<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Tue, Apr 24, 2018 at 11:57 PM, Danyang Su <span dir="ltr"><<a href="mailto:danyang.su@gmail.com" target="_blank">danyang.su@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi All,<br>
<br>
I use DMPlex in unstructured grid code and recently found DMSetLabelValue takes a lot of time for large problem, e.g., num. of cells > 1 million. In my code, I use<br>
<br>
DMPlexCreateFromCellList ()<br>
<br>
Loop over all cells/nodes{<br>
<br>
DMSetLabelValue<br>
<br>
}<br>
<br>
DMPlexDistribute<br>
<br>
The code works fine except DMSetLabelValue takes a lot of time for large problem. I use DMSetLabelValue to set material id for all the nodes or cells so that each subdomain has a copy of material id. Is there any other functions that can be used more efficient, e.g. set labels by array, not 1 by 1?<br></blockquote><div><br></div><div>1) I just want to make sure that you are running an optimized build, configured using --with-debugging=0</div><div><br></div><div>2) How long does it take?</div><div><br></div><div>3) Do you have intervening queries to the label between insertions?</div><div><br></div><div>It should be fast, and I therefore suspect that logging code might be responsible for the performance. I will</div><div>setup a test. Can you give me an idea roughly</div><div><br></div><div>  a) How many SetValue() calls you make</div><div><br></div><div>  b) How many different label values you use</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Thanks,<br>
<br>
Danyang<br>
<br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.caam.rice.edu/~mk51/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div>
</div></div>