<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Wed, Mar 21, 2018 at 2:18 PM, Mohammad Hassan Baghaei <span dir="ltr"><<a href="mailto:mhbaghaei@mail.sjtu.edu.cn" target="_blank">mhbaghaei@mail.sjtu.edu.cn</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple"><div class="m_2341394421614552030WordSection1"><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1f497d">Sorry ! In fact, I am trying to construct the radius and theta coordinate for the circular domain I am having before going to the main local functions. I needed that for my local functions.</span> </p></div></div></blockquote><div><br></div><div>It sounds like you are having trouble with parallel programming. Maybe get your stuff working in serial, and then</div><div>look at a book like Using MPI by Gropp, <a href="http://et.al">et.al</a>. or Scientific Computing by Eijkhout to understand more about parallelism.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>    Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple"><div class="m_2341394421614552030WordSection1"><p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">From:</span></b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> Matthew Knepley [mailto:<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>] <br><b>Sent:</b> Thursday, March 22, 2018 1:45 AM<br><b>To:</b> Mohammad Hassan Baghaei <<a href="mailto:mhbaghaei@mail.sjtu.edu.cn" target="_blank">mhbaghaei@mail.sjtu.edu.cn</a>><br><b>Cc:</b> PETSc <<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><br><b>Subject:</b> Re: [petsc-users] Global Numbering<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><div><div><div><p class="MsoNormal">On Wed, Mar 21, 2018 at 1:28 PM, Mohammad Hassan Baghaei <<a href="mailto:mhbaghaei@mail.sjtu.edu.cn" target="_blank">mhbaghaei@mail.sjtu.edu.cn</a>> wrote:<u></u><u></u></p><blockquote style="border:none;border-left:solid #cccccc 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0in"><div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1f497d">I am trying to fill a vector based on global coordinate.</span><u></u><u></u></p></div></div></blockquote><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">You can see how this might be too vague for me to follow.<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><blockquote style="border:none;border-left:solid #cccccc 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0in"><div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1f497d">As I am trying to use VecGetValues() on the global coordinate,</span><u></u><u></u></p></div></div></blockquote><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Okay, this does not work for any parallel vector.<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><blockquote style="border:none;border-left:solid #cccccc 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0in"><div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1f497d">I find it that argument goes out of range, since I am using global numbering rather than local numbering.</span><u></u><u></u></p></div></div></blockquote><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">It is not the numbering that is a problem. It is that parallel Vectors in PETSc are distributed. You cannot directly access<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">data you do not own. You can send it to one process (for example using VecScatterCreateToZero()), but this is of course<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">not scalable.<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">  Thanks,<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">    Matt<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><blockquote style="border:none;border-left:solid #cccccc 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0in"><div><div><p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">From:</span></b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> Matthew Knepley [mailto:<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>] <br><b>Sent:</b> Wednesday, March 21, 2018 10:38 PM<br><b>To:</b> Mohammad Hassan Baghaei <<a href="mailto:mhbaghaei@mail.sjtu.edu.cn" target="_blank">mhbaghaei@mail.sjtu.edu.cn</a>><br><b>Cc:</b> PETSc <<a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a>><br><b>Subject:</b> Re: [petsc-users] Global Numbering</span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p><div><div><div><p class="MsoNormal">On Wed, Mar 21, 2018 at 8:18 AM, Mohammad Hassan Baghaei <<a href="mailto:mhbaghaei@mail.sjtu.edu.cn" target="_blank">mhbaghaei@mail.sjtu.edu.cn</a>> wrote:<u></u><u></u></p><blockquote style="border:none;border-left:solid #cccccc 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-top:5.0pt;margin-right:0in;margin-bottom:5.0pt"><div><div><p class="MsoNormal">Hello<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">I am trying to create a global vector of coordinates based on the parallelized dm. I find it really hard to work with the local numbering, how can I manage to create a kind of numbering on global level so that I could easily access to the nodes based on the new numbering. Thanks for your time.<u></u><u></u></p></div></div></blockquote><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">DMGetCoordinates() gives you a global vector.<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">DMGetCoordinatesLocal() gives you a local vector.<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">What are you trying to do?<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">  Thanks,<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">     Matt<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><blockquote style="border:none;border-left:solid #cccccc 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-top:5.0pt;margin-right:0in;margin-bottom:5.0pt"><div><div><p class="MsoNormal">Amir<u></u><u></u></p></div></div></blockquote></div><p class="MsoNormal"><br><br clear="all"><u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><p class="MsoNormal">-- <u></u><u></u></p><div><div><div><div><div><p class="MsoNormal">What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><a href="http://www.caam.rice.edu/~mk51/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~<wbr>knepley/</a><u></u><u></u></p></div></div></div></div></div></div></div></div></div></blockquote></div><p class="MsoNormal"><br><br clear="all"><u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><p class="MsoNormal">-- <u></u><u></u></p><div><div><div><div><div><p class="MsoNormal">What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><a href="http://www.caam.rice.edu/~mk51/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~<wbr>knepley/</a><u></u><u></u></p></div></div></div></div></div></div></div></div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.caam.rice.edu/~mk51/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div>
</div></div>