<div dir="ltr">Barry wrote this, so he probably knows how to fix it.<div><br></div><div>Another option is to use DMPlex for your mesh. It will give you the dual if you want.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Dec 12, 2017 at 3:44 PM, Jordan Wagner <span dir="ltr"><<a href="mailto:j.wagner@rice.edu" target="_blank">j.wagner@rice.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi,<br>
<br>
I am trying to use the function MatMeshToCellGraph. I currently have a matrix that holds the cell connectivity of simplex elements. So it is a numCells x 3 matrix where the row corresponds to the cell number and the column is a vertex of that cell. To use this function, it appears I need to get the corresponding adjacency matrix.<br>
<br>
I found the function MatConvert, which I was hoping could be the function I am looking for, but I keep getting a memory error when using it, which I have added at the bottom. Is this the correct function to use to convert my cell connectivity matrix, or do I need to loop through to get the proper offsets (i,j) needed to create the adjacency matrix with MatCreateMPIAdj, as is done in ex11.c?<br>
<br>
Thanks very much for any tips.<br>
<br>
<br>
[0]PETSC ERROR: ------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>------------<br>
[0]PETSC ERROR: Caught signal number 11 SEGV: Segmentation Violation, probably memory access out of range<br>
[0]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger<br>
[0]PETSC ERROR: or see <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/d<wbr>ocumentation/faq.html#valgrind</a><br>
[0]PETSC ERROR: or try <a href="http://valgrind.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://valgrind.org</a> on GNU/linux and Apple Mac OS X to find memory corruption errors<br>
[0]PETSC ERROR: PetscMallocValidate: error detected at PetscSignalHandlerDefault() line 145 in /home/jordan/petsc/src/sys/err<wbr>or/signal.c<br>
[0]PETSC ERROR: Memory [id=0(16)] at address 0x1b4cb80 is corrupted (probably write past end of array)<br>
[0]PETSC ERROR: Memory originally allocated in MatConvertFrom_MPIAdj() line 444 in /home/jordan/petsc/src/mat/imp<wbr>ls/adj/mpi/mpiadj.c<br>
[0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message ------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>--<br>
[0]PETSC ERROR: Memory corruption: <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/installation.html#valgrind" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/d<wbr>ocumentation/installation.html<wbr>#valgrind</a><br>
[0]PETSC ERROR:<br>
[0]PETSC ERROR: See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/d<wbr>ocumentation/faq.html</a> for trouble shooting.<br>
[0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.8.2, unknown<br>
[0]PETSC ERROR: ./preprocess.exe on a arch-linux2-c-debug named jordan-nest by jordan Tue Dec 12 14:40:02 2017<br>
[0]PETSC ERROR: Configure options --with-shared-libraries=1 --download-metis --download-parmetis<br>
[0]PETSC ERROR: #1 PetscMallocValidate() line 146 in /home/jordan/petsc/src/sys/mem<wbr>ory/mtr.c<br>
[0]PETSC ERROR: #2 PetscSignalHandlerDefault() line 145 in /home/jordan/petsc/src/sys/err<wbr>or/signal.c<br>
<br>
<br>
<br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.caam.rice.edu/~mk51/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div>
</div>