<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Tue, Apr 24, 2018 at 9:29 AM, Yongxiang Wu <span dir="ltr"><<a href="mailto:yongxiang27@gmail.com" target="_blank">yongxiang27@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Hello PETSC users:</div><div>i am using slepc4py to compute a geenral eigenvalue problem.  I have compiled PETSC/SLEPC and petsc4py/slepc4py on a cray cluster (hazelhen).  When I run my test case, I get the following error. Would anyone provide me the direction to solve it?</div></div></blockquote><div><br></div><div>As Satish said, it looks like you are running on hardware that the binary was not compiled for (maybe KNL?).</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>regards</div><div>Yong</div><div><br></div><div><div>Slepsc begins ...</div><div>Parallel read in petsc binary matrix for each processor!!!</div><div>load petsc binary finished</div><div>Start solving ...<br></div></div><div>[0]PETSC ERROR: [2]PETSC ERROR: ------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>------------</div><div>[5]PETSC ERROR: ------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>------------</div><div>[0]PETSC ERROR: [2]PETSC ERROR: [1]PETSC ERROR: ------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>------------</div><div>Caught signal number 4 Illegal instruction: Likely due to memory corruption</div><div>Caught signal number 4 Illegal instruction: Likely due to memory corruption</div><div>[5]PETSC ERROR: [0]PETSC ERROR: [2]PETSC ERROR: ------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>------------</div><div>Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger</div><div>Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger</div><div>[1]PETSC ERROR: [2]PETSC ERROR: [0]PETSC ERROR: or see <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/<wbr>documentation/faq.html#<wbr>valgrind</a></div><div>Caught signal number 4 Illegal instruction: Likely due to memory corruption</div><div>Caught signal number 4 Illegal instruction: Likely due to memory corruption</div><div>[5]PETSC ERROR: or see <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/<wbr>documentation/faq.html#<wbr>valgrind</a></div><div>[0]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger</div><div>[1]PETSC ERROR: [2]PETSC ERROR: or try <a href="http://valgrind.org" target="_blank">http://valgrind.org</a> on GNU/linux and Apple Mac OS X to find memory corruption errors</div><div>[5]PETSC ERROR: [3]PETSC ERROR: [4]PETSC ERROR: ------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>------------</div><div>Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger</div><div>------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>------------</div><div>or try <a href="http://valgrind.org" target="_blank">http://valgrind.org</a> on GNU/linux and Apple Mac OS X to find memory corruption errors</div><div>[0]PETSC ERROR: configure using --with-debugging=yes, recompile, link, and run </div><div>[0]PETSC ERROR: or see <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/<wbr>documentation/faq.html#<wbr>valgrind</a></div><div>[3]PETSC ERROR: [1]PETSC ERROR: Caught signal number 4 Illegal instruction: Likely due to memory corruption</div><div>or see <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/<wbr>documentation/faq.html#<wbr>valgrind</a></div><div>[3]PETSC ERROR: [4]PETSC ERROR: [2]PETSC ERROR: Caught signal number 4 Illegal instruction: Likely due to memory corruption</div><div>configure using --with-debugging=yes, recompile, link, and run </div><div>[2]PETSC ERROR: to get more information on the crash.</div><div>to get more information on the crash.</div><div>[5]PETSC ERROR: [1]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger</div><div>[4]PETSC ERROR: or try <a href="http://valgrind.org" target="_blank">http://valgrind.org</a> on GNU/linux and Apple Mac OS X to find memory corruption errors</div><div>or try <a href="http://valgrind.org" target="_blank">http://valgrind.org</a> on GNU/linux and Apple Mac OS X to find memory corruption errors</div><div>[3]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger</div><div>[5]PETSC ERROR: [1]PETSC ERROR: or see <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/<wbr>documentation/faq.html#<wbr>valgrind</a></div><div>[4]PETSC ERROR: configure using --with-debugging=yes, recompile, link, and run </div><div>configure using --with-debugging=yes, recompile, link, and run </div><div>[3]PETSC ERROR: or see <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/<wbr>documentation/faq.html#<wbr>valgrind</a></div><div>[5]PETSC ERROR: to get more information on the crash.</div><div>[1]PETSC ERROR: or try <a href="http://valgrind.org" target="_blank">http://valgrind.org</a> on GNU/linux and Apple Mac OS X to find memory corruption errors</div><div>[4]PETSC ERROR: to get more information on the crash.</div><div>[3]PETSC ERROR: or try <a href="http://valgrind.org" target="_blank">http://valgrind.org</a> on GNU/linux and Apple Mac OS X to find memory corruption errors</div><div>configure using --with-debugging=yes, recompile, link, and run </div><div>[4]PETSC ERROR: [3]PETSC ERROR: configure using --with-debugging=yes, recompile, link, and run </div><div>to get more information on the crash.</div><div>[4]PETSC ERROR: to get more information on the crash.</div><div>Rank 2 [Tue Apr 24 14:17:09 2018] [c4-3c2s4n2] application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 59) - process 2</div><div>Rank 0 [Tue Apr 24 14:17:09 2018] [c4-3c2s4n2] application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 59) - process 0</div><div>Rank 5 [Tue Apr 24 14:17:09 2018] [c4-3c2s4n2] application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 59) - process 5</div><div>Rank 1 [Tue Apr 24 14:17:09 2018] [c4-3c2s4n2] application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 59) - process 1</div><div>Rank 3 [Tue Apr 24 14:17:09 2018] [c4-3c2s4n2] application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 59) - process 3</div><div>Rank 4 [Tue Apr 24 14:17:09 2018] [c4-3c2s4n2] application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 59) - process 4</div><div>_pmiu_daemon(SIGCHLD): [NID 07826] [c4-3c2s4n2] [Tue Apr 24 14:17:09 2018] PE RANK 0 exit signal Aborted</div><div>[NID 07826] 2018-04-24 14:17:09 Apid 298658: initiated application termination</div><div>Application 298658 exit codes: 134</div><div>Application 298658 resources: utime ~6s, stime ~2s, Rss ~488036, inblocks ~862, outblocks ~0</div><div><br></div></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.caam.rice.edu/~mk51/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div>
</div></div>