioned resid norm 9.261091360496e-10 true resid norm 7.702488900721e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217516419265e-01<br>
423 KSP Residual norm 9.261091360496e-10 % max 1.676611839026e+02 min 1.541136004679e-05 max/min 1.087906475442e+07<br>
424 KSP preconditioned resid norm 9.238418774628e-10 true resid norm 7.702381387948e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217499424945e-01<br>
424 KSP Residual norm 9.238418774628e-10 % max 1.685162691291e+02 min 1.541095914290e-05 max/min 1.093483329406e+07<br>
425 KSP preconditioned resid norm 9.215911895577e-10 true resid norm 7.702275074538e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217482620205e-01<br>
425 KSP Residual norm 9.215911895577e-10 % max 1.693713558704e+02 min 1.541056215850e-05 max/min 1.099060203829e+07<br>
426 KSP preconditioned resid norm 9.193568714629e-10 true resid norm 7.702169940327e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217466001858e-01<br>
426 KSP Residual norm 9.193568714629e-10 % max 1.702264441005e+02 min 1.541016903696e-05 max/min 1.104637098349e+07<br>
427 KSP preconditioned resid norm 9.171387256997e-10 true resid norm 7.702065966772e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217449566974e-01<br>
427 KSP Residual norm 9.171387256997e-10 % max 1.710815337941e+02 min 1.540977971745e-05 max/min 1.110214012991e+07<br>
428 KSP preconditioned resid norm 9.149365581086e-10 true resid norm 7.701963134449e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217433312483e-01<br>
428 KSP Residual norm 9.149365581086e-10 % max 1.719366249265e+02 min 1.540939414902e-05 max/min 1.115790947157e+07<br>
429 KSP preconditioned resid norm 9.127501777777e-10 true resid norm 7.701861425445e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217417235552e-01<br>
429 KSP Residual norm 9.127501777777e-10 % max 1.727917174733e+02 min 1.540901228158e-05 max/min 1.121367900263e+07<br>
430 KSP preconditioned resid norm 9.105793969736e-10 true resid norm 7.701760821750e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217401333335e-01<br>
430 KSP Residual norm 9.105793969736e-10 % max 1.736468114109e+02 min 1.540863405594e-05 max/min 1.126944872468e+07<br>
431 KSP preconditioned resid norm 9.084240310736e-10 true resid norm 7.701661305348e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217385602984e-01<br>
431 KSP Residual norm 9.084240310736e-10 % max 1.745019067161e+02 min 1.540825942103e-05 max/min 1.132521863423e+07<br>
432 KSP preconditioned resid norm 9.062838984992e-10 true resid norm 7.701562859033e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217370041779e-01<br>
432 KSP Residual norm 9.062838984992e-10 % max 1.753570033662e+02 min 1.540788832843e-05 max/min 1.138098872658e+07<br>
433 KSP preconditioned resid norm 9.041588206529e-10 true resid norm 7.701465466315e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217354647115e-01<br>
433 KSP Residual norm 9.041588206529e-10 % max 1.762121013392e+02 min 1.540752072662e-05 max/min 1.143675900009e+07<br>
434 KSP preconditioned resid norm 9.020486218545e-10 true resid norm 7.701369109927e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217339416261e-01<br>
434 KSP Residual norm 9.020486218545e-10 % max 1.770672006133e+02 min 1.540715656775e-05 max/min 1.149252945115e+07<br>
435 KSP preconditioned resid norm 8.999531292809e-10 true resid norm 7.701273774708e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217324346821e-01<br>
