<div dir="ltr">thanks Satish,<div><br></div><div>did not work unfortunately, configure.log attached. Here's the output:</div><div><br></div><div><div>hpca-login:~/petsc-3.8.3> ./configure --with-cc=gcc --with-fc=gfortran --with-cxx=g++ --with-mpi-include=/opt/sgi/mpt/mpt-2.12/include --with-mpi-lib="-L/opt/sgi/mpt/mpt-2.12/lib -lmpi -lpthread /usr/lib64/libcpuset.so.1 /usr/lib64/libbitmask.so.1"</div><div>===============================================================================</div><div>             Configuring PETSc to compile on your system                       </div><div>===============================================================================</div><div>TESTING: check from config.libraries(config/BuildSystem/config/libraries.py:158)                                        *******************************************************************************</div><div>         UNABLE to CONFIGURE with GIVEN OPTIONS    (see configure.log for details):</div><div>-------------------------------------------------------------------------------</div><div>--with-mpi-lib=['-L/opt/sgi/mpt/mpt-2.12/lib', '-lmpi', '-lpthread', '/usr/lib64/libcpuset.so.1', '/usr/lib64/libbitmask.so.1'] and </div><div>--with-mpi-include=['/opt/sgi/mpt/mpt-2.12/include'] did not work</div><div>*******************************************************************************</div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Dec 21, 2017 at 12:07 AM, Satish Balay <span dir="ltr"><<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov" target="_blank">balay@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Its strange compiler.<br>
<br>
You can try:<br>
<br>
./configure --with-cc=gcc --with-fc=gfortran --with-cxx=g++ --with-mpi-include=/opt/sgi/<wbr>mpt/mpt-2.12/include --with-mpi-lib="-L/opt/sgi/<wbr>mpt/mpt-2.12/lib -lmpi -lpthread /usr/lib64/libcpuset.so.1 /usr/lib64/libbitmask.so.1"<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
Satish<br>
<br>
On Wed, 20 Dec 2017, Santiago Andres Triana wrote:<br>
<br>
> This is what I get:<br>
><br>
> hpca-login:~> mpicc -show<br>
> gcc -I/opt/sgi/mpt/mpt-2.12/<wbr>include -L/opt/sgi/mpt/mpt-2.12/lib -lmpi<br>
> -lpthread /usr/lib64/libcpuset.so.1 /usr/lib64/libbitmask.so.1<br>
><br>
> On Wed, Dec 20, 2017 at 11:59 PM, Satish Balay <<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov">balay@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>
><br>
> > >>><br>
> > Executing: mpicc -E  -I/dev/shm/pbs.3111462.hpc-<wbr>pbs/petsc-fdYfuH/config.<wbr>setCompilers<br>
> > /dev/shm/pbs.3111462.hpc-pbs/<wbr>petsc-fdYfuH/config.<wbr>setCompilers/conftest.c<br>
> > stderr:<br>
> > gcc: warning: /usr/lib64/libcpuset.so.1: linker input file unused because<br>
> > linking not done<br>
> > gcc: warning: /usr/lib64/libbitmask.so.1: linker input file unused because<br>
> > linking not done<br>
> > <<<<<br>
> ><br>
> > Looks like your mpicc is printing this verbose thing on stdout [why is<br>
> > it doing a link check during preprocesing?] - thus confusing PETSc<br>
> > configure.<br>
> ><br>
> > Workarround is to fix this compiler not to print such messages. Or use<br>
> > different compilers..<br>
> ><br>
> > What do you have for:<br>
> ><br>
> > mpicc -show<br>
> ><br>
> ><br>
> > Satish<br>
> ><br>
> > On Wed, 20 Dec 2017, Santiago Andres Triana wrote:<br>
> ><br>
> > > Dear petsc-users,<br>
> > ><br>
> > > I'm trying to install petsc in a cluster using SGI's MPT. The mpicc<br>
> > > compiler is in the search path. The configure command is:<br>
> > ><br>
> > > ./configure --with-scalar-type=complex --with-mumps=1 --download-mumps<br>
> > > --download-parmetis --download-metis --download-scalapack<br>
> > ><br>
> > > However, this leads to an error (configure.log attached):<br>
> > ><br>
> > > ==============================<wbr>==============================<br>
> > ===================<br>
> > >              Configuring PETSc to compile on your system<br>
> > ><br>
> > > ==============================<wbr>==============================<br>
> > ===================<br>
> > > TESTING: checkCPreprocessor from<br>
> > > config.setCompilers(config/<wbr>BuildSystem/config/<wbr>setCompilers.py:599)<br>
> > ><br>
> > > ******************************<wbr>******************************<br>
> > *******************<br>
> > >          UNABLE to CONFIGURE with GIVEN OPTIONS    (see configure.log for<br>
> > > details):<br>
> > > ------------------------------<wbr>------------------------------<br>
> > -------------------<br>
> > > Cannot find a C preprocessor<br>
> > > ******************************<wbr>******************************<br>
> > *******************<br>
> > ><br>
> > > The configure.log says something about cpp32, here's the excerpt:<br>
> > ><br>
> > > Possible ERROR while running preprocessor: exit code 256<br>
> > > stderr:<br>
> > > gcc: error: cpp32: No such file or directory<br>
> > ><br>
> > ><br>
> > > Any ideas of what is going wrong? any help or comments are highly<br>
> > > appreciated. Thanks in advance!<br>
> > ><br>
> > > Andres<br>
> > ><br>
> ><br>
> ><br>
><br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>