<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Thu, Dec 21, 2017 at 3:28 AM, Santiago Andres Triana <span dir="ltr"><<a href="mailto:repepo@gmail.com" target="_blank">repepo@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">There is no mpich install on this cluster... I will talk to the sysadmins to see if this is feasible...<div><br></div><div>On other news, configure was successful by turning off C++, however make failed: (attached logs)</div><div><br></div><div>...</div><div><div>------------------------------<wbr>------------</div><div>Using mpiexec: /opt/sgi/mpt/mpt-2.12/bin/<wbr>mpirun</div><div>==============================<wbr>============</div><div>Building PETSc using GNU Make with 32 build threads</div><div>==============================<wbr>============</div><div>gmake[2]: Entering directory `/space/hpc-home/trianas/<wbr>petsc-3.8.3'</div><div>Use "/usr/bin/gmake V=1" to see verbose compile lines, "/usr/bin/gmake V=0" to suppress.</div><div>     CLINKER /space/hpc-home/trianas/petsc-<wbr>3.8.3/arch-linux2-c-debug/lib/<wbr>libpetsc.so.3.8.3</div><div>/sw/sdev/binutils/x86_64/2.22/<wbr>bin/ld: cannot find -lcpuset.so</div><div>/sw/sdev/binutils/x86_64/2.22/<wbr>bin/ld: cannot find -lbitmask.so</div><div>collect2: error: ld returned 1 exit status</div><div>gmake[2]: *** [/space/hpc-home/trianas/<wbr>petsc-3.8.3/arch-linux2-c-<wbr>debug/lib/libpetsc.so.3.8.3] Error 1</div><div>gmake[2]: Leaving directory `/space/hpc-home/trianas/<wbr>petsc-3.8.3'</div><div>gmake[1]: *** [gnumake] Error 2</div><div>gmake[1]: Leaving directory `/space/hpc-home/trianas/<wbr>petsc-3.8.3'</div><div>**************************<wbr>ERROR*************************<wbr>************</div><div>  Error during compile, check arch-linux2-c-debug/lib/petsc/<wbr>conf/make.log</div><div>  Send it and arch-linux2-c-debug/lib/petsc/<wbr>conf/configure.log to <a href="mailto:petsc-maint@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-maint@mcs.anl.gov</a></div><div>******************************<wbr>******************************<wbr>********</div></div><div><br></div><div>there seems to be a problem with the libcpuset.so and libbitmask.so libraries. Make wants lcpuset.so and lbitmask.so, which do not exist in this system.</div></div></blockquote><div><br></div><div>You can see by looking a few lines above in make.log that we preserve your input:</div><div><br></div><div>  ...</div><div> /sw/sdev/intel/parallel_studio_xe_2015_update_3-pguyan/composer_xe_2015.3.187/mkl/lib/mic -L/sw/sdev/intel/parallel_studio_xe_2015_update_3-pguyan/composer_xe_2015.3.187/mkl/lib/mic -Wl,-rpath,/space/hpc-apps/sw/sdev/gcc/x86_64/4.9.2/lib -L/space/hpc-apps/sw/sdev/gcc/x86_64/4.9.2/lib -ldl -lgcc_s -ldl /usr/lib64/libcpuset.so.1 /usr/lib64/libbitmask.so.1</div><div><br></div><div>So its the linker complaining. Why are these libraries necessary? Also, maybe you could properly install them, meaning</div><div>make a link</div><div><br></div><div>  ln -d /usr/lib64/libcpuset.so.1 /usr/lib64/libcpuset.so</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div class="gmail-HOEnZb"><div class="gmail-h5"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Dec 21, 2017 at 5:10 AM, Smith, Barry F. <span dir="ltr"><<a href="mailto:bsmith@mcs.anl.gov" target="_blank">bsmith@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><span><br>
<br>
> On Dec 20, 2017, at 5:52 PM, Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
> On Wed, Dec 20, 2017 at 6:31 PM, Santiago Andres Triana <<a href="mailto:repepo@gmail.com" target="_blank">repepo@gmail.com</a>> wrote:<br>
> I got a different error now... hope it's a good sign!<br>
><br>
> hpca-login:~/petsc-3.8.3> ./configure --with-cc=gcc --with-fc=gfortran --with-cxx=g++ --with-mpi-include=/opt/sgi/mp<wbr>t/mpt-2.12/include --with-mpi-lib="-L/opt/sgi/mpt<wbr>/mpt-2.12/lib -lmpi -lpthread" LIBS="/usr/lib64/libcpuset.so.<wbr>1 /usr/lib64/libbitmask.so.1"<br>
> ==============================<wbr>==============================<wbr>===================<br>