435 KSP Residual norm 8.999531292809e-10 % max 1.779223011674e+02 min 1.540679580267e-05 max/min 1.154830007785e+07<br>
436 KSP preconditioned resid norm 8.978721729060e-10 true resid norm 7.701179443778e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217309436126e-01<br>
436 KSP Residual norm 8.978721729060e-10 % max 1.787774029806e+02 min 1.540643838466e-05 max/min 1.160407087718e+07<br>
437 KSP preconditioned resid norm 8.958055854435e-10 true resid norm 7.701086102012e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217294681788e-01<br>
437 KSP Residual norm 8.958055854435e-10 % max 1.796325060327e+02 min 1.540608426227e-05 max/min 1.165984185044e+07<br>
438 KSP preconditioned resid norm 8.937532022898e-10 true resid norm 7.700993734290e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217280081414e-01<br>
438 KSP Residual norm 8.937532022898e-10 % max 1.804876103037e+02 min 1.540573340057e-05 max/min 1.171561298711e+07<br>
439 KSP preconditioned resid norm 8.917148614689e-10 true resid norm 7.700902325376e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217265632596e-01<br>
439 KSP Residual norm 8.917148614689e-10 % max 1.813427157743e+02 min 1.540538574951e-05 max/min 1.177138428877e+07<br>
440 KSP preconditioned resid norm 8.896904035794e-10 true resid norm 7.700811860899e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217251333064e-01<br>
440 KSP Residual norm 8.896904035794e-10 % max 1.821978224254e+02 min 1.540504126229e-05 max/min 1.182715575526e+07<br>
441 KSP preconditioned resid norm 8.876796717414e-10 true resid norm 7.700722326477e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217237180544e-01<br>
441 KSP Residual norm 8.876796717414e-10 % max 1.830529302383e+02 min 1.540469989749e-05 max/min 1.188292738297e+07<br>
442 KSP preconditioned resid norm 8.856825115457e-10 true resid norm 7.700633707629e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217223172747e-01<br>
442 KSP Residual norm 8.856825115457e-10 % max 1.839080391948e+02 min 1.540436161576e-05 max/min 1.193869916730e+07<br>
443 KSP preconditioned resid norm 8.836987710040e-10 true resid norm 7.700545991462e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217209307635e-01<br>
443 KSP Residual norm 8.836987710040e-10 % max 1.847631492771e+02 min 1.540402637418e-05 max/min 1.199447110703e+07<br>
444 KSP preconditioned resid norm 8.817283005006e-10 true resid norm 7.700459163848e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217195582974e-01<br>
444 KSP Residual norm 8.817283005006e-10 % max 1.856182604675e+02 min 1.540369412984e-05 max/min 1.205024320159e+07<br>
445 KSP preconditioned resid norm 8.797709527445e-10 true resid norm 7.700373211375e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217181996645e-01<br>
445 KSP Residual norm 8.797709527445e-10 % max 1.864733727491e+02 min 1.540336484553e-05 max/min 1.210601544657e+07<br>
446 KSP preconditioned resid norm 8.778265827233e-10 true resid norm 7.700288121255e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217168546627e-01<br>
446 KSP Residual norm 8.778265827233e-10 % max 1.873284861049e+02 min 1.540303848040e-05 max/min 1.216178784097e+07<br>
447 KSP preconditioned resid norm 8.758950476583e-10 true resid norm 7.700203881086e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217155230958e-01<br>
447 KSP Residual norm 8.758950476583e-10 % max 1.881836005185e+02 min 1.540271499238e-05 max/min 1.221756038540e+07<br>
