<html>
  <head>
    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    <p><br>
    </p>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 15/11/2017 11:39, Matthew Knepley
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:CAMYG4G=PuzkduMe8AA5s=bpareJ-iC+UgsbyMZ=ZJudu0ONO=Q@mail.gmail.com">
      <div dir="ltr">
        <div class="gmail_extra">
          <div class="gmail_quote">On Wed, Nov 15, 2017 at 3:11 AM,
            Matteo Semplice <span dir="ltr"><<a
                href="mailto:matteo.semplice@unito.it" target="_blank"
                moz-do-not-send="true">matteo.semplice@unito.it</a>></span>
            wrote:<br>
            <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0
              .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi.<br>
              <br>
              I am struggling with indices into matrices associated to a
              DMPLex mesh. I can explain my problem to the following
              minimal example.<br>
              <br>
              Let's say I want to assemble the matrix to solve an
              equation (say Laplace) with data attached to cells and the
              finite volume method. In principle I<br>
              <br>
              - loop over the faces of the DMPlex (height=1)<br>
              <br>
              - for each face, find neighbouring cells (say points i and
              j in the DMPlex) and compute the contributions coming from
              that face (in the example it would be something like
              (u_j-u_i)*<x_j-x_i,n> with x=centroids, n=scaled
              normal to face and <,> the inner product)<br>
              <br>
              - insert the contributions +/-<x_j-x_i,n> in
              rows/columns n(i) and n(j) of the matrix where n(k) is the
              index into Vec/Mat of the unknown associated to the k-th
              cell<br>
              <br>
              My problem is how to find out n(k). I assume that the
              Section should be able to tell me, but I cannot find the
              correct function to call. I see that FEM methods can use
              DMPlexMatSetClosure but here we'd need a
              DMPlexMatSetCone...<br>
            </blockquote>
            <div><br>
            </div>
            <div>Everything always reduces to raw Section calls. For
              instance, for cell c</div>
            <div><br>
            </div>
            <div>  PetscSectionGetDof(sec, c, &dof);</div>
            <div>  PetscSectionGetOffset(sec, c, &off);</div>
            <div><br>
            </div>
            <div>give the number of degrees of freedom on the cell, and
              the offset into storage (a local vector for the local
              section, and global vector for the global section).</div>
            <div>The Closure stuff just calls this for every point in
              the closure.</div>
          </div>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    All right, so the offset is also the (global) index and that is to
    be used in calls to MatSetValues.<br>
    <br>
    Thanks a lot!<br>
    <br>
        Matteo<br>
  </body>
</html>