<div dir="ltr">When I try to compile the program with PETSC, and run it with mpirun using qsub. And I have checked the log and it something like this:<br><br>cep2017_heart: error while loading shared libraries: libpciaccess.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory<br><div><div><div><br></div><div>and I check ldd, the result is like this:</div><div>ldd bin/cep2017_heart<br>    linux-vdso.so.1 =>  (0x00007fff99787000)<br>    libsundials_cvode.so.2 => /opt/Lib/sundials-2.7.0/lib/libsundials_cvode.so.2 (0x00002ac2b2262000)<br>    libsundials_nvecserial.so.2 => /opt/Lib/sundials-2.7.0/lib/libsundials_nvecserial.so.2 (0x00002ac2b248d000)<br>    libsundials_nvecparallel.so.2 => /opt/Lib/sundials-2.7.0/lib/libsundials_nvecparallel.so.2 (0x00002ac2b2692000)<br>    libX11.so.6 => /usr/lib64/libX11.so.6 (0x00000039f0c00000)<br>    libstdc++.so.6 => /usr/lib64/libstdc++.so.6 (0x00002ac2b28c7000)<br>    libdl.so.2 => /lib64/libdl.so.2 (0x00000039efc00000)<br>    libmpi_usempif08.so.20 => /opt/Lib/openmpi-2.1.3/lib/libmpi_usempif08.so.20 (0x00002ac2b2c6a000)<br>    libmpi_usempi_ignore_tkr.so.20 => /opt/Lib/openmpi-2.1.3/lib/libmpi_usempi_ignore_tkr.so.20 (0x00002ac2b2e9d000)<br>    libmpi_mpifh.so.20 => /opt/Lib/openmpi-2.1.3/lib/libmpi_mpifh.so.20 (0x00002ac2b30a6000)<br>    libmpi.so.20 => /opt/Lib/openmpi-2.1.3/lib/libmpi.so.20 (0x00002ac2b3302000)<br>    libifport.so.5 => /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/compiler/lib/intel64/libifport.so.5 (0x00002ac2b35f5000)<br>    libifcore.so.5 => /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/compiler/lib/intel64/libifcore.so.5 (0x00002ac2b372a000)<br>    libimf.so => /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/compiler/lib/intel64/libimf.so (0x00002ac2b396d000)<br>    libsvml.so => /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/compiler/lib/intel64/libsvml.so (0x00002ac2b3d39000)<br>    libm.so.6 => /lib64/libm.so.6 (0x00000039f0000000)<br>    libirc.so => /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/compiler/lib/intel64/libirc.so (0x00002ac2b44ac000)<br>    libpthread.so.0 => /lib64/libpthread.so.0 (0x00000039f0400000)<br>    libgcc_s.so.1 => /lib64/libgcc_s.so.1 (0x00000035b0800000)<br>    libz.so.1 => /lib64/libz.so.1 (0x00000037c7600000)<br>    libc.so.6 => /lib64/libc.so.6 (0x00000039ef800000)<br>    libXau.so.6 => /usr/lib64/libXau.so.6 (0x00000039f0800000)<br>    libXdmcp.so.6 => /usr/lib64/libXdmcp.so.6 (0x00000039f1000000)<br>    /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00000039ef000000)<br>    libopen-rte.so.20 => /opt/Lib/openmpi-2.1.3/lib/libopen-rte.so.20 (0x00002ac2b45fb000)<br>    libopen-pal.so.20 => /opt/Lib/openmpi-2.1.3/lib/libopen-pal.so.20 (0x00002ac2b4884000)<br>    libpciaccess.so.0 => /usr/lib64/libpciaccess.so.0 (0x00002ac2b4b86000)<br>    librt.so.1 => /lib64/librt.so.1 (0x00000039f3c00000)<br>    libutil.so.1 => /lib64/libutil.so.1 (0x00000039fca00000)<br>    libintlc.so.5 => /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/compiler/lib/intel64/libintlc.so.5 (0x00002ac2b4d8d000)<br>    libifcoremt.so.5 => /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/compiler/lib/intel64/libifcoremt.so.5 (0x00002ac2b4eda000)<br></div><div><br></div><div><br></div><div>So as you can see that the libpciaccess already coupled to the compiled program, but it's still error. So I know that libpciaccess maybe from the MPI libs (I'm using OpenMPI), but this kind of error is really bugging me.</div><div><br></div><div>Even after I tried to use --disable-hwloc-pci when installing OpenMPI, it still got this kind of error,.<br></div><div><br></div><div>What I want to know is:</div><div>- Is it possible to remove the dependenciness of libpciaccess?</div><div>- Or how to configure it so that PETSc or MPI doesn't use libpciaccess?</div><div><br></div><div>In my case, I cannot use static because some of those dependencies doesn't have static libraries.</div><div><br></div><div>I'm using:</div><div>PETSc-3.9.0</div><div>OpenMPI-2.1.3<br></div><div><br></div><div><br></div><div><br><br clear="all"><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><font size="4">Aroli Marcellinus</font><br><b>Kumoh Institute of Technology<br></b><b>Computational Medicine Laboratory</b><br>61 Daehak-ro (Sinpyeong-dong), Gumi, Gyeongbuk<br>+82 10 9724 3957<br>KTalk ID: vondarkness</div></div></div></div></div>
</div></div></div></div>