448 KSP preconditioned resid norm 8.739762069604e-10 true resid norm 7.700120478187e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217142047635e-01<br>
448 KSP Residual norm 8.739762069604e-10 % max 1.890387159738e+02 min 1.540239435002e-05 max/min 1.227333307263e+07<br>
449 KSP preconditioned resid norm 8.720699221868e-10 true resid norm 7.700037900278e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217128994717e-01<br>
449 KSP Residual norm 8.720699221868e-10 % max 1.898938324550e+02 min 1.540207651332e-05 max/min 1.232910590276e+07<br>
450 KSP preconditioned resid norm 8.701760569996e-10 true resid norm 7.699956135165e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217116070275e-01<br>
450 KSP Residual norm 8.701760569996e-10 % max 1.907489499467e+02 min 1.540176144765e-05 max/min 1.238487887214e+07<br>
451 KSP preconditioned resid norm 8.682944771243e-10 true resid norm 7.699875171161e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217103272463e-01<br>
451 KSP Residual norm 8.682944771243e-10 % max 1.916040684336e+02 min 1.540144910772e-05 max/min 1.244065198628e+07<br>
452 KSP preconditioned resid norm 8.664250503101e-10 true resid norm 7.699794997108e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217090599517e-01<br>
452 KSP Residual norm 8.664250503101e-10 % max 1.924591879009e+02 min 1.540113947663e-05 max/min 1.249642522834e+07<br>
453 KSP preconditioned resid norm 8.645676462907e-10 true resid norm 7.699715601200e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217078049571e-01<br>
453 KSP Residual norm 8.645676462907e-10 % max 1.933143083340e+02 min 1.540083249795e-05 max/min 1.255219861393e+07<br>
454 KSP preconditioned resid norm 8.627221367466e-10 true resid norm 7.699636972505e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217065620897e-01<br>
454 KSP Residual norm 8.627221367466e-10 % max 1.941694297187e+02 min 1.540052815040e-05 max/min 1.260797213072e+07<br>
455 KSP preconditioned resid norm 8.608883952670e-10 true resid norm 7.699559100258e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217053311792e-01<br>
455 KSP Residual norm 8.608883952670e-10 % max 1.950245520408e+02 min 1.540022639631e-05 max/min 1.266374578023e+07<br>
456 KSP preconditioned resid norm 8.590662973146e-10 true resid norm 7.699481973160e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217041120472e-01<br>
456 KSP Residual norm 8.590662973146e-10 % max 1.958796752868e+02 min 1.539992720743e-05 max/min 1.271951955670e+07<br>
457 KSP preconditioned resid norm 8.572557201889e-10 true resid norm 7.699405581233e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217029045359e-01<br>
457 KSP Residual norm 8.572557201889e-10 % max 1.967347994430e+02 min 1.539963054120e-05 max/min 1.277529346672e+07<br>
458 KSP preconditioned resid norm 8.554565429923e-10 true resid norm 7.699329914254e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217017084837e-01<br>
458 KSP Residual norm 8.554565429923e-10 % max 1.975899244964e+02 min 1.539933638367e-05 max/min 1.283106749365e+07<br>
459 KSP preconditioned resid norm 8.536686465960e-10 true resid norm 7.699254961914e-02 ||r(i)||/||b|| 1.217005237276e-01<br>
459 KSP Residual norm 8.536686465960e-10 % max 1.984450504338e+02 min 1.539904468019e-05 max/min 1.288684165512e+07<br>
460 KSP preconditioned resid norm 8.518919136065e-10 true resid norm 7.699180714235e-02 ||r(i)||/||b|| 1.216993501100e-01<br>
