<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Tue, Dec 12, 2017 at 7:30 PM, Jordan Wagner <span dir="ltr"><<a href="mailto:j.wagner@rice.edu" target="_blank">j.wagner@rice.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    <p>Thanks for the quick reply! <br>
    </p>
    <p>I have been reviewing DMPlex for a few weeks. It looks awesome (I
      like topology :) ); great work. I planned on implementing it in my
      code sooner or later. The problem for me, however, is that I am
      mainly using multi-section CGNS meshes in my code. This currently
      isn't supported in DMPlexCreateCGNS. Though, I guess I could just
      use DMPlexCreateFromCellList. Would that be the route you would
      recommend for creating a DMPlex with a connectivity matrix that I
      have extracted myself from the cgns file?<br>
    </p>
    <p></p></div></blockquote><div>Yes, I think that is the best way. That is what I do in the CGNS code I believe. We have much more complete support  for ExodusII and Gmsh (and MED). </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div text="#000000" bgcolor="#FFFFFF"><p>I've been somewhat contemplating trying to add multi-section
      capability to the DMPlexCreateCGNS function; however, I figured
      there was a good reason why this wasn't already done and assumed
      would take me way longer than you guys who are much more
      knowledgeable. Would this be something worth thinking more about? 
</p></div></blockquote><div>Actually, it is not done because a) I know very little about CGNS, b) no one has ever requested it and c) we got requests for other formats. I believe it would not be that</div><div>hard and we could help you. Most of the ExodusII support was done by a user (Blaise Bourdin) and the GMsh support by Lisandro and Stefano, and the MED support</div><div>by Michael Lange, so most of this stuff is not from me.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    <p>Really appreciate it.<br>
    </p>
    <br>
    <div class="m_-3584301775419722269moz-cite-prefix">On 12/12/2017 03:54 PM, Matthew Knepley
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite">
      <div dir="ltr">Barry wrote this, so he probably knows how to fix
        it.
        <div><br>
        </div>
        <div>Another option is to use DMPlex for your mesh. It will give
          you the dual if you want.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>  Thanks,</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>     Matt</div>
      </div>
      <div class="gmail_extra"><br>
        <div class="gmail_quote">On Tue, Dec 12, 2017 at 3:44 PM, Jordan
          Wagner <span dir="ltr"><<a href="mailto:j.wagner@rice.edu" target="_blank">j.wagner@rice.edu</a>></span>
          wrote:<br>
          <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi,<br>
            <br>
            I am trying to use the function MatMeshToCellGraph. I
            currently have a matrix that holds the cell connectivity of
            simplex elements. So it is a numCells x 3 matrix where the
            row corresponds to the cell number and the column is a
            vertex of that cell. To use this function, it appears I need
            to get the corresponding adjacency matrix.<br>
            <br>
            I found the function MatConvert, which I was hoping could be
            the function I am looking for, but I keep getting a memory
            error when using it, which I have added at the bottom. Is
            this the correct function to use to convert my cell
            connectivity matrix, or do I need to loop through to get the
            proper offsets (i,j) needed to create the adjacency matrix
            with MatCreateMPIAdj, as is done in ex11.c?<br>
            <br>
            Thanks very much for any tips.<br>
            <br>
            <br>
            [0]PETSC ERROR: ------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>------------<br>
            [0]PETSC ERROR: Caught signal number 11 SEGV: Segmentation
            Violation, probably memory access out of range<br>
            [0]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or
            -on_error_attach_debugger<br>
            [0]PETSC ERROR: or see <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/d<wbr>ocumentation/faq.html#valgrind</a><br>
            [0]PETSC ERROR: or try <a href="http://valgrind.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://valgrind.org</a>
            on GNU/linux and Apple Mac OS X to find memory corruption
            errors<br>
            [0]PETSC ERROR: PetscMallocValidate: error detected at
            PetscSignalHandlerDefault() line 145 in
            /home/jordan/petsc/src/sys/err<wbr>or/signal.c<br>
            [0]PETSC ERROR: Memory [id=0(16)] at address 0x1b4cb80 is
            corrupted (probably write past end of array)<br>
            [0]PETSC ERROR: Memory originally allocated in
            MatConvertFrom_MPIAdj() line 444 in
            /home/jordan/petsc/src/mat/imp<wbr>ls/adj/mpi/mpiadj.c<br>
            [0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message
            ------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>--<br>
            [0]PETSC ERROR: Memory corruption: <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/installation.html#valgrind" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/d<wbr>ocumentation/installation.html<wbr>#valgrind</a><br>
            [0]PETSC ERROR:<br>
            [0]PETSC ERROR: See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/d<wbr>ocumentation/faq.html</a>
            for trouble shooting.<br>
            [0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.8.2, unknown<br>
            [0]PETSC ERROR: ./preprocess.exe on a arch-linux2-c-debug
            named jordan-nest by jordan Tue Dec 12 14:40:02 2017<br>
            [0]PETSC ERROR: Configure options --with-shared-libraries=1
            --download-metis --download-parmetis<br>
            [0]PETSC ERROR: #1 PetscMallocValidate() line 146 in
            /home/jordan/petsc/src/sys/mem<wbr>ory/mtr.c<br>
            [0]PETSC ERROR: #2 PetscSignalHandlerDefault() line 145 in
            /home/jordan/petsc/src/sys/err<wbr>or/signal.c<br>
            <br>
            <br>
            <br>
          </blockquote>
        </div>
        <br>
        <br clear="all"><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
        <div><br>
        </div>
        -- <br>
        <div class="m_-3584301775419722269gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">
          <div dir="ltr">
            <div>
              <div dir="ltr">
                <div>What most experimenters take for granted before
                  they begin their experiments is infinitely more
                  interesting than any results to which their
                  experiments lead.<br>
                  -- Norbert Wiener</div>
                <div><br>
                </div>
                <div><a href="http://www.caam.rice.edu/%7Emk51/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~<wbr>knepley/</a><br>
                </div>
              </div>
            </div>
          </div>
        </div>
      </font></span></div>
    </blockquote>
    <br>
  </div>

</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.caam.rice.edu/~mk51/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div>
</div></div>