<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Wed, Feb 14, 2018 at 1:47 PM, Danyang Su <span dir="ltr"><<a href="mailto:danyang.su@gmail.com" target="_blank">danyang.su@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear All,<br>
<br>
I have a reactive transport code that was first developed using structured grid and parallelized using PETSc. Both sequential version (with or without PETSc) and parallel version work fine. Recently I have finished the unstructured grid capability for the sequential version. Next step work is to modify the necessary part to make the code parallelized using unstructured grid.<br>
<br>
For the structured grid code, it follows the following steps.<br>
<br>
!domain decomposition<br>
<br>
DMDACreate3D()<br>
<br>
DMDAGetInfo()<br>
<br>
DMDAGetCorners()<br>
<br>
!timeloop begins<br>
<br>
!calculate matrix entry and rhs<br>
...<br>
Solve Ax=b using PETSc<br>
<br>
DMGlobalToLocalBegin()<br>
DMGlobalToLocalEnd()<br>
...<br>
!end of timeloop<br>
<br>
<br>
So far as I know, the domain decomposition part need to be modified. I plan to use PETSc DMPlex class to do this job. Is this the best way to port the code?<br></blockquote><div><br></div><div>Yes, this is basically correct.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
DMPlexCreateFromFile()<br>
<br>
DMPlexDistribute()<br>
<br>
!timeloop begins<br>
<br>
!calculate matrix entry and rhs<br>
...<br>
Solve Ax=b using PETSc<br>
<br>
DMGlobalToLocalBegin()<br>
DMGlobalToLocalEnd()<br>
...<br>
!end of timeloop<br>
<br>
Thanks,<br>
<br>
Danyang<br>
<br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.caam.rice.edu/~mk51/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div>
</div></div>