460 KSP Residual norm 8.518919136065e-10 % max 1.993001772428e+02 min 1.539875541750e-05 max/min 1.294261593481e+07<br>
461 KSP preconditioned resid norm 8.501262283338e-10 true resid norm 7.699107161430e-02 ||r(i)||/||b|| 1.216981874761e-01<br>
461 KSP Residual norm 8.501262283338e-10 % max 2.001553049106e+02 min 1.539846855934e-05 max/min 1.299839033598e+07<br>
462 KSP preconditioned resid norm 8.483714767594e-10 true resid norm 7.699034293767e-02 ||r(i)||/||b|| 1.216970356721e-01<br>
462 KSP Residual norm 8.483714767594e-10 % max 2.010104334253e+02 min 1.539818407370e-05 max/min 1.305416485887e+07<br>
463 KSP preconditioned resid norm 8.466275465054e-10 true resid norm 7.698962102339e-02 ||r(i)||/||b|| 1.216958945572e-01<br>
463 KSP Residual norm 8.466275465054e-10 % max 2.018655627746e+02 min 1.539790193476e-05 max/min 1.310993949889e+07<br>
464 KSP preconditioned resid norm 8.448943268044e-10 true resid norm 7.698890577352e-02 ||r(i)||/||b|| 1.216947639765e-01<br>
464 KSP Residual norm 8.448943268044e-10 % max 2.027206929469e+02 min 1.539762211089e-05 max/min 1.316571425685e+07<br>
465 KSP preconditioned resid norm 8.431717084698e-10 true resid norm 7.698819709932e-02 ||r(i)||/||b|| 1.216936437900e-01<br>
465 KSP Residual norm 8.431717084698e-10 % max 2.035758239306e+02 min 1.539734457892e-05 max/min 1.322148912673e+07<br>
466 KSP preconditioned resid norm 8.414595838671e-10 true resid norm 7.698749491585e-02 ||r(i)||/||b|| 1.216925338631e-01<br>
466 KSP Residual norm 8.414595838671e-10 % max 2.044309557144e+02 min 1.539706930707e-05 max/min 1.327726411029e+07<br>
467 KSP preconditioned resid norm 8.397578468854e-10 true resid norm 7.698679913097e-02 ||r(i)||/||b|| 1.216914340504e-01<br>
467 KSP Residual norm 8.397578468854e-10 % max 2.052860882871e+02 min 1.539679626817e-05 max/min 1.333303920580e+07<br>
468 KSP preconditioned resid norm 8.380663929100e-10 true resid norm 7.698610965659e-02 ||r(i)||/||b|| 1.216903442126e-01<br>
468 KSP Residual norm 8.380663929100e-10 % max 2.061412216378e+02 min 1.539652542826e-05 max/min 1.338881441779e+07<br>
469 KSP preconditioned resid norm 8.363851187952e-10 true resid norm 7.698542641515e-02 ||r(i)||/||b|| 1.216892642271e-01<br>
469 KSP Residual norm 8.363851187952e-10 % max 2.069963557558e+02 min 1.539625677349e-05 max/min 1.344458973379e+07<br>
470 KSP preconditioned resid norm 8.347139228382e-10 true resid norm 7.698474931774e-02 ||r(i)||/||b|| 1.216881939532e-01<br>
470 KSP Residual norm 8.347139228382e-10 % max 2.078514906305e+02 min 1.539599027325e-05 max/min 1.350036515622e+07<br>
471 KSP preconditioned resid norm 8.330527047528e-10 true resid norm 7.698407828643e-02 ||r(i)||/||b|| 1.216871332680e-01<br>
471 KSP Residual norm 8.330527047528e-10 % max 2.087066262516e+02 min 1.539572589156e-05 max/min 1.355614069266e+07<br>
472 KSP preconditioned resid norm 8.314013656445e-10 true resid norm 7.698341323890e-02 ||r(i)||/||b|| 1.216860820412e-01<br>
472 KSP Residual norm 8.314013656445e-10 % max 2.095617626089e+02 min 1.539546361499e-05 max/min 1.361191633131e+07<br>
473 KSP preconditioned resid norm 8.297598079857e-10 true resid norm 7.698275409694e-02 ||r(i)||/||b|| 1.216850401492e-01<br>
473 KSP Residual norm 8.297598079857e-10 % max 2.104168996925e+02 min 1.539520341682e-05 max/min 1.366769207237e+07<br>
474 KSP preconditioned resid norm 8.281279355912e-10 true resid norm 7.698210078561e-02 ||r(i)||/||b|| 1.216840074735e-01<br>