>              Configuring PETSc to compile on your system<br>
> ==============================<wbr>==============================<wbr>===================<br>
> TESTING: CxxMPICheck from config.packages.MPI(config/Bui<wbr>ldSystem/config/packages/MPI.<wbr>py:351)                            ******************************<wbr>******************************<wbr>*******************<br>
>          UNABLE to CONFIGURE with GIVEN OPTIONS    (see configure.log for details):<br>
> ------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>-------------------<br>
> C++ error! MPI_Finalize() could not be located!<br>
> ******************************<wbr>******************************<wbr>*******************<br>
><br>
> It looks like there is crazy C++ stuff in SGI MPT. I can see two chioces:<br>
><br>
>   a) Turn off C++: --with-cxx=0<br>
><br>
>   b) Find out what crazy C++ library MPT has and stick it in --with-mpi-lib<br>
<br>
</span>   3) filter the error message as previously discussed (this time for C++), then one does not have "find out what crazy..."  since the mpicxx knows it.<br>
<span class="gmail-m_2540020157735590868HOEnZb"><font color="#888888"><br>
   Barry<br>
</font></span><div class="gmail-m_2540020157735590868HOEnZb"><div class="gmail-m_2540020157735590868h5"><br>
><br>
> No amount of MPI optimization is worth this pain. Does your machine have an MPICH install?<br>
><br>
>   Thanks,<br>
><br>
>      Matt<br>
><br>
> On Thu, Dec 21, 2017 at 12:21 AM, Satish Balay <<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov" target="_blank">balay@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>
> Hm configure is misbehaving with /usr/lib64/libcpuset.so.1 notation. Try:<br>
><br>
> ./configure --with-cc=gcc --with-fc=gfortran --with-cxx=g++ --with-mpi-include=/opt/sgi/mp<wbr>t/mpt-2.12/include --with-mpi-lib="-L/opt/sgi/mpt<wbr>/mpt-2.12/lib -lmpi -lpthread" LIBS="/usr/lib64/libcpuset.so.<wbr>1 /usr/lib64/libbitmask.so.1"<br>
><br>
> Satish<br>
><br>
><br>
> On Wed, 20 Dec 2017, Santiago Andres Triana wrote:<br>
><br>
> > thanks Satish,<br>
> ><br>
> > did not work unfortunately, configure.log attached. Here's the output:<br>
> ><br>
> > hpca-login:~/petsc-3.8.3> ./configure --with-cc=gcc --with-fc=gfortran<br>
> > --with-cxx=g++ --with-mpi-include=/opt/sgi/mp<wbr>t/mpt-2.12/include<br>
> > --with-mpi-lib="-L/opt/sgi/mpt<wbr>/mpt-2.12/lib -lmpi -lpthread<br>
> > /usr/lib64/libcpuset.so.1 /usr/lib64/libbitmask.so.1"<br>
> > ==============================<wbr>==============================<wbr>===================<br>
> >              Configuring PETSc to compile on your system<br>
> ><br>
> > ==============================<wbr>==============================<wbr>===================<br>
> > TESTING: check from<br>
> > config.libraries(config/BuildS<wbr>ystem/config/libraries.py:158)<br>
> ><br>
> > ******************************<wbr>******************************<wbr>*******************<br>
> >          UNABLE to CONFIGURE with GIVEN OPTIONS    (see configure.log for<br>
> > details):<br>
> > ------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>-------------------<br>
> > --with-mpi-lib=['-L/opt/sgi/mp<wbr>t/mpt-2.12/lib', '-lmpi', '-lpthread',<br>
> > '/usr/lib64/libcpuset.so.1', '/usr/lib64/libbitmask.so.1'] and<br>
> > --with-mpi-include=['/opt/sgi/<wbr>mpt/mpt-2.12/include'] did not work<br>
> > ******************************<wbr>******************************<wbr>*******************<br>
> ><br>
> > On Thu, Dec 21, 2017 at 12:07 AM, Satish Balay <<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov" target="_blank">balay@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>
> ><br>
> > > Its strange compiler.<br>
> > ><br>
> > > You can try:<br>
> > ><br>
> > > ./configure --with-cc=gcc --with-fc=gfortran --with-cxx=g++<br>
> > > --with-mpi-include=/opt/sgi/mp<wbr>t/mpt-2.12/include<br>
> > > --with-mpi-lib="-L/opt/sgi/mpt<wbr>/mpt-2.12/lib -lmpi -lpthread<br>
> > > /usr/lib64/libcpuset.so.1 /usr/lib64/libbitmask.so.1"<br>
> > ><br>
> > > Satish<br>
> > ><br>
