<div dir="ltr"><br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Oct 16, 2017 at 12:07 PM, Satish Balay <span dir="ltr"><<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov" target="_blank">balay@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex">BTW: Which clang are you using?<br>
<br>
mpicc -show<br></blockquote><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>mpicc -show</div><div><br></div><div>clang -Wl,-commons,use_dylibs -I/opt/moose/mpich/mpich-3.2/clang-opt/include -L/opt/moose/mpich/mpich-3.2/clang-opt/lib -lmpi -lpmpi</div><div><br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
mpicc --version<br></blockquote><div><br></div><div><div>mpicc -v</div><div><br></div><div>mpicc for MPICH version 3.2</div><div>clang version 3.9.0 (tags/RELEASE_390/final)</div><div>Target: x86_64-apple-darwin16.7.0</div><div>Thread model: posix</div><div>InstalledDir: /opt/moose/llvm-3.9.0/bin</div><div>clang-3.9: warning: argument unused during compilation: '-I /opt/moose/mpich/mpich-3.2/clang-opt/include'</div></div><div><br></div><div><br></div><div>I guess because we are using a customize installation of clang.</div><div><br></div><div><br></div><div>Fande,</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<span class="gmail-HOEnZb"><font color="#888888"><br>
Satish<br>
</font></span><div class="gmail-HOEnZb"><div class="gmail-h5"><br>
On Mon, 16 Oct 2017, Satish Balay wrote:<br>
<br>
> Thats weird.<br>
><br>
> From what I can recall - some tools (like pgi compilers) need this -<br>
> but the xcode compilers do not.<br>
><br>
> Basically xcode clang can pick up includes from the xcode specific<br>
> location - but other tools look for includes in /usr/incldue<br>
><br>
> And 'xcode-select --install' adds the /usr/include etc links.<br>
><br>
> Satish<br>
><br>
><br>
> On Mon, 16 Oct 2017, Kong, Fande wrote:<br>
><br>
> > Now it is working. It turns out I need to do something like "xcode-select<br>
> > --install" after upgrading OS, and of course we need to agree the license.<br>
> ><br>
> ><br>
> > Fande,<br>
> ><br>
> > On Mon, Oct 16, 2017 at 10:58 AM, Richard Tran Mills <<a href="mailto:rtmills@anl.gov">rtmills@anl.gov</a>><br>
> > wrote:<br>
> ><br>
> > > Fande,<br>
> > ><br>
> > > Did you remember to agree to the XCode license after your upgrade, if you<br>
> > > did an XCode upgrade? You have to do the license agreement again, otherwise<br>
> > > the compilers don't work at all. Apologies if this seems like a silly thing<br>
> > > to ask, but this has caused me a few minutes of confusion before.<br>
> > ><br>
> > > --Richard<br>
> > ><br>
> > > On Mon, Oct 16, 2017 at 9:52 AM, Jed Brown <<a href="mailto:jed@jedbrown.org">jed@jedbrown.org</a>> wrote:<br>
> > ><br>
> > >> "Kong, Fande" <<a href="mailto:fande.kong@inl.gov">fande.kong@inl.gov</a>> writes:<br>
> > >><br>
> > >> > Hi All,<br>
> > >> ><br>
> > >> > I just upgraded  MAC OS, and also updated all other related packages.<br>
> > >> Now<br>
> > >> > I can not configure PETSc-master any more.<br>
> > >><br>
> > >> Your compiler paths are broken.<br>
> > >><br>
> > >> /var/folders/6q/<wbr>y12qpzw12dg5qx5x96dd5_bhtzr4_<wbr>y/T/petsc-<br>
> > >> mFgio7/config.setCompilers/<wbr>conftest.c:3:10: fatal error: 'stdlib.h' file<br>
> > >> not found<br>
> > >> #include <stdlib.h><br>
> > >>          ^<br>
> > >> 1 error generated.<br>
> > >><br>
> > ><br>
> > ><br>
> ><br>
><br>
><br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div></div>