474 KSP Residual norm 8.281279355912e-10 % max 2.112720374926e+02 min 1.539494527436e-05 max/min 1.372346791285e+07<br>
475 KSP preconditioned resid norm 8.265056535949e-10 true resid norm 7.698145322348e-02 ||r(i)||/||b|| 1.216829838855e-01<br>
475 KSP Residual norm 8.265056535949e-10 % max 2.121271759996e+02 min 1.539468915743e-05 max/min 1.377924385679e+07<br>
476 KSP preconditioned resid norm 8.248928684267e-10 true resid norm 7.698081134149e-02 ||r(i)||/||b|| 1.216819692760e-01<br>
476 KSP Residual norm 8.248928684267e-10 % max 2.129823152040e+02 min 1.539443504456e-05 max/min 1.383501990087e+07<br>
477 KSP preconditioned resid norm 8.232894877893e-10 true resid norm 7.698017506308e-02 ||r(i)||/||b|| 1.216809635239e-01<br>
477 KSP Residual norm 8.232894877893e-10 % max 2.138374550966e+02 min 1.539418291104e-05 max/min 1.389079604499e+07<br>
478 KSP preconditioned resid norm 8.216954206367e-10 true resid norm 7.697954431722e-02 ||r(i)||/||b|| 1.216799665171e-01<br>
478 KSP Residual norm 8.216954206367e-10 % max 2.146925956681e+02 min 1.539393273158e-05 max/min 1.394657228998e+07<br>
479 KSP preconditioned resid norm 8.201105771517e-10 true resid norm 7.697891903432e-02 ||r(i)||/||b|| 1.216789781454e-01<br>
479 KSP Residual norm 8.201105771517e-10 % max 2.155477369098e+02 min 1.539368449054e-05 max/min 1.400234862825e+07<br>
480 KSP preconditioned resid norm 8.185348687256e-10 true resid norm 7.697829914078e-02 ||r(i)||/||b|| 1.216779982925e-01<br>
480 KSP Residual norm 8.185348687256e-10 % max 2.164028788127e+02 min 1.539343816240e-05 max/min 1.405812506145e+07<br>
481 KSP preconditioned resid norm 8.169682079365e-10 true resid norm 7.697768457143e-02 ||r(i)||/||b|| 1.216770268555e-01<br>
481 KSP Residual norm 8.169682079365e-10 % max 2.172580213682e+02 min 1.539319372853e-05 max/min 1.411390158532e+07<br>
482 KSP preconditioned resid norm 8.154105085294e-10 true resid norm 7.697707525626e-02 ||r(i)||/||b|| 1.216760637237e-01<br>
482 KSP Residual norm 8.154105085294e-10 % max 2.181131645679e+02 min 1.539295116083e-05 max/min 1.416967820458e+07<br>
483 KSP preconditioned resid norm 8.138616853962e-10 true resid norm 7.697647113181e-02 ||r(i)||/||b|| 1.216751087967e-01<br>
483 KSP Residual norm 8.138616853962e-10 % max 2.189683084033e+02 min 1.539271043853e-05 max/min 1.422545491762e+07<br>
484 KSP preconditioned resid norm 8.123216545560e-10 true resid norm 7.697587213190e-02 ||r(i)||/||b|| 1.216741619700e-01<br>
484 KSP Residual norm 8.123216545560e-10 % max 2.198234528663e+02 min 1.539247154007e-05 max/min 1.428123172384e+07<br>
485 KSP preconditioned resid norm 8.107903331364e-10 true resid norm 7.697527818843e-02 ||r(i)||/||b|| 1.216732231359e-01<br>
485 KSP Residual norm 8.107903331364e-10 % max 2.206785979488e+02 min 1.539223445599e-05 max/min 1.433700861170e+07<br>
486 KSP preconditioned resid norm 8.092676393541e-10 true resid norm 7.697468924499e-02 ||r(i)||/||b|| 1.216722922052e-01<br>
486 KSP Residual norm 8.092676393541e-10 % max 2.215337436429e+02 min 1.539199915274e-05 max/min 1.439278559234e+07<br>
487 KSP preconditioned resid norm 8.077534924970e-10 true resid norm 7.697410523157e-02 ||r(i)||/||b|| 1.216713690674e-01<br>
487 KSP Residual norm 8.077534924970e-10 % max 2.223888899408e+02 min 1.539176560838e-05 max/min 1.444856266650e+07<br>
488 KSP preconditioned resid norm 8.062478129065e-10 true resid norm 7.697352609817e-02 ||r(i)||/||b|| 1.216704536432e-01<br>
488 KSP Residual norm 8.062478129065e-10 % max 2.232440368347e+02 min 1.539153381927e-05 max/min 1.450433981799e+07<br>
