<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Tue, Nov 7, 2017 at 10:18 AM, SIERRA-AUSIN Javier <span dir="ltr"><<a href="mailto:Javier.SIERRA-AUSIN@isae-supaero.fr" target="_blank">Javier.SIERRA-AUSIN@isae-supaero.fr</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi,<br><br>I would like to  ask you concerning the computation of the Jacobian matrix via finite difference and coloring of the connectivity graph.<br>I wonder whether it is possible or not to color the Jacobian matrix of a given solver that evaluates the RHS with its associated connectivity in the global indeces of my solver (not PETSc).<br>As well, if it is possible to do this from an already partioned domain in parallel.<br>All of this is better explained in this post : <a href="https://scicomp.stackexchange.com/questions/28209/linking-petsc-with-an-already-parallel-in-house-finite-volume-solver" target="_blank">https://scicomp.stackexchange.<wbr>com/questions/28209/linking-<wbr>petsc-with-an-already-<wbr>parallel-in-house-finite-<wbr>volume-solver</a> <br></blockquote><div><br></div><div>The simplest thing you can do is to use the finite-difference Jacobian action (MatMFFD). This is setup automatically by SNES</div><div>if you give a FormFunction pointer, but no FormJacobian routine. Just tell the PETSc Vecs to use your ParMetis layout (by</div><div>setting the local sizes), and it should run fine in SNES.</div><div><br></div><div>However, usually you need some kind of preconditioning. Thus you either have to form the Jacobian or some approximation. If</div><div>you cannot form an approximation, then you can use coloring. Once option is to create a DMPlex with your mesh information.</div><div>This can be done in parallel after you have already partitioned with ParMetis (as long as you know the "overlap" of vertices, or</div><div>adjacency of cells). Then the coloring can be done automatically using that DM information. Otherwise, you will have to supply</div><div>a coloring to the SNES.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Thanks in advance,<br><br>Javier.<br> 
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.caam.rice.edu/~mk51/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div>
</div></div>