> > > On Wed, 20 Dec 2017, Santiago Andres Triana wrote:<br>
> > ><br>
> > > > This is what I get:<br>
> > > ><br>
> > > > hpca-login:~> mpicc -show<br>
> > > > gcc -I/opt/sgi/mpt/mpt-2.12/includ<wbr>e -L/opt/sgi/mpt/mpt-2.12/lib -lmpi<br>
> > > > -lpthread /usr/lib64/libcpuset.so.1 /usr/lib64/libbitmask.so.1<br>
> > > ><br>
> > > > On Wed, Dec 20, 2017 at 11:59 PM, Satish Balay <<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov" target="_blank">balay@mcs.anl.gov</a>><br>
> > > wrote:<br>
> > > ><br>
> > > > > >>><br>
> > > > > Executing: mpicc -E  -I/dev/shm/pbs.3111462.hpc-<br>
> > > pbs/petsc-fdYfuH/config.setCom<wbr>pilers<br>
> > > > > /dev/shm/pbs.3111462.hpc-pbs/p<wbr>etsc-fdYfuH/config.<br>
> > > setCompilers/conftest.c<br>
> > > > > stderr:<br>
> > > > > gcc: warning: /usr/lib64/libcpuset.so.1: linker input file unused<br>
> > > because<br>
> > > > > linking not done<br>
> > > > > gcc: warning: /usr/lib64/libbitmask.so.1: linker input file unused<br>
> > > because<br>
> > > > > linking not done<br>
> > > > > <<<<<br>
> > > > ><br>
> > > > > Looks like your mpicc is printing this verbose thing on stdout [why is<br>
> > > > > it doing a link check during preprocesing?] - thus confusing PETSc<br>
> > > > > configure.<br>
> > > > ><br>
> > > > > Workarround is to fix this compiler not to print such messages. Or use<br>
> > > > > different compilers..<br>
> > > > ><br>
> > > > > What do you have for:<br>
> > > > ><br>
> > > > > mpicc -show<br>
> > > > ><br>
> > > > ><br>
> > > > > Satish<br>
> > > > ><br>
> > > > > On Wed, 20 Dec 2017, Santiago Andres Triana wrote:<br>
> > > > ><br>
> > > > > > Dear petsc-users,<br>
> > > > > ><br>
> > > > > > I'm trying to install petsc in a cluster using SGI's MPT. The mpicc<br>
> > > > > > compiler is in the search path. The configure command is:<br>
> > > > > ><br>
> > > > > > ./configure --with-scalar-type=complex --with-mumps=1<br>
> > > --download-mumps<br>
> > > > > > --download-parmetis --download-metis --download-scalapack<br>
> > > > > ><br>
> > > > > > However, this leads to an error (configure.log attached):<br>
> > > > > ><br>
> > > > > > ==============================<wbr>==============================<br>
> > > > > ===================<br>
> > > > > >              Configuring PETSc to compile on your system<br>
> > > > > ><br>
> > > > > > ==============================<wbr>==============================<br>
> > > > > ===================<br>
> > > > > > TESTING: checkCPreprocessor from<br>
> > > > > > config.setCompilers(config/Bui<wbr>ldSystem/config/setCompilers.<wbr>py:599)<br>
> > > > > ><br>
> > > > > > ******************************<wbr>******************************<br>
> > > > > *******************<br>
> > > > > >          UNABLE to CONFIGURE with GIVEN OPTIONS    (see<br>
> > > configure.log for<br>
> > > > > > details):<br>
> > > > > > ------------------------------<wbr>------------------------------<br>
> > > > > -------------------<br>
> > > > > > Cannot find a C preprocessor<br>
> > > > > > ******************************<wbr>******************************<br>
> > > > > *******************<br>
> > > > > ><br>
> > > > > > The configure.log says something about cpp32, here's the excerpt:<br>
> > > > > ><br>
> > > > > > Possible ERROR while running preprocessor: exit code 256<br>
> > > > > > stderr:<br>
> > > > > > gcc: error: cpp32: No such file or directory<br>
> > > > > ><br>
> > > > > ><br>
> > > > > > Any ideas of what is going wrong? any help or comments are highly<br>
> > > > > > appreciated. Thanks in advance!<br>
> > > > > ><br>
> > > > > > Andres<br>
> > > > > ><br>
> > > > ><br>
> > > > ><br>
> > > ><br>
> > ><br>
> > ><br>
> ><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> --<br>
> What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
> -- Norbert Wiener<br>
><br>
> <a href="https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~k<wbr>nepley/</a><br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.caam.rice.edu/~mk51/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div>
</div></div>