489 KSP preconditioned resid norm 8.047505219590e-10 true resid norm 7.697295177444e-02 ||r(i)||/||b|| 1.216695458216e-01<br>
489 KSP Residual norm 8.047505219590e-10 % max 2.240991843173e+02 min 1.539130375307e-05 max/min 1.456011705783e+07<br>
490 KSP preconditioned resid norm 8.032615420497e-10 true resid norm 7.697238220643e-02 ||r(i)||/||b|| 1.216686455173e-01<br>
490 KSP Residual norm 8.032615420497e-10 % max 2.249543323810e+02 min 1.539107539327e-05 max/min 1.461589438249e+07<br>
491 KSP preconditioned resid norm 8.017807965749e-10 true resid norm 7.697181733368e-02 ||r(i)||/||b|| 1.216677526347e-01<br>
491 KSP Residual norm 8.017807965749e-10 % max 2.258094810186e+02 min 1.539084872474e-05 max/min 1.467167178737e+07<br>
492 KSP preconditioned resid norm 8.003082099158e-10 true resid norm 7.697125710155e-02 ||r(i)||/||b|| 1.216668670874e-01<br>
492 KSP Residual norm 8.003082099158e-10 % max 2.266646302229e+02 min 1.539062371415e-05 max/min 1.472744928554e+07<br>
493 KSP preconditioned resid norm 7.988437074224e-10 true resid norm 7.697070145112e-02 ||r(i)||/||b|| 1.216659887823e-01<br>
493 KSP Residual norm 7.988437074224e-10 % max 2.275197799868e+02 min 1.539040036644e-05 max/min 1.478322685373e+07<br>
494 KSP preconditioned resid norm 7.973872153972e-10 true resid norm 7.697015032934e-02 ||r(i)||/||b|| 1.216651176356e-01<br>
494 KSP Residual norm 7.973872153972e-10 % max 2.283749303036e+02 min 1.539017865071e-05 max/min 1.483900450324e+07<br>
495 KSP preconditioned resid norm 7.959386610801e-10 true resid norm 7.696960368018e-02 ||r(i)||/||b|| 1.216642535586e-01<br>
495 KSP Residual norm 7.959386610801e-10 % max 2.292300811662e+02 min 1.538995854689e-05 max/min 1.489478223530e+07<br>
496 KSP preconditioned resid norm 7.944979726328e-10 true resid norm 7.696906145072e-02 ||r(i)||/||b|| 1.216633964678e-01<br>
496 KSP Residual norm 7.944979726328e-10 % max 2.300852325680e+02 min 1.538974004078e-05 max/min 1.495056004574e+07<br>
497 KSP preconditioned resid norm 7.930650791238e-10 true resid norm 7.696852358851e-02 ||r(i)||/||b|| 1.216625462801e-01<br>
497 KSP Residual norm 7.930650791238e-10 % max 2.309403845025e+02 min 1.538952311570e-05 max/min 1.500633793304e+07<br>
498 KSP preconditioned resid norm 7.916399105142e-10 true resid norm 7.696799004048e-02 ||r(i)||/||b|| 1.216617029118e-01<br>
498 KSP Residual norm 7.916399105142e-10 % max 2.317955369631e+02 min 1.538930774757e-05 max/min 1.506211590315e+07<br>
499 KSP preconditioned resid norm 7.902223976426e-10 true resid norm 7.696746075603e-02 ||r(i)||/||b|| 1.216608662829e-01<br>
499 KSP Residual norm 7.902223976426e-10 % max 2.326506899435e+02 min 1.538909393078e-05 max/min 1.511789394424e+07<br>
500 KSP preconditioned resid norm 7.888124722116e-10 true resid norm 7.696693568410e-02 ||r(i)||/||b|| 1.216600363126e-01<br>
500 KSP Residual norm 7.888124722116e-10 % max 2.335058434373e+02 min 1.538888164219e-05 max/min 1.517367206185e+07<br>
Linear solve did not converge due to DIVERGED_ITS iterations 500<br>
KSP Object: 4 MPI processes<br>
  type: gmres<br>
    restart=500, using Classical (unmodified) Gram-Schmidt Orthogonalization with no iterative refinement<br>
    happy breakdown tolerance 1e-30<br>
  maximum iterations=500, initial guess is zero<br>
  tolerances:  relative=1e-08, absolute=1e-50, divergence=10000.<br>
  left preconditioning<br>
  using PRECONDITIONED norm type for convergence test<br>
PC Object: 4 MPI processes<br>
  type: jacobi<br>
  linear system matrix = precond matrix:<br>
  Mat Object: 4 MPI processes<br>
    type: mpiaij<br>
    rows=14924, cols=14924<br>
    total: nonzeros=1393670, allocated nonzeros=1393670<br>
    total number of mallocs used during MatSetValues calls =0<br>
      not using I-node (on process 0) routines<br>
Krylov solver did not converge in 500 iters; Petsc reason: DIVERGED_ITS, with residual norm 7.88812e-10-------------------<wbr>------------------------------<wbr>-------------------------<br>
mpirun has exited due to process rank 0 with PID 14460 on<br>
node rook exiting improperly. There are three reasons this could occur:<br>
<br>
1. this process did not call "init" before exiting, but others in<br>
the job did. This can cause a job to hang indefinitely while it waits<br>
for all processes to call "init". By rule, if one process calls "init",<br>
then ALL processes must call "init" prior to termination.<br>
<br>
2. this process called "init", but exited without calling "finalize".<br>
By rule, all processes that call "init" MUST call "finalize" prior to<br>
exiting or it will be considered an "abnormal termination"<br>
<br>
3. this process called "MPI_Abort" or "orte_abort" and the mca parameter<br>
orte_create_session_dirs is set to false. In this case, the run-time cannot<br>
detect that the abort call was an abnormal termination. Hence, the only<br>
error message you will receive is this one.<br>
<br>
This may have caused other processes in the application to be<br>
terminated by signals sent by mpirun (as reported here).<br>
<br>
You can avoid this message by specifying -quiet on the mpirun command line.<br>
<br>
------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>--------------<br>
<br>
<br>
<br>
On 2018-05-18 10:58, Matthew Knepley wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
On Fri, May 18, 2018 at 5:54 AM, Y. Shidi <<a href="mailto:ys453@cam.ac.uk" target="_blank">ys453@cam.ac.uk</a>> wrote:<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hello all,<br>
<br>
I do not have much knowledge on linear iterative solvers,<br>
so when use PETSc krylov solvers, I try several combinations<br>
(e.g. cg+jacobi, gmres+hypre, etc). But I cannot get a<br>
converged solution. I have used 'preonly' and 'lu' check<br>
that the system is correctly constructed.<br>
<br>
Below is the ksp log output with 500 iterations.<br>
</blockquote>
<br>
This is only 411 iterations, and we cannot see what solver was used.<br>
<br>
In general, the iterative solver is very sensitive to the system. We<br>
recommend<br>
starting with a solver that has worked before for someone by checking<br>
the literature.<br>
<br>
  Thanks,<br>
<br>
     Matt<br>
<br>
<br>
<br>
</blockquote>
<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
--<br>
<br>
What most experimenters take for granted before they begin their<br>
experiments is infinitely more interesting than any results to which<br>
their experiments lead.<br>
-- Norbert Wiener<br>
<br>
<a href="https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~k<wbr>nepley/</a> [1]<br>
<br>
<br>
Links:<br>
------<br>
[1] <a href="http://www.caam.rice.edu/~mk51/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.caam.rice.edu/~mk51<wbr>/</a><br>
</blockquote>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.caam.rice.edu/~mk51/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div>
</div></div>